Высшая государственная должность — главный советник (тайро) — не была постоянной. Она учреждалась обычно при малолетнем сёгуне или в связи с чрезвычайными обстоятельствами. На этот пост выдвигались особо доверенные лица.
Старшие государственные советники (родзю), которых было пять или шесть, ведали делами управления страной и сёгунскими территориями, надзором за даймё и др. Они назначались из богатых фудай даймё, имевших доход не менее 25 тыс. коку. Если состояние вновь назначенного было ниже установленного ценза, то правительство жаловало ему дополнительные земли с соответствующим доходом. Родзю исполняли свои обязанности посменно, по месяцу каждый. Наряду с сёгуном они имели право ставить печати на важнейшие документы. В определенные дни они принимали даймё, чиновников и других просителей.
У родзю были помощники — младшие государственные советники (вакадосиёри), которые ведали охраной сёгуна и его дворца, полицейским аппаратом и всеми другими военными отрядами, формировавшимися из самураев-вассалов сёгуна (хатамото, гокэнин). На эту должность назначались лица из менее состоятельных фудай даймё.
Для обсуждения государственных дел родзю и вакадосиёри периодически собирались в одном из залов сёгунского дворца — Гоёбэя. Это был высший административный орган — Государственный совет, который иногда называли Гоёбэя по месту проведения его заседаний.
Административными, финансово-экономическими и хозяйственными делами бакуфу ведали четыре ведомства. Их деятельность была связана с повседневной жизнью и осуществлялась под началом родзю.
Финансовое ведомство (кандзё бугё) управляло всеми финансами бакуфу, ведало вопросами, связанными с налогами и повинностями, наблюдало за деятельностью правительственных наместников (гундай и дайкан), рассматривало жалобы населения восьми провинций района Канто. Ему были подчинены монетный двор, управление лесами и рисовыми складами. Это ведомство играло большую роль в жизни крестьян, проживавших на территории сёгунских владений, так как все налоговые книги, списки и документы, касавшиеся обложения, представлялись провинциальными наместниками сёгуна именно в это ведомство. Туда же обычно направлялись на предварительное рассмотрение жалобы крестьян, поданные в Государственный совет[162].
Ведомство по делам религии (дзися бугё) занималось делами буддийских и синтоистских храмов, но одновременно рассматривало жалобы населения всех других районов Японии, кроме восьми провинций района Канто. Были еще ведомство по делам г. Эдо (Эдо мати бугё) и ведомство по делам других больших городов (например, Нагасаки); последнее ведало рудниками, принадлежавшими сёгуну (энкоку бугё).
Существовал большой аппарат полицейских инспекторов (омэцукэ), у которых были помощники (мэцукэ).
Совещательным органом при сёгунате был Хёдзёсё, в который входили представители кандзё бугё, дзися бугё, Эдо-мати бугё и мэцукэ. Там обсуждались текущие дела и готовили ответы на запросы родзю. Вместе с тем Хёдзёсё представлял собой своего рода верховный суд, где рассматривались конфликты между ведомствами, петиции от даймё, княжеские споры о наследстве, прошения от крестьян, поданные минуя местные власти, и другие важные дела.
Единого свода законов тогда еще не существовало, при судебных разбирательствах обычно руководствовались отдельными правительственными указами и судебной практикой. Только в начале XVIII в. был издан первый судебник, а в 1742 г. — кодекс законов, но предназначались они лишь для чиновников и обнародованы не были. С 1712 г. для приема жалоб от населения перед воротами Хёдзёсё 3 раза в месяц выставлялся специальный ящик (мэясубако).
Во владениях бакуфу правили наместники (гундай и дайкан). В ведении гундай находились территории с доходом более 100 тыс. коку: они контролировали самые важные экономические районы страны. Дайкан руководили владениями с доходом менее 100 тыс. коку.
На этих наместников возлагались следующие функции: политико-административные (управление подведомственной территорией), судебные (разбор жалоб населения), финансовые (взимание налогов, изменение налоговых ставок и т. д.), хозяйственные (ремонт плотин, дорог, мостов, наблюдение за ирригационной системой и т. п.), чрезвычайные (снабжение сёгунских войск, если они находились на подведомственной им территории, и подавление восстаний). Наместникам даже разрешалось вступать в переговоры с соседними феодалами в случае необходимости посылки войск для подавления волнений, что свидетельствовало о большом доверии к ним[163].