Эти наблюдения позволяют предположить, что роман Потоцкого был в основном создан около 1808 года. Этому не противоречит его содержание. В «Рукописи, найденной в Сарагосе» разбросано немало сведений из области химии, физики, философии. Зная поразительную эрудицию и точность автора, можно не сомневаться, что части романа, посвященные жизни ученых — Веласкеса и Эрваса, были написаны после 1800 года (упоминания об опытах М.-Г. Кляпрота) и до 1807 года, когда еще существовали представления о щелочах как первичных веществах. Имя Эрваса, вероятнее всего, появилось в «Рукописи...» не ранее 1803—1804 годов, когда Потоцкий мог встречаться с испанским ученым в Риме, а рассуждения Веласкеса, вызванные полемикой вокруг книги французского философа Кабаниса, можно датировать летом 1808 года.
Польский исследователь «Рукописи...» Л. Кукульский обратил внимание па стилистическую близость письма Потоцкого к брату из Кяхты (20.XI.1800) с размышлениями Диего Эрваса в «дне сорок восьмом» романа: «Я уже закончил свою древнееврейскую хронологию, где объяснил все неточности, встречающиеся там. Теперь чувствую себя в растерянности, так как не вижу перед собою новых препятствий. Хорошо, что в трансцендентальной философии есть еще не изученные области». Письмо это можно соотнести и с другими сюжетами романа. В «Хронологии», об окончании которой пишет Потоцкий на исходе 1806 года (издана в Петербурге в 1810 г.), провозглашалась необходимость «возвести историю до уровня точных наук» и обращаться «для достижения истины» к методам, которые применяются в геометрии. Увлечение точными науками заметно сказалось на образе «ученого-геометра» Педро Веласкеса, особенно в его рассуждениях об истории («день двадцать второй»), о трансцендентальной философии («день тридцать девятый»), о развитии человека («день сорок пятый»). Общие принципы «Хронологии», основанные на частом обращении к Библии, были травестированы в «Истории рода Уседа» («день шестьдесят пятый»). История Агасфера, охватившая важнейшие эпохи из жизни Древнего Египта и Иудеи («дни» 21-22, 31-36, 38-39, 46), находит соответствия в изучении Потоцким забытой в науке хроники Манефона.
После 1808 года работа над «Рукописью...» некоторое время продолжалась, о чем можно судить по опубликованному в 1847 году польскому переводу романа, сделанному Э. Хоецким. Как уже упоминалось, оригинал не сохранился, и это единственный известный нам полный текст романа. К сожалению, он был отретуширован переводчиком, заменившим эротические сцены постными описаниями, нередко с ущербом для здравого смысла, что легко обнаруживается при сопоставлении с соответствующими главами петербургского издания 1805 года. Помимо этих поправок, в переводе Хоецкого можно, однако, обнаружить еще один слой исправлений. В этом случае речь идет не о произволе переводчика, а о редакционной работе самого автора романа, что становится ясным при сравнении перевода Хоецкого с более ранним парижским изданием 1813 года.
В тексте «Лиадоро», целиком вошедшем в «Рукопись, найденную в Сарагосе», Потоцкий, стремясь к большей исторической точности, заменил некоторые имена и географические названия на другие. Он также полностью переписал «двадцать восьмой» и «сорок седьмой» «дни» и включил в свой роман новые превосходные новеллы, но не довел редактирование текста до конца. Так, в «дне пятьдесят седьмом» осталось описание поединка Хуана ван Вордена, которое в несколько измененном и расширенном виде было перенесено в «день двадцать восьмой», а в «дне шестидесятом» упоминается поэт Агудес, рассказ о котором был исключен из «дня сорок седьмого». Наконец, в эпилоге приводится прежнее исчисление глав («шестьдесят дней»), хотя в тексте романа уже содержится «шестьдесят шесть дней». Расхождение в шесть «дней» легко объясняется. В польском издании романа, состоящем из «шестидесяти шести дней», двадцать восемь приходятся на рассказы Вордена, Веласкеса, Уседы, Агасфера и великого шейха Гомелесов, остальные тридцать восемь «дней» заняты «историей» Авадоро-Пандесовны. Кроме того, во французском издании 1813 года отсутствует один из самых прекрасных эпизодов романа, связанный с рассказами вернувшегося из Мексики маркиза Торреса Ровельяса. Похождения благородного испанца, выступившего в защиту угнетенного народа, занимают как раз шесть глав, которые составляют различие между двумя редакциями («дни» 40—45). Возможно, они, как и предисловие, были написаны в конце 1808 года под впечатлением событий в Испании, героической обороны Сарагосы, напоминавшими Потоцкому недавние усилия польского народа и его трагическую судьбу.