В ноябре 1953 г., во время пребывания Оппенгеймера в Англии, Гувер составил из огромного количества документального материала сборник. В последний день месяца он разослал этот сборник не только всем заинтересованным правительственным чиновникам, но также и президенту Эйзенхауэру. Непосредственным поводом для возобновления интереса к делу Оппенгеймера послужило письмо Уильяма Л. Бордена, бывшего в прошлом старшим помощником у сенатора Мак-Магона. В этом послании, датированном 7 ноября 1953 г., Борден излагал мнение, основанное на его личном знакомстве с секретной картотекой Юлиуса Роберта Оппенгеймера. Мнение это состояло в том, что ученый по всей вероятности, был замаскированным советским агентом.
Президент Эйзенхауэр, как правило, не вмешивался в многочисленные расследования по линии безопасности в отношении государственных служащих, находившихся под подозрением. Но в этом необычном случае он распорядился собрать в Белом доме специальное совещание. Оно состоялось 3 декабря 1953 г. Присутствовали два члена правительства — министр юстиции Броунелл и министр обороны Вильсон, кроме того — Роберт Катлер, член Национального совета безопасности, и Льюис Страусс, председатель Комиссии по атомной энергии. После короткого обсуждения (Эйзенхауэр должен был отправиться на конференцию на Бермудские острова) президент приказал немедленно возвести глухую стену между Оппенгеймером и государственными секретными сведениями.
Во второй половине декабря Оппенгеймер, ничего не подозревая о собравшейся над его головой грозе, вернулся в Принстон, чтобы провести рождественские праздники со своими детьми. Настойчивый телефонный звонок от адмирала Страусса застал его дома. Глава Комиссии по атомной энергии настаивал на том, чтобы Оппенгеймер немедленно, до наступления рождественских праздников, прибыл в Вашингтон. После полудня 21 декабря Оппенгеймер вошел в адмиральский кабинет, помещавшийся в комнате № 226 скучного белого здания, в котором находилась Комиссии по атомной энергии. К своему удивлению, он обнаружил, что Страусс был не один. Рядом с ним стоял К. Д. Никольс, тот самый Никольс, которого Оппенгеймер встретил впервые одиннадцать лет назад в купе пульмановского вагона, где он, Гровс и Никольс набрасывали первые планы лаборатории по разработке атомного оружия.
Три человека заняли свои места за длинным столом для совещаний. Хотя отношение Страусса к Оппенгеймеру уже в течение нескольких лет не отличалось особенной теплотой, адмирал все же не нашел возможным сразу выложить ему скверную новость. Он начал с упоминания о недавней кончине адмирала Парсонса, сыгравшего заметную роль в истории создания и применения атомного оружия. Это был тот самый Парсонс, который в 1945 г., во время полета «Энолы Гэй» с бомбой, предназначенной для Xиросимы, сидя в темном заднем отсеке самолета, подготовил к срабатыванию взрывной механизм бомбы. Затем внезапно Страусс перешел к делу. Лицо Оппенгеймера стало пепельно бледным. Никольс, позднее записавший свои впечатления от этой встречи, вспоминает, что первой реакцией Оппенгеймера было его предложение о немедленном отказе от поста консультанта Комиссии по атомной энергии. Тогда Страусс вручил ему составленный Никольсом проект письма с перечнем обвинений, предъявляемых ему Комиссией.
Оппенгеймер ознакомился с документом. Двадцать три параграфа относились к связям с коммунистами. Но больше всего его поразил двадцать четвертый параграф: ученый осуждался за «энергичное сопротивление» созданию водородной бомбы не только до, но даже и после решения президента Трумэна. Документ заканчивался заключением о возникающих сомнениях в его правдивости, поведении и даже благонадежности.