Последовательность появления восьми островов различается в разных версиях мифа, но список всегда включает острова Авадзи, Сикоку, Кюсю, Хонсю, Оки, Ики и Цусима. Сикоку в легендах всегда разделен на четыре региона. Его название Четыре области подразумевает древние провинции, которые сегодня стали четырьмя префектурами. Уже в мифах остров прочно связан с числом четыре. И хотя Сикоку родился как единое божество, у острова четыре лика, каждый из них действует как отдельный бог — по одному для каждой из четырех провинций.
Остальные острова олицетворяются одним божеством, кроме Хонсю: у него в некоторых версиях может быть два божества. Каким-то из этих божеств позднее поклонялись в особых святилищах на соответствующих островах или в исторических областях-провинциях, но они редко упоминаются в дальнейших мифах и не обладают особым значением за пределами местных сообществ. Примером такого божества может быть богиня Огэцухимэ 
представляющая один из четырех ликов острова Сикоку. Она ассоциируется с провинцией Ава (современная префектура Токусима). Ей, покровительнице нынешней столицы префектуры, поклоняются в нескольких святилищах, самое значительное из них — храм Итиномия.
Сразу после сотворения японские острова никому не принадлежали и никем не управлялись. Их заселили яростные боги и непокорные духи, ведь идеи порядка на земле еще не существовало в изначальном разделении мира на три уровня. Аматэрасу получила небо, Цукуёми — ночь, Сусаноо — море, но саму Японию не поручили ни чьей заботе. Аматэрасу и Цукуёми мирно делили небесное пространство. Однажды они вдвоем спустились на острова. Цукуёми увидел Укэмоти 
богиню пищи, она магическим образом производила разные виды еды из всех своих телесных отверстий. Цукуёми пришел в ужас, что мог съесть или выпить нечто, явившееся на свет из нечистых частей тела богини. Он немедленно зарезал Укэмоти, но Аматэрасу разгневалась, узнав об этом, и прогнала его из своего дворца. С тех пор луна обречена блуждать по ночам, а солнце движется по небу днем, и они разлучены навечно.
Разрыв между Аматэрасу и Цукуёми представляется наиболее традиционным мифом, однако он появляется только в «Нихон сёки». При этом и «Кодзики», и «Нихон сёки» уделяют внимание истории Сусаноо и его ссоре с Аматэрасу. Младший из триады великих божеств, он пренебрегал своими обязанностями по управлению морем. Вместо порядка он устраивал штормы и нападал на сушу, которая стенала и рыдала от его жестокости. Согласно «Кодзики», когда Идзанаги призвал сына к ответу, Сусаноо заявил, что тоскует по матери, умершей Идзанами (здесь представлена такая версия мифа). Услышав это, Идзанаги впал в ярость и лишил Сусаноо права владеть морем.
Сусаноо бежал на Высокую Долину Небес в поисках убежища у Аматэрасу. Сначала она не доверяла брату, но потом согласилась завести общих детей. Они дали жизнь трем девочкам, которых Сусаноо провозгласил своими, и пяти мальчикам, которые стали наследниками Аматэрасу. Ни у кого из детей не было уродств, так что Сусаноо завоевал доверие Аматэрасу, и она позволила ему оставаться в ее владениях.
Несмотря на обещание вести себя хорошо, Сусаноо со временем стал устраивать безобразия и в Высокой Долине Небес. Он испортил тщательно возделанные рисовые поля Аматэрасу, испражнялся в ее ткацком зале. Наконец, он содрал шкуру с коня (от хвоста к голове) и бросил ее через крышу в оскверненный ткацкий зал Аматэрасу. Это так напугало Амэ-но Хатаримэ, богиню ткачества, что она случайно ударила себя челноком по гениталиям и умерла. Испытывая стыд за брата, Аматэрасу удалилась в глубокую небесную пещеру, а остальные боги Высокой Долины Небес схватили Сусаноо и изгнали его.
Аматэрасу пряталась, и «бесконечная ночь покрыла весь мир»[25]. Другие божества Амацуками собрались вместе и задумались, что делать. Наконец они решили выманить Аматэрасу из пещеры. Они изготовили прекрасное бронзовое зеркало, великолепные драгоценные украшения, развесили их на дереве перед пещерой, в которой пребывала Аматэрасу. Богиня танцев и радости Амэ-но Удзумэ 
разделась до нижнего белья и исполнила вызывающий танец, заставивший богов громко хохотать.
Удивленная тем, что у кого-то есть повод смеяться, пока она прячется от мира, Аматэрасу выглянула из пещеры. Зеркало немедленно поймало ее отражение, засиявшее ослепительным блеском. Очарованная этим, богиня солнца заметила и драгоценные подвески, а затем вышла из укрытия. Как только она это сделала, остальные боги поспешили закрыть вход в пещеру с помощью священной веревки, вынудив Аматэрасу остаться в мире. Ее возвращение вернуло свет солнца. Зеркало и драгоценные подвески, насыщенные ее божественной силой, стали двумя из трех императорских регалий. Эти предметы богиня солнца передала своим потомкам, основателям императорской династии, они существуют и по сей день (подробнее о них пойдет речь в главе 3).