Союзные войска к тому времени приобрели высокий боевой дух и усиленно проводили укрепление Порт-Морсби. В этих условиях Ставка 11 июля дала директиву, в которой предписывалось полностью прекратить операции против о-вов Новая Каледония, Фиджи и Самоа, а вместо этого «во взаимодействии сухопутных и морских сил овладеть Порт-Морсби. В последующих операциях очистить от противника восточную часть о. Новая Гвинея и другие важные районы».
В то время Ставка не располагала необходимыми сведениями об обстановке в районах намечаемой операции. Стремясь ускорить ее ход, она дала директиву, используя в качестве исходных данных лишь отрывочные материалы аэрофотосъемки о дорогах из пункта Буна через Кокоду на Порт-Морсби, представленные морской авиацией.
Получив директиву Ставки о немедленном захвате Порт-Морсби с суши, командующий 17-й армией 8 июля в Давао отдал приказ:
1. Отряд Южных морей спешно высаживается в районе Буны, быстро продвигается по дороге Буна — Кокода и захватывает Порт-Морсби и аэродром в районе Порт-Морсби.
2. 35-я пехотная бригада остается на о. Палау; часть сил этой бригады должна быть готовой высадиться с моря непосредственно в восточной части Порт-Морсби и тем самым облегчить выполнение операции отряду Южных морей. Другая специально выделенная часть бригады готовится к захвату пункта Самарай и важного района восточнее этого пункта.
3. Отдельный отряд Аоба и 41-й пехотный полк остаются в Давао и составляют резерв армии.
Отдав этот приказ, командующий 17-й армией отбыл из Давао на самолете и через о. Трук прибыл 24 июля в Рабаул.
В то время в военно-морских силах юго-восточного направления происходили значительные изменения. 14 июля Ставка сформировала 8-й флот, поставив ему задачу действовать на юго-восточном направлении. По первоначальному плану предполагалось, что вновь сформированный флот после осуществления операции по захвату о-вов Фиджи и Самоа будет решать задачи обороны данного района, но в связи с приостановкой этой операции вновь сформированный флот перешел на юго-восточное направление на смену 4-му флоту, а последний получил специальную задачу обороны внутри зоны Южных морей.
Командующий 8-м флотом вице-адмирал Микава Гунъити 25 июля прибыл на о. Трук, принял от 4-го флота задачу по ведению операций на юго-восточном направлении и 30 июля отбыл в Рабаул. 8-й флот в то время имел в своем составе флагманский корабль «Тёкай», 6-ю дивизию крейсеров (четыре крейсера), 18-ю дивизию крейсеров (три легких крейсера), 7-й дивизион подводных лодок (пять лодок), 7-й базовый отряд (включая 82-й охранный отряд), 8-й базовый отряд (включая 84-й охранный отряд), 3-й специальный десантный отряд Куре, 5-й специальный десантный отряд Сасебо и 2-й авиационный отряд. Основные силы флота дислоцировались в Рабау-ле, а также по направлениям Лаэ, Саламоа и Соломоновы о-ва. Здесь, кроме того, находилось семь команд, в задачу которых входило строительство и оборудование аэродромов.
От авиации с 8-м флотом на юго-восточном направлении взаимодействовала 25-я воздушная флотилия. Она находилась в непосредственном подчинении командующего 11-м воздушным флотом вице-адмирала Цукахара Нисидзо и насчитывала в своем составе 70 самолетов различных типов. Основная часть самолетов была размещена в Рабауле, а часть (по 5 летающих лодок и истребителей) — в Тулаги. В задачу отряда входило уничтожение авиации противника на направлении Порт-Морсби и взаимодействие с отрядом Южных морей при захвате данного района.
28 июля в Рабаул поступил документ Ставки, так называемое центральное соглашение армии и флота, которое обычно высылалось вместе с директивой. Соглашение конкретизировало задачи 17-й армии, 8-го флота и 11-го воздушного флота по ведению боевых операций в восточной части Новой Гвинеи. К соглашению 31 июля была составлена записка, в которой впервые определялись замысел и масштаб операции в восточной части Новой Гвинеи. В ней указывалось:
1. Армия отрядом Южных морей продвигается по дороге Буна — Кокода, осуществляет быстрый захват Порт-Морсби и близлежащего аэродрома. Начало высадки главных сил отряда — 7 августа; завершение — в последней декаде августа.
2. Часть наземных сил (примерно один батальон 35-й пехотной бригады) и морской десантный отряд совершают переход морем, высаживаются в восточной части Порт-Морсби и содействуют отряду Южных морей в захвате его. Момент высадки в районе Порт-Морсби — сразу после преодоления хребта Оуэн-Стэнли отрядом Южных морей.