В 1630 г. был запрещен ввоз в Японию европейских книг, а также китайских, где было хоть малейшее упоминание о христианстве. Но, несмотря на принятые меры, в 1637 г. в городе Симабара на острове Кюсю вспыхнуло восстание, вошедшее в историю под названием «христианское», так как большинство его участников были христианами. Восстание это было крестьянским, но в нем приняли участие и многие представители низшего самурайства. В восстании участвовали более тридцати тысяч человек. Во главе крестьян стояли самураи — бывшие вассалы сподвижника Хидэёси, участника корейского похода, «христианского полководца» Кониси Юкинага. Правительство Токугава с особенной жестокостью подавило это восстание — почти все участники его были перебиты или казнены. После этого христианство было строжайше запрещено.
Изоляция страны от внешнего мира, от внешних влияний завершила собой целую систему внутренних мероприятий Токугава, направленных к жестокой регламентации общественных отношений, к точному регулированию хозяйственных функций, прав и обязанностей каждого сословия, к сохранению незыблемости феодального строя.
Любопытные отношения сложились у Японии с Кореей с начала XVII века и до 1811 г. Японцы больше не совались в Корею и не пытались ее колонизировать. Однако раз в десять лет корейцы отправляли в Японию посольство с данью, которая должна была символизировать покорность Кореи Японии. Однако на Востоке подарки, обычные для посольского протокола, часто квалифицировались как дань.
В 1627 и 1639 годах китайская, а точнее, маньчжурская армия вторглась в Корею, но корейцам удалось отстоять свою независимость.
Корейские монархи с середины XVII века также вступили на путь самоизоляции. Корейцам под страхом жесточайшей казни были запрещены торговля с иностранцами и дальние плавания. Корейское побережье охраняла специальная стража, имевшая даже подобие светового телеграфа для оповещения начальства о появлении иностранных судов. Граница между Китаем и Кореей по реке Ялу строго контролировалась. Торговля с китайцами велась только во время действия большой ярмарки на реке Ялу, близ современного города Фыхуанчен. Торговля с японцами производилась только в южном торговом городе Пусади, да и то эпизодически.
Но вернемся к Японии. Все, что говорилось ранее о Японии, относилось к островам Хонсю, Сикоку, Кюсю и южным островам. Что же касается северного острова Хоккайдо, то он к середине XVII века не входил в состав Японского централизованного государства. Позже на юге Хоккайдо возникло японское княжество Мацунаэ, но большинство проживавших там айнов оставались независимыми.
Подтверждением этого служит любопытное прошение Екатерине II, которое было направлено ей в 1788 г. руководителем Северо- Восточной американской компании И.И. Голиковым. От лица компании он просил «в предупреждение покушений других держав построить крепостцу и гавань на 21-м (Шикотан) или 22-м (Хоккайдо) из Курильских островов для заведения торговли с Китаем и Японией и к способнейшим открытиям и приведении под высокую державу» императрицы «соседних островов, кои ни от какой державы, как заподлинно известно нам… поныне не зависят».
Голиков просил выделить ему сто солдат с артиллерией для того, чтобы «иметь от казенной стороны помощь и защищения от всяких притеснений и для охранения…». Еще просил выдать ссуду — 200 тысяч рублей на 20 лет и предоставить монопольные права на эксплуатацию островов и материковой земли, «как открытой, так и той, которую они откроют».
Екатерина отказала. Но каково предложение! И ведь инициатором его были не петербургские чиновники, а люди, прожившие долгие годы на Дальнем Востоке. Разве мог кто-нибудь предложить строить крепость где-нибудь на Хонсю? И крепость-то нужна была не для защиты от японцев, а от «покушений других держав».
Лишь в конце XVIII века японское правительство заинтересовалось Курильскими островами. В 1785 г. на север была снаряжена экспедиция, которая, пробираясь от острова к острову на север, достигла островов Итуруп и Уруп. Участник экспедиции Могами Токунай писал в своем отчете: «Я проплыл мимо первого острова, Кунашир, чтобы достичь следующего — Итурупа… Я был первым японцем, ступившим на эту землю, жители острова были удивлены, увидев меня, и окружили толпой, разглядывая меня». На Итурупе, кроме айнов, японцы встретили русских людей, приехавших туда с острова Уруп. Промышленник Семён Дорофеевич Ищуё (Итуёсов) произвел большое впечатление на Могами своими познаниями в географии Курил и Камчатки.