В июне 1938 года консгрукторское бюро завершило работы над планами очередной модернизации крейсеров типа «Миоко». Крейсера уже одиннадцать лег стояли в сгрою и, несмотря на многочисленные доработки, уступали своим иностранным аналогам. Поскольку государственные верфи оказались перебужены, два крейсера («Хагуро» и «Асигара») решили модернизировать на частных верфях. Вся программа модернизации получила название «Дай Ни Дзи Кайсо» («Вторая модернизация»). Подробно о ней было рассказано выше, при описании тактико-технических элементов крейсеров.
Первым па переделку встал «Хагуро». Работы на его борту начались 10 января 1939 года и завершили ее к 28 декабря того же года. Работа велась на частной верфи «Мицубиси» в Нагасаки. Вторым в док Сасебо Кайгуи Косе встал «Начи», модернизация которого шла с 15 января 1939 года по 31 марта 1940 года. 17 марта 1940 года в Сасебо провели контрольные измерения крейсера. Выяснилось, что водоизмещение его составило 12154/15840 т при осадке 5,33/6,32 м.
«Хагуро» вскоре после зачисления на службу. Большая часть бака закрыта тентом для защиты от солца.
«Хагуро» на рейде в Куре. Еще старые дымовые трубы, которые в октябре 1930 года удлинили на 2 м.
Третьим на модернизацию встал «Асигара» (верфь Йокосука Кайгун Косс), но работы начались лишь в июне 1939 года, а завершились 30 июня 1940 года. Причиной задержки стала замена пушек на крейсерах «Микума» и «Кумано», а также шедшая параллельно модернизация тяжелых крейсеров «Такао» и «Атаго». Первоначально планировалось модернизировать крейсер на частной верфи, но позже Адмиралтейство пересмотрело решение. 27 апреля 1940 года в Йокосуке провели контрольные измерения корабля. Его водоизмещение составило 12342/ 15933 т при осадке 5,40/6,35 м.
Последним модернизацию прошел «Миоко». Работы также отставали от графика, так как верфь была перегружена работой по замене пушек на крейсерах «Могами» и «Сузуя». Модернизация «Миоко» началась на верфи «Куре Кайгун Косе» 19 марта 1940 года и завершилась IX апреля 1941 года. 31 марта 1941 года в районе Укуруидзимы провели контрольные измерения. При водоизмещении 14984 т и мощности машин 132830 л.с. крейсер развил скорость 33,88 уз.
Пройдя модернизацию, 1 мая 1940 года «Начи» и «Хагуро» сформировали 5-й дивизион в составе 2-го флота. В июле-августе дивизион в составе трех крейсеров (прибавился «Асигара») участвовал в маневрах неподалеку от берегов Японии.
17 февраля 1941 года «Начи» и «Хагуро» снова направились к южным берегам Китая, выйдя из Сасебо и пройдя Окинаву, Гакао и Формозу, вернулись на базу 12 марта. С 13 по 20 марта оба крейсера стояли в доках, а затем отправились в залив Аритаке, откуда 29 марта взяли курс на острова Палау. 8-12 апреля крейсера оставались в Палау, затем 20–23 апреля провели в Йокосуке, а 26 апреля вернулись в Сасебо. Тем временем, 10 апреля флагманом 5-го дивизиона крейсеров стал «Миоко», «Асигара» после модернизации и участия в маневрах стал флагманом 2-го флота и 15-го дивизиона в китайских водах, где заменил в этой роли крейсер «Чокай». 10 октября 1940 года «Асигара» покинул Сасебо и взял курс на острова Хайнань. 16–20 декабря крейсер посетил Шанхай. В ходе французско-сиамского конфликта в январе 1941 года крейсер направился в Сайгон. 22 января он участвовал в экспедиции на юг французского Индокитая, а затем вернулся в порт Самах, лежащий на острове Хайнань. Затем крейсер зашел в Сайгон, где пробыл с 29 по 31 января 1941 года. Закончив визиты, крейсер вернулся к патрулированию вод у южного побережья Китая, оставаясь в регионе до апреля 1941 года.
«Хагуро» в 1932 году. Трубы удлинены, а между носовой рубкой и кожухом трубы установлены прожектора.
В апреле 1941 года начались первые приготовления кораблей к возможной войне. На «Начи», «Хагуро» и «Асигара» в бульбах оборудовали дополнительные топливные баки, соответствующие отсеки заполнили трубами, корабли оборудовали антимагнитными системами, а на фок-мачте оборудовали пункт пуска торпед. «Миоко» уже имел все это сделанным в ходе его модернизации. 5-й дивизион приступил к интенсивным учениям у побережья южного Китая.
В июле «Асигара» выдвинулся на юг и 12 июл‹гучаствовал в оккупации южного Индокитая. 25 июля крейсер вышел из порта Самах и с 29 июля по 11 августа пребывал в оккупированном Сайгоне, демонстрируя силу. 13 августа корабль вернулся в Самах. Проведя в порту два дня, крейсер вышел в море, курсируя у берегов южного Китая, а 23 сентября вернулся в Сасебо, где прошел полный осмотр. 10 октября крейсер придали 16- му дивизиону. Одновременно «Асигара» стал флагманом 3-го флота, на нем поднял свой флаг вице-адмирал Ибо Такахаси.
