Ками встречались на всех островах японского архипелага, и все они обладали способностью вмешиваться в ход событий в материальном мире. Масштабы подобного влияния, однако, могли варьироваться. Великая богиня, такая как Аматэрасу, могла повлиять на события в национальных масштабах, и от нее зависела судьба любого японца. Возможности менее значимых ками, связанных с небольшими святилищами в определенной местности, ограничивались пределами одной-единственной деревни или городом и его окрестностями. Более того, поскольку каждый ками мог проявить себя не только как благожелательное существо, но и как злонравное, в задачи людей входило проведение ритуалов и церемоний, которые должны были убедить ками применять свои способности исключительно во благо обществу. По этой причине Небесные Владыки предоставляли решение насущных политических вопросов другим людям, а сами сосредоточивали свои усилия на осуществлении сложных ритуалов в честь Аматэрасу и других важных божеств. Крестьянские семьи также должны были периодически проводить празднества в деревенских святилищах, принося туда специально приготовленные блюда и бочонки с саке и сопровождая все это музыкой и танцами. Все это делалось для того, чтобы убедить местное божество обеспечить обильный урожай, оградить общину от эпидемий и природных катаклизмов и всячески облегчать полное невзгод существование крестьянина.
Синто основывалось на убеждении, что люди могут быть счастливы и даже достичь определенного благополучия в этой жизни путем поклонения ками. Буддийская доктрина утверждала, что мир наполнен страданиями и неизбежным горем. Общим в учениях всех буддийских сект было утверждение, что страдания человека происходят от его эмоциональных привязанностей к другим людям и к материальным благам. Но поскольку все это — эмоции, физический мир, само существование является преходящим и эфемерным, то становится очень трудно определить, чего же на самом деле желает человек: красота увядает; счастье рассеивается; смерть неизбежна. Более того, концепция кармы («идея и следствие») подразумевает, что поступки, совершенные в прошлых жизнях, прочно привязывают человека к желаниям и страданиям, вовлекая его тем самым в бесконечный круг подобных перерождений. Нарисовав столь печальную картину, буддизм предлагал людям последнюю надежду. Путем отречения от желаний и индивидуального сознания, принимая мимолетность и понимая единство универсума, человек может разорвать круг страданий, преодолеть карму и достигнуть вечного блаженства нирваны. Для адептов секты Тэндай главным ориентиром на пути к просветлению была Лотосовая сутра, которая считалась последней проповедью Гаутамы. Приверженцы дзэновских сект стремились преодолеть свое эго при помощи медитации и отказа от материальных благ. Народная вера, в свою очередь, призывала уповать на милость и сострадание будды Амиды.
Несмотря на свои метафизические и космологические отличия, синто и буддизм мирно сосуществовали на протяжении средневековой истории Японии. Одной из причин тому была, вероятно, взаимодополняющая сущность обеих систем. Поскольку синтоистские ритуалы акцентировались в основном на обращениях к ками за помощью именно в земном существовании, а буддизм занимался судьбой души после смерти тела, человек мог практиковать оба эти вероучения. Более того, большинство японцев весьма терпимо относилось к различным версиям религиозной истины, что и обнаружилось в попытках гармонизировать обе эти традиции. На протяжении столетий, последовавших за появлением в Японии буддизма, ками в глазах как религиозных авторитетов, так и простых верующих превратились в воплощения будд и бодхисаттв. Таким образом Аматэрасу, богиня Солнца, занимавшая центральное место в синтоистском пантеоне, стала отождествляться с космическим Буддой, Дайничи, санскритское имя которого — Махаваирокана — означало «Великое Солнце». В итоге задолго до периода Токугава большинство религиозных институтов сочетало как синтоистские, так и буддийские черты.
Захоронение Иэясу в Никко превратило его из смертного военачальника в могущественное божество, которое распространяло с востока свое сияние, простирая свою защитную ауру над всеми японскими островами. В качестве воплощения Якуси он становился главным буддой, усилия которого направлялись на спасение японцев. Место его окончательного упокоения перекликалось с этой новой функцией, поскольку Никко было именем важного бодхисаттвы, который часто появлялся подле Якуси. Согласно синтоистским представлениям, Иэясу также почитался как синкун — «божественный правитель». Этот термин, который записывался при помощи идеограмм ками (произносившейся в данном случае син, как и в слове синто) и «господин», или «правитель», подразумевал, что японские боги освящали светскую власть дома Токугава и что синтоистский дух Иэясу будет охранять его потомков, Небесного Владыку, императорский двор, самураев и всю нацию. Для культуры, придающей большое значение семантике имен, Тосо Дай Гонген сочетало в себе множество аспектов: Иэясу был «божественным правителем», воплощением Будды, великим светочем Востока. Написание его титула включало в себя также элемент сё, который присутствовал в виде тэрасу в имени Аматэрасу.
Политическая элита державы с целью легитимизации своей власти обращалась также и к конфуцианству. Конфуций, современник Сиддхартхи Гаутамы, живший в Китае, создал этическую систему, которая, по его расчетам, могла обеспечить людям стабильность, порядок и благополучие в этом мире. Реинтерпретация и модификация первоначальной системы вывели на передний план два фундаментальных положения, которые впоследствии оказались в фокусе внимания японских ученых. Общество разделялось на иерархические сословия — правителей, крестьян, ремесленников и купцов. Каждый, в соответствии со своим статусом, был вовлечен в одно или более основных отношений. Всего было пять типов отношений: правитель и подданный; муж и жена; отец и сын; старший брат и младший брат; друг и друг. Более того, гармония в обществе могла быть достигнута только тогда, когда все его члены следовали предписанным им функциям (правитель управлял, крестьяне и ремесленники производили предметы потребления, а купцы доставляли товары на рынок) и честно исполняли свой долг, обозначенный в дуалистических сочетаниях (подданный подчинялся правителю, жена чтила своего мужа, сын боготворил отца и т. д.). Таким образом, каждый человек должен был развивать свои моральные и интеллектуальные качества путем изучения ритуалов, поэзии и музыки, превращаясь постепенно в «человека добродетели», который, понимая и исполняя свои обязанности, работал на повышение всеобщего благосостояния.
В эпоху династии Сун (960—1279) китайские философы начали выделять определенные метафизические концепции, разработанные на основе традиционного внимания конфуцианцев к практической этике. Новая доктрина получила название «неоконфуцианство». Она отводила особую роль дуальности ри-ки. Ки означало «эфир» или «материальную силу». Это было нечто вроде пара, способного превращаться в пять основных элементов (дерево, огонь, земля, металл и вода). Ки могло также комбинироваться с ри, и в таком случае ки конденсировалось, образуя живые существа и предметы. И наоборот, при разделении ки ири вещи прекращали свое существование. В то время как ки выступало в роли дающей жизнь силы, ри всегда оставалось «принципом» — абстракцией, которая содержала в себе естественные законы и социальные нормы. Ри обеспечивало человека своей природой, определяло свойства вещей и направляло течение мировых событий. Постигая ри, люди могли воспроизвести на земле такую социальную иерархию и личные отношения, которые соответствовали совершенному моральному порядку.