Непримиримым врагом диктатора-фанатика был страстный патриот, талантливый публицист Хуан Монтальво, продолжавший просветительские традиции Эспехо. Его перо беспощадно разило диктатора: «Гарсия Морено разделил Эквадор на три равные части: одну часть он осудил на смерть, другую — на ссылку, третью — на рабство… Говорят, что Эквадор под господством Гарсии Морено достиг больших высот морального прогресса. Но без книг, без чтения кому доступны образование, цивилизация? Солдат командует гражданином, монах солдатом, палач монахом, тиран палачом, а дьявол тираном, и все это парит в атмосфере всеобщего разложения».
Гарсия Морено купался в крови своих врагов, он расстреливал их, подвергал порке, избивал палками, пытал, заточал в тюрьмы, ссылал.
В 1875 г. группа молодых патриотов убила тирана в его дворце.
Однако надежды передовых людей на то, что со смертью тирана положение в стране изменится, не оправдались. Власть перешла в руки реакционных генералов, за спиной которых стояли все те же церковники и помещики. Послушный им конгресс провозгласил Гарсию Морено «воскресителем родины и мучеником за католическую цивилизацию» и постановил воздвигнуть в его честь статую со следующей надписью: «Его превосходительству Гарсии Морено, самому великому сыну Эквадора, отдавшему свою жизнь за веру и родину».
В 1876 г. власть захватил генерал Вентимилья, отменивший конкордат. Церковники в ответ организовали повсюду беспорядки и мятежи. Давление церковников в конце концов заставило Вентимилью возобновить конкордат с Ватиканом. Духовенство снова вернуло себе утраченные было позиции.
Борьбу против правившей в Эквадоре военно-церковной клики возглавил патриот Элой Альфаро — один из участников движения против диктатора Гарсии Морено. После многих лет борьбы Элою Альфаро удалось объединить вокруг себя широкие народные массы и захватить в 1895 г. власть. Но церковники продолжали вести войну против Альфаро. Особенно неистовствовал епископ Гуаякиля немец Шумахер. Организованные им банды фанатиков сражались с оружием в руках против Элоя Альфаро. В одной прокламации, обращенной к своим последователям, Шумахер призывал: «Выбирайте между богом и сатаной, ибо нет другого выхода. Христианские воины! Кто из вас погибнет в борьбе с греховным радикализмом, тот завоюет себе славу мученика. Да победит господь адские силы! Об этом мы его молим во имя отца, и сына, и святого духа!» Ему вторил архиепископ Кито, сравнивавший в одном из своих воззваний либерализм и радикализм с «беспутной вавилонской девкой» и призывавший всех верующих к борьбе с отлученным от церкви «безбожником» Элоем Альфаро.
Попытки церковников свергнуть Альфаро были, однако, безуспешными. Альфаро дважды избирался президентом (1896–1901 гг., 1906–1911 гг.).
В первый период своего правления Альфаро отменил конкордат, ввел гражданский брак, светскую систему образования. В 1906 г. церковь была отделена от государства, в 1908 г. национализирована и распродана с торгов церковная собственность. Церковники не могли простить Альфаро этих реформ. В стране постоянно вспыхивали мятежи, инспирированные священниками. По всей стране церковники кляли «еретика, нечестивца, индейца» Альфаро и призывали верующих расправиться с ним. В 1912 г. Альфаро и несколько его сторонников были убиты в Кито толпой уголовников, проституток и монахов под возгласы: «Да здравствует религия! Смерть нечестивцам!»
Хотя отделение церкви от государства сохранилось в Эквадоре и либеральная буржуазия продолжала удерживать власть в последующие годы, ее отношения с церковью принимали все более дружественный характер по мере роста в стране рабочего движения. После первой мировой войны церковь смогла благодаря этому вновь укрепить свои позиции. В 1930-е годы она контролировала в Эквадоре почти все среднее образование и располагала земельной собственностью, оценивавшейся в 20 миллионов долларов.