Восстановили разрушенный Крестовоздвиженский храм, его освятили в 1999 г. В нем пребывают главные святыни монастыря: Толгская икона Божией Матери – чудотворный список конца XVIII в. (в атеистические годы была передана в близлежащее село Толгоболь, откуда потом вернулась в обитель), а также и мощи отца и учителя современного монашества Игнатия Брянчанинова, великого подвижника благочестия, аскета, религиозного мыслителя и духовного писателя XIX в., епископа (канонизирован в 1988 г., в том же году его святые мощи были перенесены в Толгский монастырь).
Преподобный Игнатий (Брянчанинов)
Епископ Игнатий Брянчанинов (Дмитрий Алексеевич Брянчанинов, 1807–1867) происходил из дворянского рода. Он с детства хотел быть монахом, но по настоянию отца поступил учиться в военное инженерное училище, которое с успехом окончил. Служба его мало интересовала, все свои силы он отдавал литературному творчеству. Результаты его литературных трудов одобрял сам А.С. Пушкин. В связи с болезнью Д.А. Брянчанинов освободился от не интересной ему работы по инженерной части. В 20 лет он стал послушником Свято-Троицкого Александра-Свирского монастыря, в 24 года принял постриг в Вологде, в 26 лет он стал архимандритом Троице-Сергиевой пустыни под Санкт-Петербургом, а в 50 лет – епископом Ставрополя. В 1861 г. (ему 54 года), когда его здоровье резко ухудшилось, он ушел на покой и поселился в ярославском Николо-Бабаевском монастыре (см. с. 160), где и умер. Всю свою земную жизнь он упорно трудился на литературном поприще. Святитель Игнатий Брянчанинов оставил богатое литературно-богословское наследие, основанное на древних традициях Православия. Канонизирован в 1988 г.
В Толгском монастыре жил святой иеромонах Иосиф. Он поступил в этот монастырь в 1915 г., до этого был полковым священником, много дней провел на передовых линиях фронтов Первой мировой войны, был награжден боевыми орденами святой Анны III и II степени. Иеромонаха Иосифа убили в 1918 г. при неизвестных обстоятельствах на подворье монастыря в Рыбинске, в 2001 г. он был канонизирован.
Восстановили и расписали Спасский храм. Под его стенами покоится прах героя Отечественной войны 1812 г. генерал-лейтенанта Н.А. Тучкова, командовавшего 3-м корпусом 1-й русской армии, умершего от полученных в Бородинском бою ран. Он стал прототипом Андрея Болконского в романе графа Л.Н. Толстого «Война и мир». Рядом с храмом стоит отреставрированная часовенка, возведенная (1893) в память убитых поляками в 1609 г. 46 безоружных монахов – защитников монастыря, укрывшихся в церкви.
Приведена в порядок большая монастырская звонница, построенная (XVII в.) на средства князя Никиты Львова (потомка ярославского князя Давыда Федоровича), который со временем принял в этом монастыре иноческий постриг с именем Нил, похоронен под алтарем придела Введенского собора в честь благоверных князей Федора, Давида, Константина. Высота колокольни вместе с крестом – около 60 м. Здесь впервые большой колокол (вес около 5 т) зазвонил в 1990 г.; всего 14 колоколов редкостного по красоте звучания, в которые звонят сами сестры.
Достопримечательностью монастыря является его кедровая роща – своего рода мини-парк (заложен в последней четверти XVI в.), где сохранились 400-летние деревья-великаны. Эта кедровая роща была высажена на пожертвования царя Ивана Грозного в XVI в. Деревья в кедровой роще были посажены аллеей в 2 ряда, а между ними были выкопаны пруды. Высокая стена защищала от ветра рощу, где на ветвях одного из кедров, в особой часовенке помещалась икона Толгской Божией Матери. В 2004 г. в монастыре была воссоздана часовня с Толгской иконой Божией Матери на месте ее второго обретения. Недалеко от монастыря находится святой источник. Монастырь имеет подворье с двумя храмами в селе Введенское Некрасовского района, где живут и трудятся 18 инокинь. Есть еще одно подворье монастыря – в селении Диево Городище на берегу Волги.
На протяжении всей долгой истории Ярославля в нем строили и приумножали число православных храмов, этому особенно результативно способствовали богатые ярославские купцы. В конце XVII в. в Ярославле одних только каменных храмов было около 50; в 1917 г. – почти 80 храмов было в городе, половину из них разрушили в советский период. Все ярославские храмы имеют интересную историю создания и служения людям, запоминающийся архитектурно-художественный облик. Ярославские храмы издавна славятся богатством своих украшений, но очень многое из первоначального убранства этих храмов до нас полностью не дошло. Так, в Знаменской церкви иконостас был из серебра, а в Рождественском соборе пол был выложен из яшмы. Абсолютно все храмы оказались жертвами изъятия представителями советской власти церковных ценностей якобы во имя борьбы с голодом в 1920-х гг., ценности закрытых храмов и монастырей в массе своей были конфискованы и в большой мере делись неизвестно куда. Однако с конца 1980-х гг. происходит процесс возрождения, ремонта, благоустройства, украшения древних ярославских храмов, намечается тенденция возведения новых церквей и часовен. Рядом с Волжской набережной, в зеленой зоне, восстановлен (построен заново) к 1000-летию Ярославля в 2010 г. величественный собор.