Не вызывает сомнения, что раннее христианство воспринимало алхимию не как практическую отрасль знания, а как магическую деятельность, с которой оно яростно боролось. Во второй половине IV в., когда Византия приняла христианство, Александрийская библиотека была сожжена александрийским патриархом Феофилом. В эту пору монахи уничтожали все драгоценные находки древности. Таким образом, о первоначальной истории алхимии сохранились лишь отрывочные сведения.
Основная идея алхимиков от ее зарождения вплоть до работ Лавуазье зиждется на непоколебимой вере в способность неблагородных металлов в известных условиях переходить в благородные: золото и серебро. Издавна возникла мысль о таинственном препарате, при воздействии которого совершается трансформация металлов, который является целебным лекарством и средством молодить тело и продлевать жизнь. Это средство в течение веков носило название то философского камня, то красного льва, великого эликсира или великого магистериума, жизненного эликсира и т. д.
До средних веков дожило мировоззрение, согласованное с древнегреческими традициями. Аналогия с растительным и животным миром — созревание и рост — дала представление, что в недрах земли металлы соединяются или с ртутью, или с серой — с женским и мужским началом. Алхимики считали, что ртуть и сульфур (сера) образуют все металлы. Ртуть — начало металлическое, сера — начало горючее. Сера и ртуть образовались в свою очередь из четырех древнегреческих стихий, или элементов всего сущего: земли, воды, воздуха и огня. К этому присоединялись и древние кабаллистические представления, где семерка считалась особенным, таинственным числом, а алхимики знали только семь металлов. Металлы связывались также с семью известными небесными телами: золото — с Солнцем, серебро — с Луной, медь — с Венерой, железо — с Марсом, олово — с Юпитером, свинец — с Сатурном, ртуть — с Меркурием. Европейские алхимики внесли впоследствии (XV–XVI вв.) представление о третьем начале, образующем все тела: кроме ртути и серы они называют металлическую воду, или раствор соли (Парацельс), или просто соль (в трудах Василия Валентина). Парацельс приводит следующее описание: «Чтобы испытать это, возьми сначала дерево: это будет тело. Сожги его, тогда то, что будет гореть, — это сера, то, что будет дымить, — меркурий (ртуть), а то, что останется золой, — соль».
Египетско-греческая алхимия была воспринята арабами и в их руках достигла определенного успеха, так как они были лучшими знатоками старинных литературных источников. Арабы придавали большое значение прикладной деятельности: изготовлению сплавов, керамики, красителей, методам окраски тканей и кожи, изготовлению лаков для создания водонепроницаемых тканей, лекарств и т. д. В отличие от последующих трудов европейских ученых они писали обычным языком, избегая мистики и символики. Безусловно, что и на их трудах сказывалась профессиональная забота не полностью открывать все тонкости своего искусства, что находило выражение в некоторых условных формулировках.
Наиболее известным арабским алхимиком был Джабир ибн Хайян (721…815), родившийся в Хорасане (Средняя Азия), но большую часть жизни проживший в Багдаде при прославленном халифе абассидской династии Харун ар-Рашиде. В Европе он был известен под именем Гебера. Часть приписываемых Джабиру сочинений написана анонимными авторами не ранее XIII в. Арабская рукопись Джабира в 20-х годах якобы обнаружена в библиотеках Каира и Константинополя. Не менее знаменит иранский ученый-энциклопедист, считавший себя учеником Джабира, Ар-Рази, латинизированное имя которого Разес (865…925?). Его труды содержат алхимические, медицинские и философские сочинения, где отражены египетско-греческая химия и греческая философия, описаны некоторые заболевания и методы прививок от оспы. Алхимические сочинения Ар-Рази — «Книга тайн» и «Книга тайны тайн». Ар-Рази имел много последователей, занимавшихся алхимией. На арабском Западе наука процветала в Толедо, там была собрана великолепная библиотека, только перечень рукописей которой составлял 44 тома.
Проникновение алхимических учений в Европу происходило вначале через Византию, а затем во время крестовых походов (1096…1260) через Сирию, где в течение почти двух столетий существовало христианское государство, образованное крестоносцами. Завоеванные арабами Сицилия, Египет, Марокко, Испания оказывали влияние на развитие науки в южной Италии и на западе Европы.
Одним из первых переводчиков с арабского на латынь (латинский язык в течение нескольких столетий был языком науки) был орильякский француз монах Герберт, учившийся в Испании у барселонских профессоров-арабов. Герберт (около 940…1003), ученейший и талантливейший человек, до такой степени превосходил современников своими интересами, так изумлял их своими познаниями, что несколько поколений считали его колдуном. Герберт был воспитателем Оттона III, императора Священной Римской империи в ту пору, когда империя еще преобладала над папством. Оттон III посадил в 999 г. на папский престол своего любимого воспитателя Герберта, принявшего сан под именем Сильвестра II.