План операции состоял из трех взаимно увязанных фаз: I) оккупации западных Алеутских островов: 2) захвата атолла Мидуэй; 3) генерального сражения. Для их выполнения создавались пять основных оперативных соединений, некоторые из которых делились на две или более оперативных групп. Все соединения выходили на восток одно за другим в следующем порядке:
1) Передовое Экспедиционное Соединение под командованием вице-адмирала Терухиса Комацу (командующий 6-м Флотом, флаг на крейсере «Катори» на базе атолла Кваджелейн), состоящее из 3-й (5 лодок), 5-й (8 лодок) флотилий и 13-го дивизиона (3 лодки-танкера):
2) Ударное Авианосное (1-е Мобильное) Соединение вице-адмирала Тюити Нагумо, состоящее из 1-й («Акаги» под флагом Нагумо, «Кага») и 2-й дивизий («Хирю» под флагом контр-адмирала Тамона Ямагучи, «Сорю»), прикрытия из 8-й эскадры крейсеров («Тоне» под флагом командующего прикрытием контр-адмирала Хироаки Абе, «Тикума») и 2-го отряда 3-й эскадры линкоров («Харуна», «Кирисима»), завесы эсминцев контр- адмирала Сусуму Кимуры на флагмане 10-й флотилии крейсере «Нагара» (12 эсминцев 4-го, 10-го и 17-го дивизионов), 5 танкеров;
3) Оккупационное Соединение Мидуэя вице-адмирала Нобутаке Кондо, состоящее из Группы Дальнего Прикрытия самого Коидо (1-й отряд 4-й эскадры; «Атаго», «Тёкан»; 5-я эскадра вице-адмирала Такео Такаги: «Миоко», «Хагуро»; 1-й отряд 3-й эскадры контр- адмирала Гуничи Микавы: «Конго», «Хией», завеса эсминцев контр-адмирала Содзи Нисимуры на флагмане 4-й флотилии крейсере «Юра»: 7 эсминцев 2-го и 9-го дивизионов, 4 танкера и ремонтное судно «Акаси» под охраной легкого авианосца «Дзуйхо» и эсминца); Группы Ближнего Прикрытия контр-адмирала Такео Куриты (7-я эскадра крейсеров: «Судзуя», «Кумано», «Могами», «Микума», 2 эсминца и танкер); Транспортной Группы контр-адмирала Райдзо Танака (флагман 2-й флотилии крейсер «Дзинцу» и 10 ее эсминцев, 12 транспортов и грузовых судов со специальными десантными подразделениями. армейским полком, 2 строительными батальонами п т.п. - всего 5000 человек, танкер, 3 патрульных судна); Группы Гидроавиации командира 11-й дивизии авианосцев контр-адмирала Рюйтаро Фудзиты (гидроавианосцы «Читосе» и «Камикава Мару», эсминец, патрульное судно); Группы Траления (4 тральщика, 3 охотника за ПЛ, 2 судна снабжения);
4) Главные Силы (1-й Флот) адмирала Исороку Ямамото, состоящие из 1-й эскадры (флагман Объединенного Флота «Яма го», «Муцу», «Нагато», легкий авианосец «Хосе», эсминец, гидроавианосцы «Чиода» и «Ниссин»), завесы командира 3-й флотилии контр-адмирала Синтаро Хасимото (флагманский крейсер «Сендай», 12 эсминцев 11-го, 19-го и 20-го дивизионов), Алеутского Соединения Поддержки вице-адмирала Сиро Такаси (2-я эскадра линкоров. «Исё», «Хьюга», «Фусо», «Ямасиро»; 9- я эскадра крейсеров контр-адмирала Фукухара Киси: «Кигаками», «Ои»; 4 танкера);
5) Соединение Северного Района вице-адмирала Босиро Хосогая (командующий 5-м Флотом), состоящее из флагманского крейсера «Нати» с 2 эсминцами; Группы Снабжения (3 грузовых транспорта, 2 танкера); 2-го Мобильного Соединения контр-адмирала Какудзи Какуты. командующего 4-й дивизией авианосцев (легкие авианосцы «Рюдзё» и «Дзуньо», 2-й отряд 4-й эскадры: «Такао», «Майя», 3 эсминца, 1 танкер); Оккупационного Соединения Адак-Аггу контр-адмирала Сентаро Омори на крейсере «Абукума» (4 эсминца, 1200 солдат на 2 транспортах по одному на каждый остров, гидроавианосец «Кимикава Мару», эсминец, тральщики); Оккупационного Соединения Кыска капитана I ранга Такедзи Оно (крейсера «Кисо», «Тама», вспомогательный крейсер «Асака Мару», 3 эсминца, транспорте 550 десантниками спецподразделения, транспорт с 700 военными строителями и оборудованием, 3 охотника за ПЛ, тральщики); Группы Патрулирования и Разведки контр- адмирала Сигеаки Ямасаки (6 подлодок).
В общих словах план был таков. Операцию начинает 2-е Мобильное Соединение парализующим ударом по Датч-Харбору (база флота США на о.Уналаска из восточной группы Алеутских о-вов) 3 июня. Этим прикрывалась операция на западных Алеутах («AL» Сакусен) и, по замыслу, вводился в заблуждение относительно главною удара адмирал Нимитц. Ударное Авианосное Соединение наносит 4 июня удар по Мидуэю, а затем обрушивается с воздуха на го. что осталось от Тихоокеанского Флота США, если гот выйдет в море. После этого Главные Силы Ямамото просто добивают противника.