19 марта 1944 г. Курчатов направляет А.П. Завенягину (зам. наркома НКВД СССР) технические требования к химической чистоте урановых соединений, поставляемых Лабораторией № 2 с завода «В».
К 25 апреля 1944 г. в Лаборатории № 2 работало 74 сотрудника. В ней был организован сектор № 4 из трех человек (в 1945 г. – 10 человек) во главе с М.О. Корнфельдом, на который возлагалась задача решения вопросов выпуска тяжелой воды в промышленном масштабе. Первоочередная потребность в тяжелой воде была определена в 20 т.
15 июня 1944 г. в СССР были начаты работы по получению в промышленных масштабах беззольных графитовых изделий.
25 июня 1944 г. в 2 часа ночи на московском циклотроне в Лаборатории № 2 был впервые выведен наружу пучок дейтронов. В июле из облученного на циклотроне уранилнитрата Курчатову с группой сотрудников удалось впервые выделить индикаторные количества плутония и начать изучение его химических свойств. По этому методу в 1946 г. было выделено 7 мкг, а в июле 1947 г. – 17 мг плутония.
28 сентября 1944 г. СНК СССР обязал Наркомцветмет СССР сдавать уран и урановые соли в Государственный фонд и возложил задачу их хранения на Лабораторию № 2.
21 ноября 1944 г. по распоряжению СНК СССР в Болгарию для проверки геологических данных по месторождению Готен командируется группа советских специалистов в составе В.Н. Кравченко, А.С. Александров, М.С. Русаков и Е.И. Орлов. 12 января 1945 г. руководитель группы, начальник 4-го спецотдела НКВД комиссар госбезопасности В.Н. Кравченко направляет наркому НКВД СССР Л.П. Берии записку с предложением о взятии Готенского месторождения в концессию и об организации на его базе горнодобывающего предприятия. И уже 27 января 1945 г. ГКО принимает постановление о проведении переговоров с правительством Болгарии о создании смешанного Болгаро-советского акционерного общества «для производства поисков, разведки и добычи урановых руд на урановом месторождении Готен и в его районах, а также производства геологического изучения других известных или могущих быть открытыми в Болгарии месторождений урановых руд и минералов». Такое соглашение было подписано 17 октября 1945 г. в Софии уполномоченными представителями сторон; председателем управления СБГО был утвержден Ф.Я. Гуков, главным инженером – В.Г. Вишняков.
8 декабря 1944 г. ГКО принимает решение о передаче добычи и переработки урановых руд из Наркомцветмета СССР в ведение НКВД СССР. Для этих целей в Главном управлении горно-металлургических предприятий НКВД (начальник А. Захаров) организуется Спецметуправление (9-е управление). В марте 1945 г. его начальником назначается генерал-майор С.Е. Егоров, заместителем и главным инженером – С.П. Александров. Для изучения урановых месторождений СССР и разработки технологии получения металлического урана из этих руд в составе управления в Москве создается Всесоюзный научно-исследовательский институт № 9 (ВНИИ неорганических материалов, ныне – Государственный научный центр ВНИИНМ им. А.А. Бочвара). Начальником НИИ-9 утверждается В.Б. Шевченко. Из Гиредмета в институт перевели группу З.В. Ершовой, занимавшуюся с 1943 г. исследованиями по получению металлического урана.
19 января 1945 г. ГКО принял постановление о завершении сооружения циклотронной лаборатории ЛФТИ к 1 января 1946 г. Персональная ответственность за выполнение задания возлагалась на директора института А.Ф. Иоффе.
21 февраля 1945 г. ГКО принял постановление о создании при действующих фронтах постоянных комиссий и о порядке вывоза промышленного оборудования с территории Польши и Германии.
В этот же день ГКО принял постановление «О подготовке специалистов по физике атомного ядра» для Лаборатории № 2 АН СССР и смежных с ней учреждений.
5 мая 1945 г. в Берлине обнаружено имущество Физического института Общества кайзера Вильгельма. Для приема оборудования 9 мая в Германию отправляется группа советских специалистов во главе с А.П. Завенягиным. В ее состав входят Ю.Б. Харитон, И.К. Кикоин, В.А. Махнев и другие. 10 мая ГКО принимает постановление о направлении имущества Физического института в Москву в адрес Лаборатории № 2.
31 мая 1945 г. ГКО принимает постановление об отправке в СССР в Лабораторию № 2 библиотек и имущества физических и химических институтов Грейфсвальдского и Ростокского университетов. Отбором и спецификацией оборудования и библиотек руководил сотрудник Лаборатории № 2 М. Певзнер, а за демонтаж и перевозку имущества отвечал заместитель наркома НКВД В. Чернышев.