Для прикрытия полигона от американских самолетов-разведчиков U-2 на его территории было развернуто несколько ракетных дивизионов ПВО. Один из таких дивизионов располагался на так называемой «13-й площадке» – в 18 км от площадки «Ш». Зенитно-ракетный дивизион – это шестьдесят солдат, десяток офицеров, и еще с десяток членов их семей (женщин и детей). Перед взрывом испытателей с площадки «Ш» вывозили (оставались лишь наблюдатели в укрытиях), с «13-й площадки» никого не вывозили. Ближние взрывы происходили в 18 км, дальние в 40—50 км от «13-й площадки». Семьям на время ядерного испытания предписывалось открыть двери и окна, выйти из помещений и отойти от строений на безопасное расстояние.
В 1958 г. в 50 км от площадки «М» началось строительство реактора взрывного действия (РВД), современное его название – ИГР (импульсный графитовый реактор). Реактор был введен в эксплуатацию в 1961 г. и предназначался для испытаний тепловыделяющих элементов и тепловыделяющих сборок (ТВС) реакторов ядерных ракетных двигателей (ЯРД) и ядерных энергодвигательных установок (ЯЭДУ).
В 1964 г. вышло постановление правительства о строительстве на Семипалатинском полигоне комплекса «Байкал-1» для испытаний ЯРД. В 1965 г. развернулось грандиозное строительство, которое велось более полутора десятков лет. Не один год ушел на сооружение двух шахт и двух бетонных бункеров, соединенных галереями. В одном, расположенном между шахтами, находились приборы, в другом, на удалении 800 м, – центр управления. Из этого бункера в безопасную зону (комплекс имел открытый выхлоп) вел полуторакилометровый тоннель.
На первом рабочем месте стендового комплекса «Байкал-1», с 1976 г. проводились групповые испытания ТВС ЯРД в составе реактора ИВГ-1 («Исследовательский, высокотемпературный, газоохлаждаемый»). Перед запуском реактор с помощью козлового крана опускали в шахту. После запуска в реактор поступал водород, который, охлаждая его, нагревался до 3000 градусов и огненной струей вырывался из шахты наружу. Сильной радиоактивности в этом потоке не было, но в течение суток находиться снаружи в радиусе полутора километров не разрешалось. К самой же шахте нельзя было подходить в течение месяца. Всего до 1986 г. было осуществлено 28 «горячих» пусков реактора ИВГ-1. В общей сложности в составе 4-х опытных активных зон было испытано 178 газоохлаждаемых ТВС. Испытания реактора проводились в 1978—1981 гг.
В 1977 г. введено в эксплуатацию второе-А рабочее место стендового комплекса, на котором 17 сентября 1977 г. был запущен первый из реакторов ИР (наземный прототип реактора ЯРД 11Б91). 3 июля 1978 г. и 11 августа 1978 г. прошли его огневые испытания (ОИ-1 и ОИ-2). В конце 70-х – начале 80-х гг. на стендовом комплексе проведены еще две серии испытаний – второго и третьего аппаратов 11Б91-ИР-100. Продолжались испытания ТВС в реакторах ИГР и ИВГ, велось строительство сооружений, имевшее целью ввод в эксплуатацию второго-Б рабочего места для испытаний двигателя на жидком водороде.
24 мая 1968 г. вышло постановление правительства о строительстве стендовой базы (получившей название «Байкал-2») для испытаний газофазного ЯРД. Но ни двигатель, ни стендовая база так и не были построены (хотя проведены проектные и изыскательские работы на выбранной площадке).
29 августа 1991 г. решением правительства Республики Казахстан Семипалатинский ядерный полигон был закрыт. В декабре 1993 г. согласно директиве министра обороны России Семипалатинский полигон (официально – 2-й Государственный центральный испытательный полигон) был расформирован.
Все военные ушли оттуда, но оставили после себя уродливые шрамы на земле в виде воронок, штолен и тысяч километров отравленной радиоактивными частицами почвы.
Десятки радиоактивных штолен остаются открытыми – быстро уходившие отсюда военные особо не утруждали себя консервацией объектов.
С 1994 г., когда последние российские воинские части покинули полигон, на его территории воцарились нищета, хаос и разруха.
Огромная территория полигона осталась без охраны. До 2006 г. территория не только не охранялась, но и не была нанесена на карте. В 2008 г. начаты работы по созданию сооружений инженерной защиты отдельных наиболее загрязненных участков полигона для предотвращения доступа на них населения и скота. В 2009 г. была организована армейская охрана испытательной площадки Дегелен. В горах Дегелен («Плутониевая гора») было взорвано 295 ядерных боеприпасов, при этом не менее 70 % расщепляющихся материалов оставалось в штольне, смешиваясь с расплавившейся породой.