Хотя многое из перечисленного выше найдено прямо на поверхности земли, больше доверия внушают предметы, добытые учеными в результате систематических археологических раскопок. Так, в Тарукиси, недалеко от города Хакодате на юге острова Хоккайдо, примерно на полуметровой глубине были обнаружены внушительных размеров пластины, скребки с заостренными боковыми и передними краями, нуклеусы и отщепы. Некоторые аккуратно обработанные пластины из глинистого сланца в длину превышали 20 сантиметров (рис. 1, в).
Дж. Марингер, занимаясь выявлением типологического сходства более широкого характера, при исследовании орудий труда из Гонгенъямы, расположенной около города Иседзаки, префектура Гумма, обнаружил, что ранние и средние культурные слои этого поселения содержат орудия труда, сходные с существовавшей на острове Ява в нижнем палеолите индустрией Патьитаньи. Орудия для рубки и отщепы, как складывается впечатление, выполнены в технике Леваллуа, а пластины и нуклеусы для них в определенной степени напоминают яванские.
Учитывая данное переплетение типов, а также исходя из принципа геологической стратиграфии, С. Сугихара предлагает следующую периодизацию (при этом вместо термина «культура» он использует более широкое японское понятие бунка):
Вопрос о том, действительно ли появление острий предшествовало появлению керамики, до сих пор остается открытым. Находки в поселении Монотоки, префектура Ниигата, вызвали дискуссию по этой проблеме, что, в свою очередь, подтолкнуло ученых к более интенсивным действиям по датировке острий. Геологические пласты не так легко разделить между собой, поэтому проблема заключается в том, чтобы определить, какому пласту принадлежит находящаяся неподалеку от острий керамика — выше того, где обнаружены острия, или в том же слое. Конечно, после раскопок большого числа поселений, где керамика будет однозначно вертикально представлена в комплексе с каменной индустрией, проблема решится сама собой ко всеобщему удовлетворению. Однако, учитывая то, что культурный слой поселений неглубок, а подвижки земной коры — достаточно частое явление, вряд ли можно будет с полной уверенностью увязать одни артефакты с другими. В качестве аргумента, подтверждающего любую из противоположных точек зрения, можно привести в пример бесчисленное количество случаев с керамикой в поселениях эпохи Дзёмон: за тысячи лет разнообразные типы керамики Дзёмон полностью перемешались между собой. Возможно, наиболее примечательным примером можно считать раскопки, проведенные университетом Нагои в пещере Кюго, префектура Гифу. В результате изысканий было выделено десять видов керамики — от самого раннего до самого позднего, причем по времени их разделяло, как минимум, четыре тысячелетия, а найдены они были в пласте толщиной чуть более 60 сантиметров. При этом существенных стратиграфических различий в самом пласте не наблюдалось. Дело в том, что в пещере люди жили как в эпоху Дзёмон, так и в эпоху Яёй. Поэтому ретушированные пластины могут свидетельствовать как о том, что пещера была убежищем для человека «докерамического» периода, так и о том, что культура «керамики» и культура «докерамического» типа какое-то время сосуществовали.
В то время как единого мнения по поводу терминологии пока нет, большинство ученых при характеристике микролитических индустрии и керамики ранних периодов отдает предпочтение использованию термина «мезолитический». Бесспорно, в данном случае налицо определенные временные накладки, ведь керамика и микролиты периода раннего Дзёмон находят рядом в одних и тех же поселениях, например в Тадо, в городе Йокосука. Однако эпоха Дзёмон сама по себе не является границей между мезолитом и неолитом, хотя следут отметить, что принято считать термины «Дзёмон» и «неолит» синонимами. И действительно, со временем эти два понятия становятся все более близкими.
Раскопки на острове Иидзима, префектура Кагава, находящемся во Внутреннем Японском море напротив города Тамано, префектура Окаяма, выявили довольно разнообразную индустрию: здесь были обнаружены очень небольшие по размеру отщепы с параллельными краями — иногда не более 1,5 сантиметра в длину, ретушированные острия с двусторонней заточкой и нуклеусы. Нельзя сказать с полной уверенностью, что они точно принадлежат к «докерамическому» периоду, так как многие из наконечников метательных орудий мало чем отличаются от аналогичных образцов эпохи Дзёмон. Форма данных острий разнообразна, но большая их часть — это изделия практически правильной треугольной формы с вогнутым основанием.