Второе Мобильное Соединение контр-адмирала Какуты, благодаря плохой погоде не обнаруженное патрульными самолетами и даже кораблями, 3 июня в 0250 вышло в точку старта самолетов в 165 милях к S от Датч-Харбора. Но плохая погода помешала и японским самолетам: вся группа с «Дзуньо» вернулась с полпути. На цель прошли только 14 бомбардировщиков и 3 истребителя. Но их заблаговременно обнаружил радар авиатендера «Джиллис», на всех кораблях в гавани объявили тревогу. Хорошая погода над базой позволила самолетам с «Рюдзё» легко находить цели: цистерны с топливом, радиостанцию, казармы форта Мерс и сидящие на воде “каталины”. Один из самолетов в бухте Макушина заметил пять американских эсминцев 6-й флотилии и радировал об этом адмиралу Какуте. И вторая волна в 900 была выслана против этих кораблей. Но когда самолеты пролетали недалеко от недавно построенного аэродрома, их перехватили истребители Р-40. Всего японцы потеряли 4 самолета (2 сбили зенитки, 2 истребители), а еще 2 были повреждены так, что не подлежали ремонту. Авианосцы с крейсерами подошли к Датч-Харбору на 130 миль, чтобы принять самолеты, а затем стали отходить на SW. Новый аэродром стал для них неприятным сюрпризом. Соединение Теобальда в это время находилось примерно в 500 милях на SSE от кораблей Какуты. Ночью японцы заправили эсминцы топливом и легли курсом на Адак. Но днем туман оказался таким сильным, что скорость пришлось уменьшить до 9 узлов. Прогноз погоды показал, что погода над Адаком плохая, поэтому японский адмирал решил нанести второй удар по Датч-Харбору. Снова ему удалось незамеченным пройти все американские патрули и в 16 часов 4 июня оба авианосца подняли в воздух 11 пикировщиков “Вэл”, 6 горизонтальных бомбардировщиков-торпедоносцев “Кейт” и 15 истребителей. Во время их отсутствия соединение наконец-то обнаружили патрульные самолеты. Но последующую атаку армейских бомбардировщиков В-26 и В-17 японцы отбили зенитным огнем, не получив попаданий. Японские же самолеты уничтожили в базе 4 полные нефтяные цистерны, плавказарму «Нортвестерн», разрушили недостроенный барак и госпиталь. На обратном пути японские самолеты снова были перехвачены истребителями Р-40, которые сбили 4 бомбардировщика с «Дзуньо», сами потеряв 2 машины (еще у американцев погибли 6 “каталин” из 20 и 3 бомбардировщика). Но более неприятной оказалась радиограмма от Ямамото, приказывавшая Какуте спешно идти на юг для соединения с главными силами и оповещающая, что оккупация Алеутских островов и атолла Мидуэй “временно отложена”. Ямамото нуждался в авианосцах Какуты, чтобы с остальными гремя наказать американцев. Одновременно на юг отзывалось и Алеутское Соединение Поддержки.
Но колебания Ямамото относительно дальнейших действий быстро закончились, и в 1930 4 июня, менее, чем через 4 часа после “временного отложения”, вице-адмирал Хосогая получил новый приказ: продолжить захват Алеутских островов по плану. Соединения вторжения на Кыску, Адак и Атту, которые уже было повернули в Японию, снова изменили курс. Аналогично, не пройдя и половины пути до точки рандеву, в 15 часов 5 июня получил отбой и Какута. Ему было приказано патрулировать в районе в 600 милях на SSW от Кыски и дождаться там вице-адмирала Хосогая на «Нати». В состав Соединения Северного Района передавались и несколько освободившихся после провала операции “MI” Сакусен кораблей (линкоры «Конго», «Хией», тяжелые крейсера «Тоне» и «Тикума», авианосец «Дзуйхо»), поскольку Ямамото считал, что американцы от Мидуэя пойдут на север. С 12/13 июня Хосогая также переподчинялись тяжелый авианосец «Дзуйкаку», крейсера «Миоко» и «Хагуро».
Обнаружение японскими летчиками с «Дзуньо» нового аэродрома на о. Умнак, с которого они дважды подвергались нападению, изменило дальнейшие планы японцев. Умнак находился слишком близко к Адаку (всего 350 миль), чтобы высадку на последний можно было провести без помех. Поэтому Хосогая утром 5 июня приказал контр-адмиралу Омори, командиру Оккупационного Соединения Адак-Атту, которое находилось в 225 милях к SW от Адака, повернуть к острову Атту - самому западному из Алеутских, чтобы утром 7- го высадить на него всех 1200 солдат. Войска высадились в бухте Хольц, а выгрузка оборудования и снабжения продолжалась до 10-го.
Оккупационное Соединения Кыска, усиленное гидроавианосцем и эсминцем из сил Омори, действовало по плану, также высадившись 7 июня без всякого сопротивления. Не в последний раз крупный десант высаживался на остров Кыска, где совершенно не с кем было сражаться (спустя год так же “опростоволосились” американцы). Хотя в свете неудачи с Мидуэей захват Кыски был совсем ни к чему, японское командование решило его удерживать и оборудовать там авиабазу и якорную стоянку для флота. Важен был и психологический аспект - в Японии с восторгом восприняли появление флага с Восходящим Солнцем еще над двумя островами противника. Эффект был такой же, как и в США от победы при Мидуэе.