Не меньше вопросов возникает в связи с расстрелом комиссара Нахимсона. Тут приходится полагаться только лишь на советские версии, которые не допускают разночтений. «По рассказам товарищей, бывших очевидцами гнусного убийства военно-окружного комиссара Нахимсона, товарищ Нахимсон был захвачен белогвардейцами в номере гостиницы „Бристоль“, где он жил, и препровожден совместно с другими арестованными в 1-й участок милиции, в каземат. Сюда спустя некоторое время явился здоровый курчавый парень в белой рубахе, с открытым воротом и засученными рукавами (по показанию некоторых товарищей, сыщик Греков) и спросил Закгейма и Нахимсона, не зная, очевидно, что первый уже убит. Товарищ Нахимсон назвал себя. „Ступай за мной!“ – крикнул этот тип и повел товарища Нахимсона во двор 1-го участка. Здесь уже ожидали несколько вооруженных белогвардейцев, один из которых, толстый офицер, крикнул: „Сбрось пиджак“. Товарищ Нахимсон скинул пиджак и швырнул его в сторону командовавшего белогвардейца. „Пли!“ – скомандовал последний, и товарищ Нахимсон упал, пронзенный разрывными пулями. Толстый офицер подошел к умирающему товарищу и выпустил в него из браунинга еще две пули. Затем убитого положили на извозчика и возили по Ильинской площади и прилегающим улицам для обозрения и удовольствия всей белогвардейской своры». Данную версию можно было бы не подвергать критическому анализу, если бы не одно обстоятельство – суд «белых мятежников» приговорил Грекова к расстрелу, так как тот являлся «шпионом» (шпионаж в пользу большевиков? в пользу немцев?). Собственноручная ликвидация военного комиссара большевистским агентом выглядит весьма и весьма странно. Хотя в данном случае нельзя исключать регионально-конспирологические версии – Греков мог быть агентом Доброхотова и под шумок избавляться от «питерских конкурентов» своего шефа, хотя это не более чем версия. Если исходить с нейтрально выдержанных позиций, то заслуживающими внимания являются показания П.Ф. Путкова. Он заявил, что утром 6 июля в камеру милицейского участка, где находился арестованный Нахимсон и другие ярославские коммунисты, пришел подпоручик К.К. Никитин и с криком «Выходи, еврейская морда» вывел Нахимсона во двор участка. После этого минут через пять раздалось несколько выстрелов. Другие свидетели, окна камеры которых выходили во двор, рассказывали, что «из каземата вывели во двор одного человека, поставили его против дверей каземата и трое, одетых в гимнастерки, разрозненными выстрелами расстреляли, а затем труп его оттащили в расположенный рядом садик и здесь оставили».
О том, что это был отнюдь не единственный самосуд, свидетельствовал позже полковник Б. Веверн. Годы спустя, уже находясь в эмиграции, он обрисовал картину расправ: «Попавших в руки восставших комиссаров, разного рода советских дельцов и их пособников стали свозить во двор Ярославского отделения государственного банка. Здесь творилась кровавая месть…, расстреливали без всякой жалости». Эта цитата широко использовалась в советской историографии, но обычно со ссылкой на эмигрантскую газету «Возрождение» (Париж, номер от 3 июля 1933 г.). О массовых расправах над большевиками и красноармейцами говорил руководитель военно-революционного комитета Северных железных дорог И.Н. Миронов: «После ликвидации восстания обнаружено в одной могиле полуживыми зарывали белыми бандами истерзанных, насколько помню, 126 трупов товарищей, имена многих не установлены, и, кроме того, ночью и утром в первый день восстания, а затем и в последующем было арестовано большое количество (не менее 350) большевиков и сочувствующих, в большинстве рабочих, и посажено в тюрьму». Кроме того, о расстрелах, происходивших на волжской набережной, близ здания, где сейчас располагается Управление Северной железной дороги, вспоминал фельдшер военного госпиталя С.В. Никитин: «Рядом с ним, на одной из пристаней расстреливали красных пленных и всех подозрительных, расстреливали пачками, десятками. Мертвых бросали в Волгу. Убитые потом всплывали. Их вылавливали из воды окрестные крестьяне и хоронили. Но сельских жителей больше интересовала одежда убитых – гимнастерки, брюки, поясные ремни».