Второй ребенок родился как сгусток пены. Расстроенные такими неудачами и неспособностью породить что-то достойное, боги обратились за советом к Амацуками, древнейшим богам. Супругам объяснили, что неудачи с попытками родить «хороших» детей происходят из-за того, что во время брачной церемонии обеты первой принесла женщина. Пара вернулась на Оногоросиму и повторила церемонию в предписанном порядке. На этот раз Идзанаги заговорил первым, после чего стали рождаться здоровые и успешные дети — острова Японского архипелага.
Последовательность создания островов в «Кодзики», а также в основном и дополнительном рассказах «Нихон сёки» различается, но ключевые моменты во всех версиях совпадают. Сикоку и Кюсю входят в число первенцев, как и Авадзи, остров во Внутреннем Японском море Сэто. Хонсю обычно состоит из двух «островов». Некоторые небольшие отдаленные острова — такие, как Ики, Оки и Цусима в Корейском проливе и Садо в Японском море, — также появляются в определенном порядке.
После появления островов Идзанами приступает к порождению разных природных явлений и объектов: морей, рек, гор, лесов и равнин. Эти природные божества рождаются парами «мужчина и женщина», как и ранние Амацуками. Но, в отличие от своих родителей или богов островов, эти пары природных божеств не стали знаменитыми. Хотя многим из них до сих пор поклоняются в небольших святилищах, их имена малоизвестны. Они персонифицируют природные ландшафты и редко упоминаются в мифологии или фольклоре.
Согласно «Кодзики», среди последних детей Идзанами был Хи-но Кагуцути 
бог огня. При рождении Хи-но Кагуцути сжег лоно Идзанами, ее рвало, она мочилась и испражнялась, а потом умерла. Рвота, моча и фекалии богини тоже превратились в пары божеств: руд и металлов, текущей воды и глины. Идзанаги впал в ярость из-за смерти сестры и супруги, схватил меч и убил Хи-но Кагуцути, так жестоко изрубив бога огня, что его кровью забрызгало горы, превратившиеся после этого в вулканы.
Охваченный жаждой мести и насилия, Идзанаги начинает поиски Идзанами. Он узнаёт, что она ушла в Ёми-но куни 
Желтую страну, или обитель смерти. Идзанаги отправляется в Ёми-но куни и находит там Идзанами, которая прячется в доме. Она умоляет его не входить: ей будет стыдно, если он увидит ее мертвой. Но Идзанаги врывается и видит, что Идзанами превратилась в гниющий труп. В ужасе он бежит прочь от жены.
Идзанами, расстроенная предательством брата и мужа, посылает за ним вдогонку целую армию божеств грома и уродливых ведьм. Чтобы остановить преследователей, Идзанаги бросает свою повязку для волос, затем гребень и, наконец, меч. Он достигает Склона Ёми-но куни, входа в подземный мир и выхода в мир живых, выбирается наружу и закрывает Желтую страну огромным валуном. Когда с другой стороны от камня появляется Идзанами, супруги начинают переговоры. Вероятно, это самый первый развод в Японии. Идзанами угрожает «каждый день душить до смерти тысячу обитателей травянистой страны смертных». В ответ Идзанаги обещает «каждый день строить полторы тысячи домов рождения»[23].
После бегства из Ёми-но куни Идзанаги совершает омовение в реке. С очищением очередной части тела стекающая вода дает жизнь новым божествам — времени, приливов, ритуальной чистоты. В завершение Идзанаги промывает глаза и нос, создав тем самым трех наиболее могущественных природных божеств. Из левого глаза Идзанаги рождается Аматэрасу, Небесное сияние, богиня солнца. Из правого глаза Идзанаги рождается Цукуёми 
Лунный счёт, божество луны. Наконец, из носа Идзанаги является Сусаноо, Доблестный яростный бог-муж, божество свирепых сил природы. Идзанаги счастлив, он гордится этими тремя детьми и называет их своими наследниками и повелителями всего мира, обустроенного им самим и Идзанами. Аматэрасу получает власть над Высокими равнинами небес (Такамагахара 
Цукуёми становится владыкой ночи, а Сусаноо — повелителем океана.
Идзанами (слева) и Идзанаги (справа) держат «свернутое копье небес» над бесформенным хаосом, предшествовавшим творению
The Gerhard Pulverer Collection, Freer and Sackler Galleries, Smithsonian Institution, Washington, D.C.
История смерти Идзанами и путешествия Идзанаги в страну Ёми-но куни — один из древнейших известных нам японских мифов, но только в «Кодзики» он записан как важное сказание. В основном повествовании «Нихон сёки» Идзанами не умирает — она сама порождает трех небесных богов (Аматэрасу, Цукуёми и Сусаноо), прежде чем удалиться на покой вместе с супругом, завершив обустройство мира. Страна Ёми-но куни упоминается в «Нихон сёки» исключительно в дополнительных частях, которые основаны на сказаниях «Кодзики». Возможно, это связано с китайским культурным влиянием. Если принять толкование образов Идзанами и Идзанаги как воплощение инь и ян, китайских принципов, управляющих вселенной, оба божества должны оставаться живыми и активными во имя существования мира. Можно найти и другое объяснение: страна Ёми-но куни и связанный с ней миф отсутствуют в основном повествовании «Нихон сёки», потому что эта часть мифологии утрачивает значение, которое имела во времена составления «Кодзики». Но главное, что во всех версиях мифа, независимо от того, умирает Идзанами или остается в живых, пара богов-создателей в итоге передает мир своим трем детям, а Япония приближается ко временам человеческого правления.