В начале октября, после переселения Софьи в Новодевичий монастырь, Петр вместе со свитой и войсками возвращается в Москву. В этот период происходят новые назначения на государственные должности и учреждение полков, которым в будущем суждено будет вытеснить стрельцов. Всего было учреждено четыре полка, в каждом из которых было по восемь тысяч человек. Первый — Гордона, второй — Лефорта, третий — Преображенский, четвертый — Семеновский. Позже Преображенский полк был распределен по кораблям на морскую службу.
Жизнь в Москве сопровождалась смотрами и учениями. Так, 22 февраля 1690 года, по случаю рождения наследника престола Алексея, в Кремле прошел смотр полков, закончившийся стрельбой. На следующий день, в воскресенье, совершено было над царевичем таинство крещения в Чудовом монастыре, а в четыре часа пополудни приходили с поздравлением два солдатских и остальные шесть стрелецких полков с той же церемонией, что и накануне.
Следующий парад войск, о котором сообщает П. Гордон, проходил в селе Воскресенском на Пресне. Царь выехал туда 26 февраля. По случаю Масленицы в Воскресенском был устроен фейерверк. Празднество началось пальбой из пушек сначала из каждой в отдельности по два выстрела в цель, а потом залпами из всех пятидесяти холостыми зарядами. Затем происходил парад войск. Войска проходили перед государем маршем, а потом, разделившись на два отряда, произвели нечто вроде примерного сражения, сопровождавшегося пальбой залпами. Когда стемнело, зажгли фейерверк на переднем дворе Пресненского дворца, он горел в течение двух часов. На внутреннем дворе этого дворца был зажжен другой фейерверк, еще больших размеров, приготовленный самим царем и продолжавшийся три часа. По всей вероятности, техническую сторону обустройства обеспечивал зять Патрика Гордона Рудольф Страсбург (ум. 1692), который занимался фейерверками и «гранатным делом».
В мае того же 1690 года в Преображенском селе происходили особенно энергичные военные упражнения, о которых пишет в своем дневнике П. Гордон. 12 мая — учение конницы; 15 мая конница упражнялась с оружием; 22 мая конница маневрировала. Это была подготовка к очередному потешному сражению, которое состоялось 2 июня и едва не закончилось несчастьем. Брали штурмом двор в селе Семеновском. В дело были пущены ручные гранаты — глиняные горшки, начиненные порохом. Одна из таких гранат разорвалась около Петра и опалила ему лицо. Гордон и несколько стоявших поблизости генералов были легко ранены.
Это происшествие ненадолго прервало череду учений и военных потех, которые возобновились 4 сентября. В этот день устраивались маневры, в ходе которых Стремянной стрелецкий полк сражался против потешных, семеновской пехоты и конницы московского дворянства. Еще два стрелецких полка действовали один против другого. Через неделю, 11 сентября, потешные бились со стрельцами Сухарева полка. Бои чередовались веселыми пирами. Трудно сказать, был ли на этих пирах Яков Брюс, но в сражениях он, подчиненный генерала П. Гордона, наверняка участвовал.
В октябре следующего, 1691 года в окрестностях Семеновского и Преображенского состоялись большие маневры, более известные как второй Семеновский поход. 6, 7 и 9 октября армия под предводительством «генералиссимуса» Ф. Ю. Ромодановского противостояла нападениям грозной армии другого «генералиссимуса», И. И. Бутурлина. Это событие описывается в известном романе А. Н. Толстого «Петр Первый». При этом упоминается и имя Якова Вилимовича, который после взятия Прешбурга, как отмечает автор, стал полковником, наряду с Вейде, Менгденом, Граге, Левингстоном, Сальме и Шлиппенбахом. Это явная ошибка, поскольку звание полковника Я. В. Брюсу было присвоено только в 1696 году.
Кстати, в этом романе Алексей Николаевич приводит интересное описание братьев Брюсов: «Роман Брюс — рыжий шотландец, королевского рода, с костлявым лицом и тонкими губами, сложенными свирепо, — математик и читатель книг, так же как и брат его Яков. Братья родились в Москве, в Немецкой слободе, находились при Петре Алексеевиче еще от юных лет и его дело считали своим…»[11] Трудно на веру принимать эту информацию, тем более когда известно, что с юных лет ни Роман, ни Яков не были при Петре. Да и описание внешности Романа предполагает, что известный писатель использовал стереотип облика стандартного шотландца, как его воспринимали в России. Но художественное произведение живет по своим законам, часто не совпадающим со строгой документалистикой.
В 1692 году Яков Брюс переводится в Белгородский полк, командиром которого с 1688 года был Борис Петрович Шереметев. Так началась служба Якова Вилимовича под командой Шереметева, переросшая впоследствии в крепкую дружбу.