Постоянно расширялись виды сельскохозяйственных культур: тутовые, бумажные и лаковые деревья, чайные кусты. Были завезены батат, арбузы, табак. Интенсивно осваивалась целина. В окрестностях Киото, для снабжения которого требовалось много разных продуктов, стало развиваться товарное огородничество. Большое распространение получили экономически выгодные технические культуры — судза (перилла) и кунжут, которые использовались для изготовления масла для светильников. Сырье привозили на судах из районов Внутреннего Японского моря, а его закупку монополизировал цех масла в Ямадзаки.
Но главной технической культурой стал хлопчатник. Семена хлопчатника были привезены в Японию из Индии в 799 г. Эта культура стала прививаться в южных районах Японии, но особого распространения в то время не получила. Тогда широко процветали разведение шелковичных червей и шелководство[30].
Вторично семена хлопчатника были завезены в Японию из Кореи в XIV в. Хлопок получил распространение примерно в 1490–1520 гг. и постепенно стал культурой, на основе которой интенсивно развивалось товарное производство. Хлопок сделал известной провинцию Микава, где уже в 1510 г. приступили к изготовлению хлопчатобумажной ткани, которая, как и одежда из нее, прежде ввозилась из-за рубежа. До появления хлопка в Японии были в основном распространены пеньковые и шелковые ткани.
Распространение хлопководства имело большие последствия для экономического развития страны. Оно оказало большое влияние на развитие домашней деревенской промышленности в период Токугава. Производство ниток повлекло за собой необходимость в красителях. Поэтому начиная с XVI в. стали расширяться посевы индиго[31]. Все это создавало благоприятную атмосферу для развития производства и товарного обмена, и отделения ремесла от сельского хозяйства. Хлопчатобумажные ткани производились в Тоноэ, Суруга, Каи, Мусаси, а к началу XVII в. — в Ава, Исэ, Овари, Мино. В частности, в 1580 г. в Мусаси была почтовая станция, где торговали хлопчатобумажными тканями, там появились торговцы, которые скупали их у крестьян из окрестных деревень. В западной части Японии скупка тканей получила распространение несколько позже. В конце XVI в. в уезде Нисинори провинции Сэццу изготовляли ткань «кодзума», которую продавали в Киото[32].
В XV в. быстро развивалось рыболовство, которое с древнейших времен играло важную роль в повседневной жизни японцев, являясь главным занятием населения прибрежных районов. Появились невод (дзибики ами), специальные сети для лова разных пород рыб — иваси, лакреда, тай[33]. Морскую рыбу стали солить, что позволяло возить ее на продажу на дальние расстояния[34].
Изменения в деревне шли параллельно со становлением крупных земельных владений. Система землевладения и землепользования представляла собой довольно пеструю картину. Возникшая еще в VIII в. система сёэн — форма поместного землевладения столичной аристократии и храмов — в середине XVI в. окончательно пришла в упадок. Для сёэн были характерны отсутствие компактного земельного массива и сложная система подчинения: наряду с номинальным владельцем, проживавшим, главным образом, в столице и получавшим натуральную ренту, существовал фактический владелец (дзито, формально — только управляющий), а также различные категории чиновников, приближавшихся по своему положению к феодалам. Слой дзито формировался из гокэнин — непосредственных вассалов сёгуна. В их обязанность входил сбор налогов, а также полицейские и судебные функции.
Начиная с XIII в. основной производственной единицей в сёэн стали хозяйства глав больших патриархальных семей (мёсю). Так называли владельца именного надела (мёдэн), являвшегося единицей налогообложения. Мёсю платил ренту владельцу сёэн сам или через чиновников. Хотя средний размер хозяйств мёсю был небольшим, они использовали труд арендаторов и безземельных крестьян.
В XIV в. началось разложение системы сёэн. Их владельцы теряли свои земли, которые переходили к новому феодальному сословию. Происходило размывание слоя мёсю и дзито, из их среды появлялись мелкие и средние феодалы, а из среды наместников провинций сюго, которые стояли выше дзито в административной иерархии, вышли владетельные феодалы-даймё. Для управления деревнями даймё назначали чиновников, как правило, из среды мёсю, главными обязанностями которых были сбор налогов, перепись земель и т. д. Новое феодальное сословие потеснило старые аристократические дома, прежних владельцев поместий. В целях укрепления своей власти даймё отрывали от земли своих воинов (буси) и переселяли в призамковые города (дзёкамати). Этому способствовал технический прогресс в строительной технике: появление каменных укреплений вокруг замков привело к тому, что горные замки уступили место равнинным, вокруг которых возникали поселения.