Поливанов и «Языкофронт» были конкурентами в борьбе за «новую лингвистику». Не менее тяжело пришлось ученым старой школы вроде упоминавшегося А. И. Томсона или Г. А. Ильинского. Марр их презрительно именовал независимо от области интересов «индоевропеистами». Им не давали работать, увольняли, их труды не печатали, при этом признаком «контрреволюционности» считалось несоответствие их идей «новому учению о языке» академика Марра. Апогеем борьбы марризма с любой научной лингвистикой стал сборник, который выпустили «подмарки» во главе с аспирантом Марра Ф. П. Филиным в Ленинграде в 1932 г., он назывался «Против буржуазной контрабанды в языкознании». Там «контрабандистами» были названы почти все сколько-нибудь значительные советские языковеды тех лет, не входившие в марристский лагерь, от А. М. Пешковского и Д. Н. Ушакова до Н. Ф. Яковлева и Р. О. Шор.
Марра иногда и сейчас, особенно в среде петербургских востоковедов, считают «небожителем», пусть заблуждавшимся, но жившим исключительно в мире высокой науки. То есть, как сказано в басне Крылова, «лев бы и хорош, да все злодеи волки», то есть «подмарки». Действительно, Марр прямо не участвовал в борьбе с «поливановщиной» и «Языкофронтом», не был в числе авторов сборника против «контрабандистов». Но это была позиция «живого гения», которому не следовало снисходить до ничтожных противников. А воспоминания показывают, как сам Николай Яковлевич направлял борьбу. Его ученик И. В. Мегрелидзе (один из немногих, кто сохранил верность учителю с 30-х до 90-х гг.) писал, как тот советовал ему ударить по противникам: «они разводят реакционные мысли, и их называть контрабандистами мало». А брошюру П. С. Кузнецова (см. очерк «Петр Саввич») против учения Марра академик назвал «китайской бомбой» (намек на советско-китайский конфликт на КВЖД). «Вулкан, действовавший в едином огне и сотрясавший все вокруг», был страшен в гневе и обрушивал потоки лавы на своих противников и просто на тех, кто работал независимо от него. От ударов громовержца страдали не только лингвисты, но и историки, археологи, востоковеды. 1929–1933 гг. были тяжелыми годами для гуманитарных наук в СССР, в том числе и из-за роли Марра.
Марр, казалось, добился очень многого. Безвестный юноша, приехавший в столицу из глухой провинции, пробивший дорогу себе сам, стал знаменитым ученым, при жизни его называли великим. Выходили цитатники его трудов, чего в стране, кажется, более никто, кроме Сталина, при жизни не удостаивался. Одним из первых он получил орден Ленина.
Но нельзя думать, что он так уж был во всем благополучен. И в этой жизни бывали свои беды и страдания. Трагической оказалась судьба его детей. Из четверых двое умерли в младенчестве, один из сыновей в годы Гражданской войны были призван в Красную армию и умер там в 23 года от тифа. Последний оставшийся сын Юрий, также ставший востоковедом (иранистом), к тому же поэт-футурист (его поэтическое наследие и сейчас изучают), совсем молодым заболел туберкулезом, отец послал его жить на туберкулезный курорт в Абастумани, но Юрий так и не выздоровел и умер в 42 года, правда, на год пережив отца. А мать пережила всех детей! Все основные материалы экспедиции в Ани ученый в годы Гражданской войны отправил из Петрограда в Закавказье для предполагавшегося музея, по дороге на поезд напали бандиты, и все пропало (а Ани после войны оказался на турецкой территории и стал недоступен). Во время «Академического дела» 1929–1930 гг., когда была арестована группа академиков, Николай Яковлевич тоже, говорят, боялся неприятностей. Один из сотрудников Яфетического института рассказывал, что, зайдя к нему домой, обнаружил знаменитого академика… под кроватью: тот, услышав звонок в дверь в неурочное время, решил, что за ним пришли. И это не было абсолютно не обоснованно: пострадавшие по делу рассказывали, что у них брали показания и на него. Но Марр был нужен власти, и в итоге, арестован не был и проработкам не подвергся.
И грустным был конец жизни ученого. В октябре 1933 г., в разгаре деятельности, с ним на работе случился инсульт. И. В. Мегрелидзе уже в годы перестройки утверждал, будто его спровоцировало резкое заявление Сталина о том, что Марр «сорвал языковое строительство», но подтверждений этому нет. Марр несколько дней находился между жизнью и смертью, его долго не могли даже вывезти из ГАИМК в больницу. В тот раз он выжил, даже стал появляться на людях и ездил в санаторий в Крым, но полного восстановления так и не случилось, работать он больше не смог. Коллеги запомнили, как на похороны его старого друга академика С. Ф. Ольденбурга с огромным трудом все-таки пришел Марр и сказал: «Прощай, Сергей, мы скоро встретимся». А Николай Яковлевич перед этим объявил себя атеистом. Помирившийся с учителем под конец его жизни И. А. Орбели рассказывал, что тот уже тяготился «новым учением» и с тоской вспоминал о временах яфетической семьи. Но ученый уже не был властен над созданным им мифом. Марру становилось все хуже, и 20 декабря 1934 г. он умер. Похоронили его в Александро-Невской лавре пышно, в день похорон в Ленинграде отменили занятия в школах.