Командир 2-й дивизии авианосцев контр-адмирал Ямагути Тамон, находившийся на «Хирю», решил самостоятельно атаковать оперативное соединение противника. В 7 час. 58 мин. группа в составе 18 бомбардировщиков и 6 истребителей поднялась в воздух. Уклонившись от встречи с вражескими истребителями и преодолев завесу зенитного огня, эта группа в 9 час. 07 мин. атаковала американский авианосец «Йорктаун», причинив ему серьезные повреждения.
Еще до этих событий разведывательный самолет, вылетевший в 5 час. 30 мин. с «Сорю», совершил посадку на «Хирю». Летчик сообщил об обнаружении им оперативного соединения противника в составе трех авианосцев: «Энтерпрайз», «Хорнет» и «Йорктаун». Было решено атаковать их всеми оставшимися самолетами. В 10 час. 30 мин. в воздух поднялись десять штурмовиков под прикрытием шести истребителей. По полученному донесению, в один авианосец противника попали три торпеды;[72] кроме того, получил серьезные повреждения тяжелый крейсер.
После трех воздушных налетов, включая атаку о. Мидуэй, «Хирю» лишился большей части своих самолетов. На авианосце осталось всего 6 истребителей, 5 бомбардировщиков и 4 штурмовика. Тем не менее проводилась подготовка к тому, чтобы снова атаковать авианосцы противника. Но в 14 час. 03 мин., когда ударная группа собиралась взлететь, 13 американских бомбардировщиков нанесли по «Хирю» бомбовый удар. На авианосце вспыхнул сильный пожар. Матросы покинули корабль. Адмирал Ямагути и командир авианосца капитан I ранга Каку остались на мостике, чтобы разделить участь корабля.
Испытав горечь поражения, вице-адмирал Нагумо отошел на запад, чтобы избежать воздушной атаки, и решил дождаться наступления темноты, после чего изменить курс, сблизиться с противником и навязать ему ночной бой. Однако в 15 час. 30 мин. с самолета, базировавшегося на «Тикума», было получено донесение, что восточнее накренившегося на борт и горящего авианосца противника обнаружено соединение в составе 4 авианосцев, 6 крейсеров и 15 эскадренных миноносцев, идущее курсом на запад.[73]
Таким образом, противник оказался намного сильнее, чем мы предполагали. Теперь в случае неудачного ночного боя наши корабли с рассветом оказались бы в безвыходном положении. Все это хорошо понимал вице-адмирал Нагумо и поэтому решил отказаться от ночного боя и продолжать отход на северо-запад.
В этой обстановке на флагманском корабле Объединенного флота было принято решение всеми силами атаковать и уничтожить противостоящего противника. В 9 час. 20 мин. был отдан приказ 2-му авианосному соединению (авианосцы «Рюдзё» и «Дзунё»), действовавшему на алеутском направлении, идти на соединение с силами Объединенного флота. 3атем в 10 час. 10 мин. было приказано временно приостановить захват о. Мидуэй и Алеутских о-вов. После этого было принято решение на ночной бой. Однако, видя, что обстановка все больше меняется в пользу противника, адмирал Ямамото в 21 час. 15 мин. приказал соединению вторжения и авианосному соединению присоединиться к главным силам, а в 23 час. 55 мин. отдал приказ об отмене операции по захвату о. Мидуэй.
Утром 6 июня авианосное соединение снова было атаковано американскими самолетами, но, к счастью, все обошлось благополучно. После полудня оно присоединилось к главным силам и большей части соединения вторжения. Главнокомандующий Объединенным флотом в 7 час. 6 июня приказал 2-му авианосному соединению возвратиться к северному соединению и продолжать выполнение ранее поставленной задачи на алеутском направлении.
Перед этим 7-я дивизия крейсеров (командир контрадмирал Курита) в составе четырех крейсеров в соответствии с приказом подошла к о. Мидуэй, чтобы до рассвета 6 июня обстрелять его. Когда дивизия находилась в 90 милях западнее острова, ей был послан приказ, отменяющий предыдущий. Корабли изменили курс. Вскоре с флагманского корабля «Кумано», который шел впереди, обнаружили подводную лодку противника, находившуюся в надводном положении. Был подан сигнал «Поворот всё вдруг». Из-за нечеткого выполнения маневра крейсер «Микума», шедший третьим номером, столкнулся с крейсером «Могами», шедшим четвертым. У «Могами» оказалась срезанной носовая часть, и он под прикрытием «Микума» стал отходить на запад. 7 июня с 18 час. 45 мин. крейсер «Микума» подвергся непрерывным атакам палубных самолетов противника и затонул в 500 милях западнее о. Мидуэй.[74]