При совете действовали четыре комиссии: по электромагнитному разделению урана-235 (А.Ф. Иоффе), по получению тяжелой воды (П.Л. Капица), по изучению плутония (В.Г. Хлопин), по методикам аналитических исследований (А.П. Виноградов) и одна секция по охране труда (В.В. Парин).
30 августа 1945 г. СНК СССР принял постановление «Об образовании коллегии ПГУ», в состав которой вошли 9 человек: Б.Л. Ванников (председатель), А.П. Завенягин, П.Я. Антропов, Н.А. Борисов, А.Н. Комаровский, П.Я. Мешик, А.Г. Касаткин, Г.П. Корсаков, С.Е. Егоров. Первое заседание коллегии состоялось уже 23 сентября.
В этот же день ГКО принял постановление о передаче в ПГУ при СНК СССР из Наркомата боеприпасов СССР завода № 12 (г. Электросталь, первый директор С.А. Невструев, главный инженер С.И. Золотуха; ныне ОАО «Машиностроительный завод»). В середине октября 1945 г. началась коренная реконструкция завода в связи с переходом его на переработку урановых руд и концентратов и изготовление металлического урана в виде блоков, герметизированных в оболочку. В это же время выходит постановление об обеспечении строительства объектов «А» и «Г» и о возложении на уполномоченного Особого комитета М.З. Сабурова ответственности за выявление и вывоз в СССР оборудования научно-исследовательских лабораторий М. фон Арденне и Г. Герца. Тогда же, в конце августа, создается Инженерно-технический совет под председательством М.Г. Первухина.
На втором заседании указанного совета в сентябре 1945 г. были рассмотрены вопросы о состоянии научно-исследовательских и практических работ в Лаборатории № 2 и привлеченных институтах Академии наук в области использования внутриатомной энергии. В качестве примеров приведем названия докладов, с которыми выступили:
5 сентября И.В. Курчатов, Г.Н. Флёров, А.И. Алиханов – «Об исследованиях по получению плутония в уранграфитовых реакторах (котлах), охлаждаемых легкой водой, и в урантяжеловодных реакторах»;
6 сентября – И.К. Кикоин, П.Л. Капица – «О состоянии исследований по получению обогащенного урана газодиффузионным методом»; 10 сентября – Л.А. Арцимович, А.Ф. Иоффе «Об обогащении урана электромагнитным методом».
К концу 1945 г. сотрудниками НИИ-9 (З.В. Ершовой, Е.Н. Каменской, Н.Ф. Солдатовой и др.) был получен образец монолитного металлического урана. Первые металлографические исследования чистого металла были выполнены Т.С Меньшиковой. К этому же времени была решена задача выпуска в промышленных масштабах беззольных графитовых изделий. В разработку технологического процесса большой вклад внесли В.В. Гончаров, Н.Ф. Правдюк, Н.А. Александров, Г.К. Банников, В.В. Котиков и др. В этом же году на московских заводах № 528 и 696 Наркомата средств связи СССР приступили к разработке первых приборов для измерения ионизирующих излучений и электронно-физической аппаратуры в промышленных масштабах, а в Лаборатории № 2 под руководством архитектора А.Ф. Жигулева началось строительство здания для опытного реактора Ф-1.
В.В. Гончаров пишет: «...После создания Специального комитета и ПГУ период проведения научно-исследовательских и промышленных работ ограниченными силами только одних ученых и инженеров закончился. Государство полностью включилось в руководство ядерной проблемой и оказание всей необходимой помощи для овладения ядерным оружием».
Нужна была мощная производственная база, очень специфичная и резко отличная от всего, что когда-либо было создано в нашей стране, для получения расщепляющихся материалов – плутония и урана-235.
Организация Спецкомитета и ПГУ для оказания помощи ученым и воздействия на них и руководителей министерств и ведомств всех организаций и предприятий, нужных и привлекаемых для скорейшего создания ядерной бомбы, придала решению этой проблемы форму высочайшей государственной ответственности. Спецкомитет, его члены обладали (по своему должностному положению) всем необходимым, чтобы применять все виды административного воздействия на тех руководителей (невзирая на все их ранги и служебное положение), которые пытались как-либо уклониться от выполнения требований по оказанию помощи ученым Лаборатории № 2.
Все должно было неукоснительно выполняться и обеспечиваться. Отказы не принимались. Все требования надо было выполнять быстро и качественно. В стране существовал и был установлен строгий и твердый порядок, обязательный для всех без исключения руководителей ведомств. Нельзя было начинать строительство нового или реконструкцию старого предприятия без предварительно рассмотренных и утвержденных соответствующими органами проектов и смет. А организациям ПГУ было разрешено начинать любое дело, любое строительство, заказывать оборудование без утвержденных проектов и смет. Работы выполнялись по так называемым чертежам-белякам, по фактическим расходам. Чертежи-беляки отправлялись в дело прямо с чертежного стола конструктора или проектанта. Это приводило (и довольно часто) к лишним затратам, к вынужденным переделкам и даже к бросовым работам. Но все это в конечном счете окупалось быстротой решения, быстротой исполнения.