Впрочем, поддержавшие белое восстание железнодорожные рабочие не были радикалами. Например, они потребовали от члена белого штаба Абрамова отменить расстрел коммунистов. Арестованных большевиков перевели в помещение 4-й полицейской части. Вечером трое сочувствовавших советской власти рабочих хотели освободить заключенных из-под стражи, но были задержаны охраной и тут же расстреляны. Всего в этот день в заволжской части города было арестовано около шестидесяти сторонников советской власти. Ближе к ночи часть арестованных под конвоем была препровождена к переправе и отправлена на правый берег. К исходу 6 июля расположившийся в слободе Тверицы белый отряд насчитывал в своих рядах более двухсот бойцов. С правого берега Волги сюда были переброшены все свободные резервы, находившиеся в распоряжении командования повстанцев, в том числе часть записавшихся в Северную Добровольческую армию рабочих Ярославских главных железнодорожных мастерских. У железнодорожного моста через Волгу, севернее станции Филино и у села Савина повстанцами были выставлены отдельные заставы. Чтобы понимать, какими силами располагал белый отряд в Тверицах, надо отметить, что, согласно Уставу полевой службы 1912 года, отдельные заставы, каждая силою не менее взвода пехоты с пулеметами (при полном штате это 60–70 бойцов), выставлялись для сторожевого охранения воинской части меньше полка при удалении ее от неприятеля на расстояние менее 40–50 км; промежутки между отдельными заставами наблюдались пешими дозорами (постами) и конными разъездами.
На фоне общего ликования принимались меры по наведению «жесткого порядка». Перхуров издает приказ, которым «впредь, до восстановления нормального течения жизни в городе Ярославле и его губернии, вводится военное положение, и на это время воспрещаются всякие сборища и митинги на улицах, в публичных местах». Позже во время допросов Перхуров не раз заявлял, что планировал соблюдать гражданские права всех горожан, вне зависимости от их партийной принадлежности. «Для разбора дел был составлен суд из местных юристов, при участии представителей от населения и от военного ведомства». Однако на практике по городу прокатилась волна расправ с видными большевиками, коммунистическими активистами и советскими служащими. Первыми жертвами этих самосудов стали военный комиссар Нахимсон и председатель исполкома Закгейм. Сведения об их гибели весьма противоречивые. Например, в одном случае говорилось о том, что арестованный Закгейм был убит неизвестным выстрелом из толпы, в другом случае сообщалось, что с ним самолично расправился начальник перхуровской контрразведки, член «альтернативного штаба заговорщиков» и лидер молодых офицеров Перлин. Подобная версия подтверждается самим Перхуровым, который утверждал, что после разбирательства по делу о гибели Закгейма отстранил Перлина от всех занимаемых должностей. Впрочем, подобное свидетельство было сделано много лет спустя, в документах же не сохранилось ни одного упоминания о смещении Перлина – почти везде он значится как начальник отдела контрразведки. Есть третья версия убийства Закгейма, которая была озвучена во время допросов в ЧК участником восстания, гимназистом Валентином Делекторским. Надо учитывать, что в своем рассказе он перепутал Нахимсона и Закгейма. Делекторский сообщил: «От арсенала пошли студент Нечаев, поручик Городецкий, штатский Селезнев. Подойдя к Дому Народа, Пошехонов вошел внутрь дома и вызвал Нахимсона. Когда последний отошел несколько шагов от дома, Пошехонов вынул браунинг, что заметил Нахимсон, который бросился бежать, тогда Пошехонов и Успенский начали стрелять и убили Нахимсона».
Опять же остается открытым вопрос о том, почему убили Закгейма: потому что он был советским служащим или по причине того, что он был «евреем, присланным из Петрограда». Советская историография охотно поддерживала юдофобскую версию. По этому поводу в «Красной книге ВЧК» говорилось: «Труп убитого товарища они выволокли на улицу и выбросили у ворот. Труп его в течение нескольких дней валялся на улице и служил предметом посмешища и издевательства проходивших хулиганов и черносотенцев. Сытые, толстопузые буржуи, маклаки с толкучего рынка, отставные штаб- и обер-офицеры и ярославские кацауровцы, черносотенцы, проходя мимо, останавливались и злобно издевались над бездыханным трупом, плевали в лицо и, пользуясь еврейским происхождением товарища, ругали жидов и открыто призывали к погромам». Многие свидетели на допросах отмечали антисемитский характер расправы с ярославскими руководителями. Например, один из служащих фабрики Гроссмана сообщил, что узнал об этой расправе от рабочих, когда шел на фабрику. Они сообщили следующими словами: «Там режут жидов и убили жида Закгейма». При этом сам Перхуров категорически отрицал саму возможность надругательства над трупом. Однако некоторые очевидцы говорили о совершенно обратном. Тела убитых не были сразу же захоронены, а действительно подвергались глумлению. Свидетели И. Орлов, Д. Пестов, И. Хрусталев показали: «По дороге в центр города мы увидели собравшуюся толпу людей и, заинтересовавшись, подошли и увидели страшное зрелище: валялся труп с размозженным черепом, лицо обагрено кровью до неузнаваемости. Пробившись вперед, мы узнали, что это труп председателя исполкома».