После мятежей годов Хогэн и Хэйдзи на первые должности в государстве назначают Тайра — наступило время, когда некоторые из них говорили: «Тот не человек, кто не из нашего рода!» («Повесть о доме Тайра», св. 1 «4. Кабуро», пер. И. Львовой). Киёмори выдал свою дочь за императора Такакура, их сына объявляют наследником престола, а потом и императором. Важнейшие политические дела вершит глава рода Тайра, Киёмори. В 1180 году он даже настоял на переносе столицы в Фукухара, которая находилась рядом с его родовым поместьем, на территории нынешнего портового города Кобэ. Однако в том же году вспыхнул мятеж принца Мотихито, и с этих пор начался закат могущества Тайра. Столицу вернули в Киото и сосредоточили все силы на подавлении восставших Минамото, которые начали военные действия, как только получили указ принца Мотихито об усмирении рода Тайра. Возглавил восставших пребывавший в ссылке в местности Идзу Минамото-но Ёритомо, сын Ёситомо, погибшего в годы Хэйдзи, а в решающих сражениях командовал войсками младший брат Ёритомо, Ёсицунэ.
В девятой луне третьего года Дзисё (1179) умер Тайра-но Сигэмори — старший сын Киёмори, на которого он возлагал большие надежды и прочил стать следующим главой рода Тайра, а в четвёртый день второй луны пятого года Дзисё (1181) скончался сам Киёмори. Потеря двух лидеров ослабила род Тайра; к тому же, если верить «Повести о доме Тайра», смерть главы рода и его наследника была многими воспринята как божественная кара за заносчивость Тайра, занявших все ключевые должности, которые до них традиционно исполняли представители других родов. Минамото воспользовались замешательством Тайра, и после ряда сражений войска Ёритомо под командованием Ёсицунэ приблизились к столице.
Независимо от сил Ёритомо действовал его двоюродный брат, Минамото-но Ёсинака (Ёсинака из Кисо). Его войска с севера подошли к Киото, опередив Ёсицунэ. Тайра бежали, взяв с собой малолетнего императора Антоку, и собирались увезти прочих членов императорского рода, но вассалы Четвёртого принца, сына императора Такакура, вернули его в столицу, а Го-Сиракава в двадцать четвертый день седьмой луны шестого года Дзисё (1182) снова, как в годы Хэйдзи, бежал, на этот раз в монастырь Курама, находившийся к северу от столицы, а потом — на гору Хиэй. Ёсинака занял столицу, но вскоре был выбит войсками Ёсицунэ и погиб в бою. Армии Минамото теснили силы Тайра всё дальше на запад, пока в 1185 году исход противостояния между Тайра и Минамото не решился в морском сражении в заливе Данноура, закончившемся полным поражением Тайра. Многие из них, в том числе и император Антоку, приняли смерть в водах Внутреннего моря; некоторые военачальники Тайра, родственники Киёмори, были взяты в плен и доставлены в столицу и потом в ставку Ёритомо, в посёлок Камакура на востоке страны, после чего практически всех Тайра казнили.
Так Минамото-но Ёритомо стал единовластным правителем страны, способным диктовать свою волю императорам в Киото. Сам он в столицу переезжать не стал и остался в Камакура, на востоке страны, где у него было больше всего сторонников. В 1192 году он добился титула «Великого полководца, усмиряющего варваров» — сэйи-тайсёгун, и формально с этого момента начинается правление камакурских сёгунов, продолжавшееся до 1333 года.