Позже Губбинс служил в Генеральном штабе в штаб-квартире британской армии в Индии во время беспорядков и гражданского неповиновения. Затем его отправили в Штабной колледж в Кэмберли, а оттуда на должность военного разведчика в Военном министерстве, где он провел несколько лет. В период между войнами он стал отличным лингвистом, сдав экзамены на переводчика по французскому, русскому и урду.
В январе 1939 года, когда надвигалась война, Губбинса перевели в небольшой отдел Военного министерства, известный как Генеральный штаб (исследовательский). Его задачей там было изучение концепции партизанской войны, и он составил три секретных брошюры, предназначенных для ведения партизанской войны. Они были озаглавлены: "Искусство партизанской войны", "Руководство партизанского лидера" и "Как использовать взрывчатые вещества’. Когда война, наконец, разразилась, Губбинс был направлен в Варшаву в качестве главы разведки при генерале де Виарте, но через несколько дней после его прибытия немцы превратили этот город в пепел, а Губбинс был вынужден совершить дерзкий побег через Венгрию и Балканы. В 1940 году он был направлен на защиту Норвегии, снова под командованием генерала де Виарта. Габбинсу было поручено создать и командовать ‘Ударными ротами’, ранней версией коммандос. С ними он вел партизанскую войну, задерживая продвижение немецких войск к Нарвику. Он взрывал мосты, минировал дороги и поджигал леса, часто работая с местными норвежскими гражданскими лицами, прежде чем в конечном итоге сбежать, поскольку Норвегия неизбежно пала перед мощью нацистской Германии. Там он тоже потерпел позорное поражение.
Когда в июле 1940 года было создано Управление специальных операций в рамках ответа Черчилля и британского военного кабинета на Дюнкерк, Хью Далтон, министр экономической войны, получил контроль над ним. В ноябре 1940 года, после некоторой ссоры с военным министерством, которое не хотело отпускать Габбинса, Далтон заручился его услугами для SOE. Первоначально Губбинс был назначен директором SOE по операциям и обучению (известным как M). Позже, в 1943 году, он стал исполнительным главой всего SOE (известного как CD). Губбинс все еще служил в качестве CD, когда война подошла к концу, и оставался в SOE, пока он не был распущен в январе 1946 года. Оба его предшественника на посту CD написали ему после ухода с работы, сэр Фрэнк Нельсон в мае 1942 года сказал: "Спасибо вам за вашу всегда добродушную, спокойную и блестящую помощь и поддержку, которые вы так щедро оказывали мне в течение последних 18 месяцев", и Чарльз Хэмбро, сказавший в сентябре 1943 года (когдаГуббинс был назначен его преемником): ‘Никто не имеет столько прав быть там, где вы сегодня, и если кто-то может обеспечить дивиденды и успех, так это вы… какой замечательной поддержкой вы всегда были для меня… как сильно я восхищался вашей работой. Вы предоставили все те качества, которых мне не хватало… Я бы с радостью пришел и работал под вашим началом. ’
Губбинса очень любили и восхищались им как начальники, так и подчиненные. Он был человеком, на которого Джеймсу Бонду понравилось бы работать так же, как и мужчинам из Maid Honor Force. Типичный комментарий исходит от молодой и красивой актрисы, которая была принята на работу в SOE в качестве секретаря в августе 1941 года, Марджори Стюарт – она описала Губбинса как пышущего энергией, жизненной силой и силой. Говоря о тяжелой работе и достижениях SOE, она сказала: ‘Каждый раз вы возвращаетесь к M как к самому фантастическому активирующему и мотивирующему духу, с фантастической работоспособностью, способному воодушевить всех, кто на него работал’.
После опыта Губбинса в Норвегии, где он слишком часто видел мощь вторгающихся гитлеровских армий на близком расстоянии, Губбинс был идеальным человеком, чтобы взять на себя ответственность за операции и подготовку SOE, новой секретной армии Великобритании. Он присоединился к ним в их штаб-квартире на Бейкер-стрит, 64, в середине ноября 1940 года. Настоящему М было сорок пять лет, когда он пришел в SOE. Он обладал великим даром уметь, выражаясь современным языком, ‘мыслить нестандартно’.
SOE, также известное под псевдонимами Inter Services Research Bureau и SO2, должно было тесно сотрудничать с тремя известными службами – Королевским военно-морским флотом, Королевскими военно-воздушными силами и армией. Именно работа с военно-морским флотом привела М. и его секретную службу к контакту с Яном Флемингом. Флеминг не мог быть более непохожим на М. Ему был тридцать один год, когда началась война, почти столько же лет, сколько Гасу Марчу-Филлипсу. Он был старым итонцем из хорошей семьи, но с тех пор, как он рано покинул Итон после романа с молодой леди, Флеминг вел разнообразную и не очень успешную жизнь. Он, несомненно, был обаятельным и талантливым, но в значительной степени жил в тени своего старшего брата Питера. Питер, еще со школьных времен в Итоне, затмил Яна. Питер успешно учился в школе и университете, получил первое место в Оксфорде и женился на очаровательной актрисе Селии Джонсон. Когда началась война, он присоединился к гвардейским гренадерам. Летом 1940 года Питер был завербован для службы под командованием Колина Губбинса в сверхсекретных вспомогательных подразделениях, которые были созданы для противодействия ожидаемому немецкому вторжению в Британию из-за того, что стало линией фронта. После назначения на должность M, Губбинс быстро завербовал Питера Флеминга в SOE. В декабре 1940 года Питера, теперь капитана гвардейского гренадерского полка, отправили командовать миссией ЯК в Каире. Цель миссии ЯК, идея Уинстона Черчилля, заключалась в вербовке и обучении итальянцев, югославов, греков и болгар для проведения рейдов против врага, особенно на итальянском побережье. Когда это быстро оказалось непрактичным из-за нехватки подходящих рекрутов, Питера Флеминга отправили в конце марта 1941 года в Грецию, прежде чем она окончательно перешла к немцам, для подготовки там подразделений, которые могли бы действовать в тылу немцев в Греции и Югославии. В мае 1941 года Флеминг был отозван в Лондон, где в установленном порядке был переведен из SOE на другие секретные должности.