В начале XV в. в Ярославле чеканили собственную монету – серебряную деньгу. Но развитие Ярославского княжества явно отставало от темпов развития его сильного соседа – Московского княжества. В 1463 г. ярославский князь Александр Брюхатый (Квашня), учитывая сложные исторические реалии, принял трудное решение – согласился с включением ярославских земель в состав Московского княжества. Он отдал Ярославское княжество великому князю Московскому Ивану III Васильевичу (Великому) в обмен на вотчины в Московском княжестве. Присоединение к Москве дало новый импульс развитию хозяйства, культуры, искусства Ярославля, которое теперь могло осуществляться в рамках единого Московского государства.
Марина Мнишек с отцом под стражей.(После погрома). Художник М.П. Клодт. 1883 г.
В начале XVII в. – в Смутное время – Ярославль сильно пострадал от польских интервентов и отечественных смутьянов. Тем не менее он сыграл исключительно важную роль в освобождении России от ее недругов, прежде всего – внешних врагов.
После убийства в 1606 г. Лжедмитрия I (Ю.Б. Отрепьев, монах Григорий, 1580–1606) новый боярский царь Василий Иванович Шуйский (1552–1612, царь 1606–1610), выслал поляков из Москвы, самый большой их отряд отправил в Ярославль. Так в городе оказались и стали свободно жить вдова Лжедмитрия I – Марина Мнишек (1588–1614), ее отец – Юрий Мнишек, польские воеводы – всего около 380 человек, которых охраняли 300 московских стрельцов и караулы ярославского гарнизона.
В 1608 г., когда к городу подошли отряды Лжедмитрия II, ярославцы присягнули ему на верность и послали ему крупную сумму денег. Поляки поняли, сколь еще богаты ярославцы, и отправили в город отряд за деньгами, что привело к восстанию в Ярославле. Для его подавления пришел еще один большой отряд поляков, в декабре 1608 г. восстание ярославцев было подавлено. В апреле 1609 г. вологодское ополчение под предводительством Никиты Вышеславцева разбило польский гарнизон в Ярославле. Затем покорять город пришло большое войско поляков под командованием опытного военачальника – Яна Сапеги. В апреле-мае поляки и иные сторонники Лжедмитрия II пытались полностью овладеть Ярославлем, но не смогли и с большими потерями ушли.
В начале XVII в. Нижний Новгород и Ярославль сыграли особую роль в освобождении России от польских интервентов. Нижний Новгород и Ярославль стали главными центрами народного движения за освобождения России. В 1611 г. ярославцы позвали граждан соседних русских городов прислать к ним людей, чтобы собрать силы для освобождения от поляков Москвы и всей их страны.
В марте 1612 г. Второе народное (земское) ополчение, которое начало формироваться в Нижнем Новгороде, освободило Ярославль от мучивших, обворовывавших горожан казаков атамана Ивана Заруцкого. Весной 1612 г. собственно ярославское ополчение вошло в состав Второго земского ополчения. Руководители Второго ополчения князь Д.М. Пожарский и нижегородский староста К.М. Минин послали грамоты во все города страны с просьбой прислать в Ярославль своих представителей для организации именно в этом городе общероссийского правительственного органа, т. е. общеземельного правительства – «Совета всея Земли». Этот совет стал общерусским правительством в то время, а Ярославль – временной столицей русского государства. Во главе Совета были Пожарский и Минин, первый из них, по сути, был тогда президентом всей Русской земли. Совет решал все основные государственные дела в России, по его указу в Ярославле чеканили монеты. Четыре месяца Второе ополчение пребывало в Ярославле, его численность выросла почти до 25 тыс. воинов. В июле 1612 г. Второе ополчение выступило из Ярославля, оно ушло освобождать и освободило Москву и Россию от польско-литовских интервентов. За яркое и плодоносное участие в сплочении русских сил для борьбы с врагами Ярославль получил право беспошлинной разработки и перевозки камня и строительного леса, что способствовало расцвету его градостроительства в XVII в.
Вид города Ярославля. Фрагмент гравюры А.И. Ростовцева. 1731 г.
Несмотря на все сложности жизни Ярославля в самом начале XVII в., в целом это столетие стало для него своего рода золотым веком, когда после изгнания интервентов из России он начал стремительно развиваться и стал славиться как мощный торговый и ремесленный центр. В Ярославле быстро росло число отечественных и иностранных хозяйствующих субъектов. Были созданы почти три десятка иностранных контор, прежде всего английских, немецких, голландских. Для торговли с Индией и Персией английские купцы выбрали Ярославль своей торговой базой и построили невиданное ранее судно водоизмещением 52 т. Но предпосылки для этого были созданы гораздо раньше, еще во второй половине XVI в., когда после завоевания царем Иваном Грозным Казанского и Астраханского ханств (1552 г. – победоносный штурм Казани) возникли благоприятные условия для развития торговли по Волге с восточными странами. Ярославль стал одним из ключевых центров торговли, поскольку он имел (и имеет) выгодное транспортное положение, находился на пересечении речных путей, связывавших Москву, Западную Европу, страны Ближнего Востока. Длительное время в Ярославле успешно развивались и разные местные промыслы, в том числе выделка кож, ткачество, мыловарение, кузнечное и ювелирное ремесло, а также льноводство и рыболовство. В XVII в. Ярославль в масштабе всей России оценивался как крупный торговый (хлеб, лен, рыба, другие товары) и ремесленный центр (особенно славились местные каменщики, плотники, кожевники и кузнецы). Во второй половине XVII в. Ярославль был вторым городом страны (после Москвы) по числу жителей и экономическому значению.