Что касается военных мероприятий, то они разрабатывались генеральным штабом и морским генеральным штабом самостоятельно, хотя начальники этих штабов с необходимым аппаратом были представлены в едином органе — Ставке.
Таким образом, совместные заседания правительства и Ставки никакими юридическими правами не обладали. Их решения носили характер простой договоренности. Наиболее важные докладывались императору, и он давал свое согласие на проведение намеченных мероприятий. Часто случалось, что императору докладывали раздельно: премьер-министр — вопросы государственной политики, а начальники генеральных штабов — вопросы военной политики.
Состав совещания не был постоянным. От правительства присутствовали: премьер-министр, министры иностранных дел, военный и военно-морской. От военного руководства — начальники генеральных штабов. Кроме того, в качестве непостоянных членов принимали участие министр финансов и начальник главного управления планирования, а в случае необходимости и другие члены кабинета министров.
При совещании имелся секретариат. Это был рабочий орган, который готовил проекты документов для обсуждения. Проекты, выносимые на обсуждение, докладывались в зависимости от обстановки от имени правительства или Ставки. Если проект вносился от имени Ставки, он предварительно должен был получить одобрение представителей Ставки от армии и флота. В свою очередь, проекты Ставки должны были быть одобрены также военным и военно-морским министрами на заседании Ставки. Следовательно, фактически проекты Ставки носили характер совместных документов министерств армии и флота и верховного командования сухопутных сил и военно-морского флота. Для предварительного согласования разработанных проектов мероприятий требовалось много времени, к тому же обычно шли горячие споры по отдельным пунктам подготовленных документов.
Таким образом, в Японии хотя и считалось, что мероприятия по руководству войной разрабатываются совместно армией, флотом и правительством, фактически же единства и согласованности в этих вопросах не было.
В правительстве были также образованы советы четырех и пяти министров. Эти советы были представлены наиболее влиятельными членами кабинета и обсуждали особо важные вопросы государственной политики, после чего они согласовывали их с министрами армии и флота, приходили к единому мнению, а министры уже должны были эти решения отстаивать на заседаниях Ставки.
Так, например, в ноябре 1940 года вновь назначенные на руководящие посты представители верховного командования армии и флота созвали экстренное совещание и предложили выработать единое мнение по государственным и военным вопросам. 20 ноября 1940 года на совете пяти министров обсуждалось требование верховного командования. Было решено еженедельно, по четвергам, проводить традиционные совещания не в императорском дворце, а в резиденции премьер-министра. Было также решено, что на очередном совещании следует обсудить вопросы руководства войной. Наряду с такими совещаниями проводились традиционные еженедельные совещания Ставки и правительства по обмену информацией. На них кроме членов совещания присутствовали начальники отделов информации (разведки) генеральных штабов армии и флота и ответственные сотрудники министерства иностранных дел.
В июне 1941 года, когда с началом войны Германии с Советским Союзом обострилась внутренняя и международная обстановка и был сформирован третий кабинет Коноэ, совещания активизировались и вновь были перенесены в императорский дворец.
В положении о совете по связи правительства со Ставкой говорилось, что он существует до тех пор, пока обстановка не будет свидетельствовать о приближении окончания войны. В июле 1944 года был сформирован кабинет Коисо. Совет переименовали в Высший совет по руководству войной и внесли соответствующие изменения в положение о нем. Более того, премьеры Коисо и Судзуки, как бывшие военные, пользовались на совете особыми привилегиями, как военный и военно-морской министры, они присутствовали на совещаниях Ставки, где обсуждались вопросы использования вооруженных сил в войне, и на оперативных совещаниях представителей Ставки от армии и флота.
Как уже отмечалось, важные решения совещания докладывались императору и получали его санкцию. Особо ответственные решения, как правило, должны были обсуждаться на совете с участием императора. На этих заседаниях присутствовали те же высокопоставленные лица, что и на советах по связи правительства со Ставкой. Правда, на заседаниях совета с участием императора бывали обычно заместители главнокомандующих армии и флота, а также председатель Тайного совета. Присутствие последнего определялось тем, что требовалось зачастую давать разъяснение на запросы императора по отдельным важным вопросам государственной политики. Кроме того, присутствие председателя Тайного совета придавало больший вес заседанию.