Не стоит объяснять, что открытие такого значительного количества археологических памятников и описание даже небольшой их части говорит о напряженной работе археологов в течение многих десятилетий. Безусловно, ученые регулярно публиковали отчеты о результатах своих исследований, а в последние годы число таких публикаций особенно возросло. В увидевшем недавно (1958 год) свет полном перечне археологических памятников периода каменного века (включая открытия 1955 года) перечислено 3869 единиц. Многие из наиболее крупных памятников — такие, как занимающие общую площадь более 4 тысяч квадратных метров раковинные кучи (кьёккенмёдинги), — настолько часто и основательно перекапывались, что в них, как, например, в раковинных кучах Омори, наверное, уже не осталось ни одной раковины. Понятно, что такие памятники стали предметом исследования в целом ряде научных трактатов.
Можно часто услышать, что толчок развитию современной археологии в Японии дал профессор Эдвард С. Морс, первым понявший, что наличие раковинных куч говорит о том, что на Японских островах в неолите жили люди. В 1879 году С. Морс приступил к раскопкам кьёккенмёдингов Омори, расположенных вдоль линии железной дороги, связывающей Иокогаму с Токио. Его вышедшая на английском языке работа «Раковинные кучи Омори» открыла длинную череду публикаций о доисторических археологических памятниках. По мере того как обнаруживались все новые и новые памятники, относящиеся к данному периоду, постепенно начало складываться представление об этой культуре. В Токийском университете изучение антропологии шло под руководством Сёгоро Цубои, а другой выдающийся ученый, Рюдзо Тории, посвятил себя исследованию проблем антропологии и этнологии в доисторические времена и в культуре айнов. В 1929 году Касива Ояма основал Институт доисторического периода и занимался раскопками памятников неолита в течение пятнадцати лет, вплоть до закрытия института во время войны. Многие ученые-археологи, чьи имена вписаны золотом в историю археологии Японии, выросли в академической атмосфере этого учебного заведения и были воспитаны на его изданиях — таких, как «Shizengaku Zasshi».
Однако подлинное понимание хронологии каменного века, основанное на типологии керамики, появилось в 1937 году — тогда, когда Сугао Яманучи выделил пять классов, которые подразделялись на четко определенные и последовательно сменявшие друг друга типы. С этого времени при датировке находок периода неолита ученые с успехом пользовались системой С. Яманучи. Этот период получил название Дзёмон — от названия техники украшения керамики шнуровым орнаментом. Особенно много памятников этого периода находится в северной части Хонсю, на равнине Канто, где была обнаружена почти тысяча раковинных куч, а также в центральных горах. Наличие сравнительно тонкого культурного слоя в южной части островов, возможно, объясняется более ранним переходом этих регионов к использованию бронзы и железа и более важным значением, которое имели эти периоды для местного населения.