В 1942 г. Союзный атомный проект вступил в совершенно новую фазу.
Рузвельт и Черчилль пришли к соглашению о том, чтобы сосредоточить всю работу английских и американских научных коллективов в Канаде и в Соединенных Штатах. В Соединенных Штатах верховный контроль над атомными работами перешел от ученых в руки Военно-политического комитета, в состав которого вошли три представителя Вооруженных сил: генерал Стайер, адмирал Парнелл и генерал Лесли Гровс, и только два ученых: доктор Ванневар Буш и доктор Джеймс Конэнт. С 13 августа 1942 г. всему плану в целом присвоили условное наименование «Манхэттен проект». Атомные специалисты с этого времени стали именоваться просто «научным персоналом» и были обязаны подчиняться строгим требованиям режима военной секретности.
Это был, вероятно, первый случай в истории, когда ученые — люди столь блестящего ума — добровольно согласились на существование, совершенно непохожее на их прежний образ жизни. Они беспрекословно приняли требование не опубликовывать своих открытий до окончания войны. Ведь еще до войны они сами провозгласили необходимость секретности. Но военные власти в своих ограничениях пошли еще дальше. Они возвели невидимые стены вокруг каждой отрасли исследований так, что ни один отдел не знал, что делают другие. Из 150 000 человек, занятых в «Манхэттенском проекте», едва ли человек двенадцать знали весь план в целом. А в действительности очень немногие из всего персонала вообще знали о том, что работают над изготовлением атомной бомбы. Например, большинство работников вычислительного центра в Лос-Аламосе в течение длительного времени не имели представления о действительном назначении сложных вычислений, выполняемых ими на счетных машинах. Такое неведение не давало им возможности проявить подлинный интерес к работе. Наконец, Фейнман, один из молодых физиков-теоретиков, ухитрился получить разрешение на то, чтобы рассказать сотрудникам в Лос-Аламосе, какую работу они должны выполнить. После этого служба здесь достигла значительно более высокого класса, и многие сотрудники с этого времени добровольно оставались работать сверх положенного времени.
В тех случаях, когда между отдельными звеньями возникала необходимость в обмене мнениями, на такое мероприятие приходилось получать специальные санкции и, в первую очередь, от военного начальства. Физик Генри Д. Смит, будущий автор доклада о проекте в целом, из-за этих правил оказался в оригинальной ситуации. Так как он возглавлял одновременно два отдела, то, строго говоря, для разговора с самим собой он должен был получать предварительное разрешение.
Эта так называемая «система изолирования» была введена несмотря на существование целого ряда серьезных мероприятий по обеспечению безопасности, таких, как полицейские расследования, перекрестные допросы и анкеты для проверки благонадежности и всей предыдущей частной и политической деятельности каждого сотрудника. Каждый член коллектива был объектом тщательного наблюдения, продуманного до мельчайших деталей. Любой житель трех «секретных городов» — Окриджа, Хэнфорда и Лос-Аламоса — мог получать и отправлять корреспонденцию только через цензуру. Если какое-нибудь место в письме не нравилось цензору, то он не удовлетворялся обычной процедурой вымарывания нежелательных слов. Он попросту возвращал письмо отправителю для переделки. Телефонные разговоры регулярно подслушивались, а прислуга в местных отелях использовалась в качестве агентов контрразведки. К наиболее значительным специалистам-атомникам приставили личных телохранителей, следовавших за ними повсюду. Кроме того, была организована специальная слежка за теми, кто по политическим или другим соображениям не считался благонадежным. В служебных помещениях и в частных квартирах подозреваемых были установлены замаскированные микрофоны для записи их разговоров. Глава службы безопасности Манхэттенского проекта Джон Лансдэйл после войны обмолвился о том, что применялись и некоторые другие методы, которые даже сегодня остаются нераскрытыми. Он сам, однако, считал их бесчестными и называл просто «грязными». Конечно, и самих ученых просили оказывать активную помощь в плетении этой паутины подглядывания. Кроме того, для сохранения в тайне сведений о работе их обязывали говорить другим лицам заведомую неправду о том, что они делают и где живут. Даже ближайшим родственникам нельзя было подавать ни малейшего намека на то, где и какой работой они заняты.