Якова Брюса Петр Алексеевич вызывает, находясь в Голландии, после встречи с английским королем Вильгельмом III. Встреча состоялась 21 сентября 1697 года в городе Утрехте.
28 сентября в Москву отправляется послание, в котором на основании указа царя «велено послать» в Голландию полковника Якова Брюса «для математической науке в англицком государстве». Таким образом, уже через неделю после знакомства с английским королем и приглашения в Англию Петр I определяет, с каким поручением поедет Яков Брюс. Англия в то время была одной из самых передовых держав Европы и, естественно, для поездки туда нужны были люди образованные. Эта поездка во многом изменила не только планы Великого посольства. Фактически, находясь в Англии, Петр определяет круг предстоящих преобразований в России. И Брюсу в этих планах отводится одно из ведущих мест.
Правда, сам Яков Брюс по вызову царя прибывает с большой задержкой, через три месяца, 19 декабря. Причиной этой задержки стали события, для нашего героя весьма серьезные. Неизвестно, действительно ли Брюс был в чем-то заподозрен или глава московского Тайного приказа Ф. Ю. Ромодановский сводил с ним личные счеты. Так или иначе, но Брюса пытали каленым железом и довольно серьезно повредили руку. За месяц пути из Москвы в Амстердам рука у Якова Вилимовича так и не зажила. По его прибытии с докладом к царю Брюс вынужден был изложить обиду на князя-кесаря, о чем Петр с возмущением пишет 22 декабря в письме Ромодановскому: «…господин Брюс приехал сюда декабря 19 и отдал от нашей пресветлости письмо, за которое премного благодарствую».
Тон письма спокойный, уважительный. И даже когда Петр Алексеевич делает выговор Ромодановскому за его проступки по отношению к приказным людям, тон письма таким и остается. Но именно в этом письме сделана характерная для взрывного характера царя приписка: «Зверь! Долголь тебе людей жечь! И сюда раненые от вас приехали. Перестань знаться с Ивашкою. Быть от него роже драной!»
Под Ивашкою Хмельницким здесь имеется в виду пьянство. И обвинение в пьянстве особо подчеркивает отношение Петра к Брюсу, оказавшемуся наказанным только по пьяной прихоти Ромодановского. А предупреждение о «роже драной» вообще из ряда вон выходящее, поскольку статут полковника Брюса в ту пору был несравним по государственному положению родственника царя, генералиссимуса потешных полков Ф. Ю. Ромодановского. В ответ на обвинения царя Ромодановский 28 января 1698 года пишет: «В твоем письме написано ко мне, будто я знаюсь с Ивашкой Хмельницким, и то, господин, неправда: некто к вам приехал прямой московской пьяной, да сказал в беспамятстве своем. Неколи мне с Ивашкой знаться — всегда в кровях омываемся. Ваше то дело на досуге стало знакомство держать с Ивашкою, а нам не досуг! А что Яков Брюс донес, будто от меня руку обжег, и то сделалось пьянством его, а не от меня». Так, Ромодановский пытался оправдаться перед Петром, сваливая вину на самого Брюса. Но эти аргументы князя-кесаря не убеждают царя, и в ответном письме из Дептфорда 4 марта Петр возражает Ромодановскому: «…писано, что Яков Брюс с пьянства своего то сделал: и то правда, только на чьем дворе, и при ком? А что в кровях, — и от того чаю больше пьете для страху. А нам подлинно нельзя, потому что непрестанно в ученьи».
И действительно, поездка в Англию для делегации Петра оказалась очень насыщенной.
Выезд из Амстердама шестнадцати волонтеров во главе с царем состоялся 6 января, через три недели после прибытия Брюса. Возможно, Петр выехал бы и раньше, но пришлось ждать приезда Брюса (сам по себе случай беспрецедентный), а затем, видимо, подлечивать его раны.
В Лондон царь со свитой прибыл 11 января и сразу включился в работу, ввиду ограниченности во времени. Кроме встреч с королем Вильгельмом III Петр учился кораблестроению в Дептфорде, посещал арсенал в Вульвиче, присутствовал на заседаниях научного Королевского общества и английского парламента.
Я. В. Брюс при этом слушал лекции английских математиков, посещал лондонскую обсерваторию, присматривался к монетному делу в Тауэре и к артиллерийской технике в Вульвиче, со знаменитым литейным заводом и обширнейшим арсеналом.
11 апреля царь и Брюс вместе осматривают Вульвич, отведывают метание бомб, и Петр увозит Брюса в Лондон, где они 13 апреля посетили монетный двор.
Всего, как отмечено в «Юрнале», Петр в феврале и апреле шесть раз посетил монетный двор, директором которого был Исаак Ньютон, проводивший в Англии денежную реформу.