В первых днях сентября докование в Сасебо прошли остальные три крейсера, а 17 сентября они прибыли в Муродзуми. 14 октября поступил новый приказ. Корабли покинули базу и через залив Ариаке, Сукумо, Саэки и Беппу к 17 ноября прибыли в Куре. 17–23 ноября корабли пополняли запасы топлива и боеприпасов.
4 ноября было принято решение начать боевые действия против США 8 декабря 1941 года. Уже на следующее утро на корабли начали приходить приказы, содержащие задания на первый этап войны. «Миоко» (флагман контр-адмирала Такео Такаги), «Хагуро» и «Начи» были направлены на острова Палау. Два первых крейсера прибыли на место 1 декабря, тогда как третий оказался там лишь 6 декабря. 23 ноября «Начи» вышел из Куре и в тот же день прибыл в Сасебо. Проведя там три дня, крейсер вышел в море и через Макао прибыл в указанный район. «Асигара» после пополнения запасов топлива, покинул Сасебо 29 ноября и 1 декабря прибыл в Макао на Формозе (Тайвань).
«Миоко», 1932 г. В этот период крейсер использовался для быстрой переброски войск в Китай.
Военный период
Действия в районе Филиппин и Голландской Ист-Индии в первые недели войны
В Макао базировались тяжелые крейсера «Асигара», «Майя», легкие крейсера «Кума», «Нака», «Натори», базы гидросамолетов «Камикава-мару» и «Санио-мару», а также шестнадцать эсминцев. Все эти корабли начали боевые действия, выполняя так называемый «план М» («М сакусен»), В их задачу входило сопровождать конвой с десантом, направлявшийся к Филиппинам. Высадка десанта началась 10 декабря в Апарри и Вигане. Несмотря на атаку пяти бомбардировщиков В-17Е из 14-го дивизиона, ни один корабль не получил повреждений. На базу тяжелые крейсера вернулись 14 декабря. Спустя пять дней они снова вышли в море, сопровождая новый конвой с десантом, который 22 декабря высадился в районе залива Лингаен. Высадив войска 14-й армии генерала Хомма, корабли вернулись на базу, не встречая по пути противодействия со стороны противника. 26 декабря «Асигара» покинул Макао и направился в Такао.
Остальные три крейсера вместе с авианосцем «Рюдзё», базами гидросамолетов «Чистозе» и «Мидзухо», легким крейсером «Нагара», минными заградителями «Ицукусима» и «Яэйма», а также четырьмя эсминцами вышли 6 декабря из Палау, сопровождая десантный конвой (33-й пехотный полк — 2500 человек). Десант высадили 11 декабря на Легаспи. Закончив десантирование, 16 декабря тяжелые крейсера вернулись на палау. Спустя два дня тяжелые крейсера совместно с легким крейсером «Дзинцу» и восемью эсминцами покинули порт и приняли участие в высадке десанта на Даво, имевшей место 20 декабря. 28 декабря корабли снова были на базе. Пополнив запасы топлива, на следующий день корабли снова выступили в направление залива Даво, где оказались 31 декабря.
4 января 1942 года тяжелые крейсера «Миоко», «Начи», «Хагуро», легкие крейсера «Нагара», «Нака» и «Дзинцу», база гидросамолетов «Мидзухо» в сопровождении легких кораблей встали на якорь в заливе маланг (западная часть залива Даво). В 11:55 японские корабли были атакованы восемью бомбардировщиками B-17D из 19- й бомбардировочной группы, базирующейся на аэродроме в Маланге на Яве. Бомбардировщики действовали с аэродрома подскока в Самаринде на Борнео. Каждый самолет нес четыре 227-кг бомбы. Бомбометание велось с высоты 7500 м, поэтому почти все бомбы легли мимо. Лишь одна бомба упала на палубу «Миоко» в районе башни ГК № 2 по левому борту. Взрыв произошел в офицерских каютах на средней палубе. Погибло тридцать пять человек, двадцать девять получили ранения, в том числе десять — тяжелые. Один из офицеров, находившихся в момент налета на палубе, вспоминал: «Нас атаковали девять самолетов противника. Низкая облачность не давала нам что-либо разглядеть. «Миоко» получил попадание в башню № 2, было много жертв. Капитан корабля был ранен в спину. Взрывом сорвало сигнальный прожектор, а офицер, управлявший огнем артиллерии был ранен осколками». Пяти кружившим в воздухе истребителям «Зеро» не удалось перехватить американцев, бой в воздухе начался уже после того, как бомбы были сброшены. Осколки повредили четыре гидросамолета, стоявшие на палубе «Мидзухо». Командующий эскадрой контр-адмирал Такаги перенес свой флаг на «Начи», а поврежденный крейсер направился в Сасебо. Американские самолеты приземлились на Самари (восточный Борнео) и вернулись на базу на следующий день. Поврежденный крейсер прибыл в Сасебо 9 января 1942 года. Пройдя ремонт, 20 февраля крейсер вышел в сторону Макассар. На место назначения корабль прибыл спустя шесть дней.