Сам Марр указанному кодексу не следовал. Ранний период его деятельности – эпоха господства позитивизма, когда не только в востоковедении, но в любой гуманитарной науке господствовали «преклонение перед фактом», по выражению В. Н. Волошинова, и боязнь обобщений. Марра же с самого начала тянуло к разнообразным глобальным сюжетам от происхождения языка (глоттогенеза) до миграций народов в древности. Общность этих сюжетов была лишь в одном: Марр сохранил господствовавшее весь XIX в. понимание любой гуманитарной науки, в том числе языкознания, как науки исторической, и тяготел к изучению древнейших, дописьменных и, как тогда часто говорили, «доисторических» эпох. Эти эпохи не могли изучаться филологическими методами, основанными на анализе письменных текстов; дальше вглубь веков заходили лишь археология и сравнительно-историческое языкознание (компаративистика), позволявшее реконструировать праязыки, из которых развились реально зафиксированные языки. Но, во-первых, эти две дисциплины не могли состыковаться между собой: археологические данные оказывались безгласными, а языковые данные очень трудно было привязать к какой-либо археологической культуре. Во-вторых, любые реконструкции получают праязыки, существенно не отличающиеся от современных языков; на их основе нельзя судить о том, как далекие предки человека научились говорить. А Марру хотелось узнать обо всем этом, хотя фактов в его распоряжении не было, зато были богатая фантазия и умение безапелляционно излагать свою точку зрения.
Аппетиты Николая Яковлевича росли постепенно. Поначалу его построения еще находились в рамках допустимых в науке гипотез, хотя доказывать он их не умел. Еще в год окончания университета он выступил со статьей, где без всяких доказательств высказал две основополагающие идеи: о существовании особой семьи языков, которые он назвал яфетическими, и о более отдаленном родстве яфетических языков с семитскими. Как известно, у библейского Ноя были три сына Сим, Хам и Яфет (Иафет). В лингвистике давно выделялись семитская и хамитская семьи, а яфетической не было (хотя в Библии к сынам Яфета как раз отнесены в основном народы, говорившие на индоевропейских языках). И Марр предложил так называть языки, типичным представителем которых во всех многочисленных его вариантах этой семьи оставался грузинский. Снова развивать эти идеи Марр стал с 1908 г., когда опубликовал книгу о семито-яфетическом родстве. Там у него уже содержалось немало языковых примеров, однако никакой строгой методики доказательства не было, поскольку Марр ею не владел. Когда книга вышла, один из академиков заявил ему: «Не ждите, что мы будем Вам помогать, но и мешать Вам мы не будем». Иначе отнеслись к ней и другим работам Марра зарубежные ученые, в частности, крупнейший французский лингвист того времени А. Мейе, выступивший с резкой критикой построений Марра: «Поразительные фантазии, в которых нет лингвистики». После этого Марр на всю жизнь возненавидел и самого Мейе, и всю не признававшую его западную науку. В начале 20-х гг. он попытается создать международный Яфетический институт, но потерпит неудачу.
Яфетические исследования на их первом этапе нельзя оценить однозначно. Их положительной стороной стало изучение языков Закавказья, действительно родственных грузинскому: лазского, мегрельского, сванского, а также грузинских диалектов; здесь вклад в науку внесли и сам Марр, и его ученики. Но, как писал его ученик В. И. Абаев (см. очерк «Человек-столетие»), «выискивание яфетических элементов во всех языках обращается у Марра в своеобразную манию». В число яфетических академик стал включать все, что, по его собственному выражению, «плохо лежит»: баскский язык, совершенно не похожий на окружающие его языки Европы, нерасшифрованный язык этрусков, язык пеласгов, о котором не было известно ничего, кроме названия. Потом он начал объявлять яфетическими и языки с известными родственными связями: чувашский, берберский и др. И всегда яфетическим языком оказывался армянский. Именно безуспешные попытки доказать грузино-армянское родство привели Николая Яковлевича к двум ключевым идеям, которые он сохранит до конца, даже когда вообще откажется от родства языков: скрещения языков и классовости языка.