Асикага Такаудзи. Портрет на шелке (ок. 1360 г.)
Период личного правления Го-Дайго, известный также как «Реставрация Кэмму», оказался недолговечным. Выказывая покровительство избранному кругу придворной знати, император не только оттолкнул от себя бывших военных союзников, но и зарекомендовал себя человеком, не понимающим реалий политической власти. Не вняв урокам прошлого, он упорствовал в глупости и пытался ввести очередной национальный налог для строительства новой огромной императорской резиденции. Группа заговорщиков во главе с Асикага Такаудзи начала войну, которая шла с переменным успехом, и, невзирая на героическое самопожертвование самого преданного сторонника Го-Дайго, Кусуноки Масасигэ (ум. в 1336 году), окончилась бегством Го-Дайго через реку Есино в гористые районы на юге Нары. Одним из побочных следствий неудачной попытки повернуть политическое время вспять был манифест, написанный Китабатакэ Тикафуса (1293-1354) — «Запись подлинной родословной божественных императоров», — который отражал попытку подтвердить право Го-Дайго на власть через апелляцию к его генеалогии. Начальные слова манифеста («Великая Япония является землей богов») представляют собой один из ранних примеров националистической доктрины об уникальном превосходстве японской нации, которое возникло благодаря непрерывной императорской линии. Как ни забавно, это утверждение возникло именно тогда, когда две ветви императорских наследников сражались между собой насмерть ради того, чтобы решить, какая из них в действительности обладает прямой связью с мистическим прошлым.
«Южный двор» при Есино продолжал существовать более пятидесяти лет. «Северный двор» находился в Киото и подчинялся финансируемым Асикага марионеточным правителям. Обе императорские линии были снова объединены в 1392 году третьим сегуном Асикага, Есимицу (1358-1408). Есимицу сделал резиденцией правительства округ Киото, Муромачи, и поэтому период сегуната Асикага также называют эпохой Муромачи. В 1395 году Есимицу отрекся от трона в пользу младшего сына, Есимоти (1386-1428), чтобы гарантировать преемственность, но при этом остался реальным главой правительства, хотя и не требовал от нового императора и его окружения какого-то особого отношения к себе. Щедрый покровитель и подлинный знаток искусства, он жил в роскоши в прославленном Золотом павильоне (Кинкакудзи), который в настоящее время считается одним из величайших сокровищ Японии. Кроме того, Есимицу внес большой вклад в повторное открытие официальной торговли с Китаем, бывшей под запретом с начала монгольских нашествий. Китайцы разрешали торговые отношения только под видом выплаты дани и, в любом случае, нуждались в торговле с Японией не для себя, но больше как в способе принудить японцев контролировать их кишащие пиратами воды. То, как Есимицу жаждал получить признание в качестве «правителя Японии» от китайского императора династии Мин, сделало его объектом единодушных насмешек японских историков.
Асикага достигли пика власти при расчетливом Есимицу, склонном к алкоголизму Есимоти и его младшем брате, пуритански настроенном Есинори (1394-1441), но они никогда не достигали уровня бакуфу Камакуры. Все трое были безжалостными и жестокими, но в эпоху, отмеченную именно такими качествами, этого было недостаточно для гарантии собственной гегемонии. Сюго перестали быть эффективными назначенцами, поскольку превратили свои должности в наследственные. Крупные феодальные дома — Хосокава, Хатакэяма и Сиба — сами превратились в центральную бюрократию. Обширные регионы, наподобие Кюсю, стали практически автономными. Крестьяне, преследуемые стихийными бедствиями, инфляцией и поборами либо вдохновленные буддийскими образами рая, периодически поднимали восстания. Но именно споры военного сословия за наследование привели к наиболее длительным войнам и, в конечном счете, предопределили судьбу бакуфу.
Восьмой сегун, Есимаса (1436-1490), предпочитавший придворные развлечения все более мрачневшей и катившейся к анархии действительности, в 1464 году решил назначить своим преемником собственного брата Есими. На следующий год, однако, жена Есимаса потребовала еде-лать наследником его сына. Это вылилось в длительные дрязги соперничавших сторон, яростно сводивших между собой старые счеты. Исходом стала война Онин (1467-1477), в ходе которой был сожжен Киото, а власть Асика-га над провинциями сведена к чисто номинальной. Более поздние сегуны Асикага были в значительной степени марионетками Хосокава, и японские историки называют столетие их т. н. «правления» Сэнгоку Дзидай — эпохой воюющих государств.