В Японии одомашненная собака сопровождает человека с самых ранних периодов истории страны. Не вызывает сомнения, что она была сторожем и любимцем семьи. Возможно, ее также обучали для помощи на охоте. Сохранились многочисленные костные остатки собак: например, в кьёккенмёдинге Йосиго в префектуре Айти рядом с захоронением трех человек были обнаружены останки десяти собак (трех кобелей и семи сук). Кости Canis familiaris japonica — собаки небольшого размера, прародительницы современной породы тиба, — были найдены в двадцати разных местах раковинной кучи, относящейся еще к периоду Ханадзуми раннего Дзёмон. Этот кьёккенмёдинг расположен рядом с деревней Тойохару, префектура Сайтама. В кьёккенмёдинге Нитигаято в префектуре Иокогама безымянный любитель животных периода Хоринути похоронил своего друга в овальной ямке длиной около метра и шириной около полуметра прямо под слоем раковин. Археологи обнаружили прекрасно сохранившийся скелет. В раковинных кучах Убаяма специальных захоронений собак не встречается. Наоборот, характерные царапины на костях животных вполне могли появиться там в процессе отделения мяса. Если мясо предназначалась для использования в пищу, то это могло означать одно — люди находились в очень сложной экономической ситуации.
В неолите кошка еще не была одомашнена. В кьёккенмёдинге Нодзима в Канагаве, относящемся к раннему периоду Дзёмон, был найден череп, а в кьёккенмёдинге Итиодзи в Аомори — нижняя челюсть дикой кошки, подобной той, что обитает в Корее и на острове Цусима. Возможно, судя по сходству черепа, эта кошка была предком одомашненной кошки Хонсю. Тем не менее, справедливым вполне может оказаться и широко распространенное мнение, что домашняя кошка была привезена в Японию из других мест.
Свиньи были завезены в более поздние времена из Китая; в Дзёмон на основных островах Японии их еще не было, однако на островах архипелага Рюкю их останки встречаются.
Принято считать, что лошадь появилась в Японии в эпоху Яёй, однако довольно большое количество костей этого животного в кьёккенмёдингах эпохи Дзёмон явно опровергает это утверждение. Не исключено, что люди эпохи Яёй использовали лошадь в качестве ездового животного и привели коней с собой, но их потребность в лошадях была достаточно ограниченной, а их зависимость от лошади не может быть подтверждена такими аргументами, как рисунки на бронзовых колокольчиках и керамических изделиях. Популярность лошади ясно проявляется в период могильных курганов: в захоронениях обнаружено множество глиняных фигурок лошадей, настенных рисунков и изображений на металлических предметах. Кости небольшой лошади были найдены в кьёккенмёдинге Атака в Кумамото на острове Кюсю. В непосредственной близости от них находилась керамика, датируемая не позднее, чем средним периодом Дзёмон. К немного более раннему периоду относятся кости из Идзуми в Кагосиме. Костные остатки лошадей, обнаруженные в кьёккенмёдингах более поздних периодов (Ангё и Камегаока) в Хоми (префектура Айти), Коздахара (префектура Нагано), Обора (префектура Мияги) и Адзусава (префектура Токио), вполне могут иметь самое непосредственное отношение к более мобильным людям эпохи Яёй, пришедшим на южные японские острова. Кости из Оборы по своим характеристикам ничем не отличаются от костей современных лошадей. В основной массе лошади эпохи Дзёмон были низкорослыми, похожими на пони. Умирали они от старости, ни одной раздробленной кости найдено не было. Останки низкорослых лошадей эпохи Яёй были обнаружены в Тайюи (префектура Нагасаки) и Уриго (префектура Айти), однако в целом лошади Яёй — это животные покрупнее, ростом до полутора метров, и похожие больше на корейских лошадей каменного века. Они считаются лошадьми среднего размера, причем явно существует такая закономерность: чем дальше от Корейского полуострова, тем лошади Яёй становились крупнее. Низкорослые лошади жили на протяжении всей эпохи до буддизма; лошадь из Хираиде периода Хэйдзи тоже была невысокой, не сильно отличающейся от своего предка эпохи Дзёмон.
Без сомнения, контакты с пришлой культурой Яёй способствовали дальнейшему развитию культуры периода неолита. Одним из результатов таких контактов, возможно, стало появление скотоводства: на это указывает наличие костных остатков одомашненной короткорогой коровы в кьёккенмёдингах Окадайра в префектуре Ибараки и Хоми на полуострове Адуми в префектуре Айти.
