Проведение “Второй Фазы”, которая включала захват баз поблизости Явы с целью изоляции этого острова. а также баз на островах Новая Британия и Новая Ирландия, сделало необходимым реорганизацию морских сил. 6-я эскадра оставалась восточнее Филиппин, а остальные тяжелые крейсера должны были действовать в Голландской Восточной Индии. К этому времени США п их союзники несколько опомнились от потрясения первых дней войны и их сопротивление стало более осмысленным и упорным. Правда, в Голландской Индии союзники располагали только одной оборудованной базой - Сингапуром, к которому приближались японские войска. Да и достаточных морских сил в этом районе у них не было. В конце декабря на конференции в Вашингтоне союзники договорились о создании двух объединенных командований: ABDA (американо-британско-голландско-австралийское) и ANZAC (американо-ново-зеландско-австралийско-канадское). Дальнейшие операции японцев проходили в районе ответственности ABDA, морскими силами которого командовал адмирал Харт. Под его началом, не считая мелких и вспомогательных кораблей, находились: 5-е Оперативное Соединение флота США (ТКР «Хьюстон», ЛКР «Бойз» и «Марлбхед», 13 эсминцев 29-й эскадры - 57-й, 58-й и 59-й дивизионы), 25 подлодок, английское соединение из состава Восточного Флота адмирала сэра Годфри Лейтона (ТКР «Эксетер», ЛКР «Хобарт», «Пёрт», 3 эсминца) и голландские силы вице-адмирала Хелфрича (ЛКР «Ява», «Де Рюйтер», «Тромп», 7 эсминцев и 16 подлодок).
Руководство всеми морскими и десантными операциями “Второй Фазы” осуществлял вице-адмирал Кондо (командующий 2-м Флотом). Район будущих действий он вертикально разделил на две зоны ответственности: восточную (Филиппины, Макасарский пролив, Яванское море и далее на восток) поручил вице- адмиралу Такахаси (командующий 3-м Флотом), а западную (Южно-Китайское море. Малаккский полуостров и остров Суматра) - вице-адмиралу Одзаве (командующий Южным Экспедиционным Флотом).
В восточном районе предполагались высадки в Манадо, Кендари, Амбон, Макассар, Таракан, Баликпапан и на о. Тимор, и для их обеспечения Такахаси (флаг на крейсере «Асигара») имел под началом: Группу Прикрытия контр-адмирала Такаги (3 крейсера 5-й эскадры и 2 эсминца, число которых после выхода из строя «Миоко» увеличилось до 4), эскортные группы контр- адмиралов Р. Танаки (2-я флотилия: ЛКР «Дзинцу» и 10 эсминцев из 8-го, 15-го и 16-го дивизионов), К.Кубо (ЛКР «Нагара» и 21-й дивизион из 6 эсминцев), С. Нисимуры (4-я флотилия: ЛКР «Нака» и 7 эсминцев) и С. Хасимото (ЛКР «Юра», «Касии», «Сендай» и 6 эсминцев), группы авиаподдержки контр-адмиралов Р. Фудзиты (11-й дивизия авианосцев: гидроавиатранспорт «Читосе» и легкий авианосец «Дзуйхо») и К. Какуты («Рюдзе» и эсминец), а также еще 8 эсминцев и множество мелких кораблей. Группы Нисимуры, Хасимото и Какуты для оккупации Таракана (северо-восток Борнео) вместе с необходимым количеством транспортов и мелких судов были сведены в Центральное Соединение вице-адмирала Хиросе.
В состав западного соединения вице-адмирала Одзавы, которое обеспечивало захват порта Палембанг (восток Суматры) и острова Бангка (к востоку от Суматры), входили: Группа Прикрытия («Тёкай» и 4 ТКР 7-й эскадры, 7 эсминцев), соединение контр-адмирала Кубо (двойное подчинение), 2 тральщика и 11 транспортов с подразделениями 16-й армии.
Дальнее прикрытие операций обеспечивало Южное Соединение вице-адмирала Кондо - «Конго», «Харуна», «Такао» (флагман), «Агаго», «Майя», 4 эсминца из 4-го и 6-го дивизионов, а также Ударное Авианосное Соединение Нагумо (авианосцы «Акаги», «Кага», «Хирю», «Сорю», ТКР «Тоне», «Тикума», 8 эсминцев 1-й флотилии, 8 танкеров и судов снабжения). В рамках “Второй Фазы” Нагумо должен был нанесли удар по порту Дарвин на севере Австралии.
Три крейсера 5-й эскадры («Миоко», «Наги», «Хагуро») вместе с ЛКР «Нагара», «Нака», «Дзинцу», базой гидросамолетов «Мидзухо» и более мелкими кораблями стояли на якорях в ряд с NW на SE в бухте Малалаг в западной части залива Давао, сосредотачиваясь для проведения “Второй Фазы Первого этапа”. В 1155 по Токийскому времени1 4 января они с высоты 7500 м были неожиданно атакованы восемью самолетами В- 17D из состава 19-й бомбардировочной группы, ведомыми майором Сесилом Комбсом. Самолеты, каждый из которых нес по 4 600-фн (272-кг) бомбы, стартовали с Маланга на востоке Явы и сели в Самари на востоке Борнео. Они достигли бухты Давао после 5-часового полета и без повреждений вернулись через Самаринду в Маланг 5 января. Несколько бомб упали рядом с кораблями, но одна в 1201 попала в верхнюю палубу «Миоко» с левого борта у башни №2. Она взорвалась внутри корабля, вызвав тяжелые повреждения на средней палубе, где вдоль борта находились каюты офицеров. Было убито 35 и ранено 29 человек, из них 10 тяжело. Флаг контр-адмирала Такаги был перенесен на «Нати», а «Миоко» после временного ремонта 9 января ушел в Сасебо. После ремонта и докования он 20 февраля вышел в Макассар, куда прибыл 26-го - как раз вовремя, чтобы принять участие в последней фазе битвы в Яванском море.