Основой для уточнения даты при проведении исследований в наше время стал текст надгробной проповеди пастора Фрейнгольда, прозвучавшей при захоронении Я. В. Брюса 14 мая 1735 года, обнаруженной В. В. Синдеевым и А. Ф. Ерофеевой, которые по дням просчитали дату рождения Брюса, имея в качестве исходных данных день смерти — 19 (30) апреля 1735 года и продолжительность жизни — 65 лет 11 месяцев и 18 дней, указанных Фрейнгольдом. После сложных расчетов, учитывающих смену летоисчисления в 1700 году и прочие перемены, была получена дата рождения — 1 (11) мая 1669 года. Данные расчеты проводились в 1980-е годы. Подтверждений или опровержений их точности с тех пор опубликовано не было.
Вместе с тем 8 ноября 1998 года на выставке «Петр Великий и Москва», организованной ведущими музеями страны в Третьяковской галерее, впервые было представлено погребальное знамя Брюса, хранящееся в запасниках Государственного исторического музея. Это полотнище размером три на два метра имеет изображение герба графа Брюса и дату рождения — 1 мая 1669 года. Следовательно, расчеты исследователей оказались точными.
Правда, для самих сотрудников ГИМа наличие такого вещественного исторического источника не стало аргументом, поскольку рядом с полотнищем был выставлен портрет Я. В. Брюса с датой рождения — 1670 год. Такая же оплошность повторилась и на выставке 2009 года, устроенной по поводу трехсотлетия появления календарей в России. По утверждению создателей экспозиции, автор первого календаря в России родился в 1670 году. Велика сила стереотипов.
Еще одно заблуждение в биографии Якова Брюса касается места его рождения. Во многих публикациях пишут, что он появился на свет во Пскове, поскольку полк Вилима Брюса в то время находился в этом городе. Однако, как удалось выяснить архивисту В. В. Синдееву, полк под командованием Вилима Брюса с 1656 года был расквартирован в Смоленске и участвовал в 1660 году в военных действиях под Могилевом. В 1664 году полковника Брюса (он получил звание полковника в 1658 году) «пулькою ранили тяжелою увечною раною» под селом Сигновичи в Смоленском уезде. После этого полковник Брюс в военных действиях участия не принимал.
В Смоленске он жил до 1672 года, владея пожалованными ему в 1654 году двором и землями в Смоленском уезде. При переформировании смоленских полков он был переведен в Москву, где, собственно, и жила его семья. Все поместья Вилима Брюса в Смоленском уезде были отписаны на государя в 1673 году. Таким образом, местом рождения Якова Брюса могут быть как Москва, так и Смоленск.
Подтверждением того, что Вилим Брюс жил в последние годы в Москве, является его участие до 1679 года в ежегодных весенних смотрах. Здесь в Москве, в Немецкой слободе, выросли его дети и получили хорошее образование. В Москве Вилим Брюс и скончался в 1680 году.
Начало военной службы
О начале военной службы Якова Брюса также существует известный миф, по которому Яков и его старший брат Роман начали военную службу в потешных полках Петра 1 в 1683 году. Однако на поверку и этот миф не подтверждается документально. Более того, он опровергается тем, что нигде не упоминаются звания Якова или Романа, которые они могли иметь в потешных. А ведь эти звания (например, сержант Семеновского полка или бомбардир Преображенского полка) сохранялись за офицером или генералом на протяжении всей его службы, подчеркивая, что тот или иной военный был в потешных Петра, а значит, еще в ранней юности монарха состоял в его команде.
Для того чтобы понять, что братья Брюсы никак не могли Участвовать в потешных полках в 1680-е годы, достаточно вспомнить, кто привлекался юным царем для участия в них. Об этом сообщает в статье «Потешные полки Петра Великого», опубликованной в 1882 году в журнале «Русский архив», исследователь П. Дирин. Он пишет, что конюхи, спальники, стольники, стряпчие, комнатные и постельные истопники могли служить в потешных только частным, так сказать, образом, в угождение молодому царю. Царский конюх мог быть одновременно потешным солдатом, мог быть пожалован в капралы без всякого отношения к приказным бумагам, по которым он продолжал значиться по-прежнему. Петру не на что было содержать потешных солдат из посторонних, чужих людей. Он мог набирать солдат сначала только из своих придворных служителей, которые, поступая к нему на потешную службу, продолжали числиться в прежних своих должностях придворных и получать прежние определенные им оклады.
Так, например, первые преображенцы Сергей Бухвостов и Яким Воронин назывались в тогдашних бумагах стряпчими конюхами, Лука Хабаров в 1687 году числился постельным истопником, а в 1691 году потешным конюхом, будучи между тем много лет уже, до 1689 года, «фатермистром Преображенского полка». Точно так же и семеновец Никита Селиванов называется в бумагах стольником.