В сезон созревания дикорастущих овощей, фруктов и ягод, в том числе и дикого винограда, люди собирали их плоды. Тем не менее, такие факты, как существование общин, наличие пригодных для обработки почвы каменных орудий и керамических сосудов, в которых можно было хранить съестные припасы, указывают на то, что в период после среднего Дзёмон люди, по крайней мере в определенной степени, зависели от земледелия. Вероятно, оседлости населения также заметно способствовали такие факторы, как плодоношение каштанов и грецких орехов в тех местах, где люди селились. Скорее всего, зарождалось и овощеводство. Однако свидетельства существования в те времена земледелия в той или иной форме обнаруживаются только в археологических памятниках более поздних периодов. В отдельных местах выращивали просо; более распространенными культурами были гречиха, кунжут и фасоль обыкновенная, чьи семена были найдены в слое торфа в кьёккенмёдинге Симпукудзи, префектура Сайтама. В кьёккенмёдинге Йояма в префектуре Тиба непосредственно под слоем раковин была обнаружена конопля. Возможно, в конце концов эти культуры и приобрели бы широкое распространение, если бы на остров Кюсю не попал рис. Это событие имело революционное значение для сельского хозяйства страны.
Не упомянув о густых лесах Корекавы, нельзя завершить обзор биологических ресурсов, использовавшихся для удовлетворения разнообразных нужд древнего человека. В лесах росли такие породы деревьев, как каштан, вяз, кипарис, береза, вишня и ель.
Все гладкие камни, использовавшиеся людьми самого раннего Дзёмон, имели такую форму от природы и во множестве лежали по берегам рек. Иногда овальные камни размером с ладонь люди обкалывали с одного конца, делая таким образом рубила и каменные топоры (рис. 6). В отдельных случаях заостренные концы орудий слегка полировали. Для примитивных орудий годился практически любой камень, главное — чтобы он не был слишком мягким. Орудия труда делали из песчаника, андезита, глинистого сланца, кварцита, змеевика, кристаллического сланца, яшмы, базальта и обсидиана. Изделия из аргиллита, диорита, офиолита, жадеита и некоторых других минералов полировали. Ведшие более оседлый образ жизни люди среднего Дзёмон делали плоские каменные ступки овальной или прямоугольной формы. Ступки имели немного приподнятый край; иногда у них было четыре ножки. Функции пестика выполняли специальные камни сферической формы. Камни с углублениями свидетельствуют о том, что они использовались для добывания огня, а свои амбициозные строительные замыслы древние люди реализовывали с помощью примитивных топоров трапециевидной или напоминающей корпус скрипки формы (рис. 7, а, б). Довольно часто топоры делали из обломков скальных пород, выходящих по берегам рек. Такие камни были обколоты со всех сторон, кроме одной, остававшейся гладкой. Их использовали для топоров особой формы, применявшихся для копки земли и рубки тонких деревьев и кустарников: камень привязывали к короткому концу развилки толстой ветки (рис. 8). В настоящее время каменные орудия этого типа по-прежнему встречаются на Каролинских островах, на архипелаге Фиджи и в Новой Гвинее. Полированные топоры, овальные и прямоугольные в сечении, были в ходу в среднем и позднем периодах Дзёмон, причем в более поздние периоды предпочтение явно отдавали топорам прямоугольного типа. Шлифовка камня при изготовлении топора появилась еще в раннем Дзёмон; большой прорыв в изготовлении изделий с отшлифованной и отполированной поверхностью был достигнут сразу после того, как закончился средний Дзёмон. К этому времени вырос уровень технического мастерства изготовителей и значительно увеличилось производство изделий из камня, в том числе топоров, мечей и прочих, которым прежде приписывалось магическое значение — этим конкретным предметам или в сочетании с другими. Так называемая каменная дубинка (секибо), до периода Кацусака не встречавшаяся в комплексах, имеет слишком ярко выраженный фаллический характер, чтобы предполагать, что ее прототипом был небольшой пест для размола зерен дикорастущих злаков и орехов, а большие дубинки, иногда достигающие длины полутора метров, явно слишком тяжелы для использования в таком качестве (рис. 7, к). Круглые и зубчатые навершия жезлов или булав появились примерно в период Хоринути; зубчатые навершия произошли от наверший треугольной формы, которые были довольно широко распространены у жителей гор (рис. 7, г, д). Круглые навершия могли использоваться в качестве молотков. Возможно, эти предметы служили оружием на охоте или в схватках с врагом; не исключено также и их церемониальное предназначение (рис. 7, е).