В этих первых боях была израсходована значительная часть-боеприпасов. 29 декабря Кун собрал Совет Индии, чтобы принять решение о дальнейших действиях. Большинство Совета высказалось за то, чтобы оставить крепость, а людей и товары погрузить на суда. Но утром 30 декабря, едва началась погрузка, на рейде Джакарты появилась эскадра адмирала Дэйла. День 31 декабря прошел в переговорах. Англичане требовали сдачи крепости, голландцы — возврата корабля «Черный лев». 1 января 1619 г. к Куну прибыло еще одно голландское судно с Суматры. Корабли, стоявшие на ремонте, к этому времени также были введены в строй. У Куна теперь было уже восемь кораблей, и с ними он решил выступить против 11 кораблей Дэйла. Англичане из-за встречного ветра не могли пойти на абордаж и использовать свое численное преимущество. Но и голландцы, за три часа боя расстреляв треть пороха, оказались в критическом положении. Обе эскадры стали на якорь. Кун снова собрал Совет Индии. Одни советовали атаковать на следующий день, другие — немедленно уходить на Молукки, чтобы спасти если не форт, то хотя бы корабли. Утром 3 января к англичанам подошло еще три корабля из Бантама. Тогда Кун переправил в крепость оставшиеся у него 10 бочек пороха и, приказав коменданту крепости Питеру ван ден Бруке удерживать форт до прибытия помощи, а если капитулировать, то только перед англичанами, а не перед пангераном Джакарты, отплыл на Молукки [38, с. 208; 132, с. 149; 158, с. 222].
Англичане и джакартцы начали осаду голландской крепости. После отплытия Куна в крепости осталось 460 человек, из них — 250 солдат, включая японских и индонезийских наемников. После 10 дней перестрелки утром 14 января пангеран Ви-ракрама приказал прибить к столбу перед стеной форта плакат с предложением мира. Ван ден Бруке вступил в переговоры с Виракрамой. 19 января 1619 г. они подписали соглашение. Голландцы выплачивали пангерану 6 тыс. реалов, а он обещал оставить форт нетронутым до прибытия Куна. Он также обещал не позволять англичанам строить возле голландского форта факторию или укрепление. Голландский интендант получил разрешение делать покупки в городе. 22 января ван ден Бруке прибыл во дворец пангерана для дальнейших переговоров. На этот раз пангеран предъявил голландцам дополнительные требования — выплатить еще 10 тыс. реалов, отдать две пушки с ядрами и порохом и снести стены форта. До исполнения этих условий он взял ван ден Брука и еще шестерых голландцев под стражу в качестве заложников [96, т. I, с. 145–147; 132, с. 150].
Новый комендант Питер ван Рай сделал пангерану встречное предложение — 2 тыс. реалов за освобождение заложников. Ван ден Бруке писал в крепость каждый день, жалуясь на каменные сердца своих земляков, но прижимистый ван Рай не повышал предложенной суммы. Утром 29 января голландцы увидели, что их противники за ночь навели мост через реку. Теперь они могли атаковать крепость в самом уязвимом месте. Несколько часов спустя адмирал Дэйл предъявил ванРаю ультиматум. В случае сдачи он гарантировал голландцам жизнь, которой якобы угрожали индонезийцы. 1 февраля 1619 г командование голландской крепости подписало капитуляцию [96, т. I, с. 147–149]. По условиям капитуляции форт с вооружением и амуницией переходил в руки англичан, гарнизон крепости англичане обязывались на своих судах доставить на Коромандельское побережье Индии, где находились голландские фактории. Деньги, драгоценности и товары, находившиеся в форте, передавались пангерану Джакарты. Голландцы имели право забрать с собой только свое личное имущество. Голландцы максимально использовали этот последний пункт соглашения. Едва капитуляция была подписана, все они бросились грабить имущество Компании, взламывали ящики, вспарывали мешки, нагружались до предела, все это якобы для того, «чтобы не досталось врагу» [242, с. 133–134].
Сдача была назначена на 2 февраля, но на рассвете этого дня в Джакарту неожиданно вошла бантамская армия и ситуация резко изменилась. Дело в том, что перед отплытием из Бантама Дэйл заключил с регентом Ранамангалой договор, по которому в случае взятия голландской крепости в Джакарте она будет передана Бантаму, а англичанам достанется гарнизон и содержимое крепости. Увидев, что добычу делят без него, Ранамангала пришел в ярость. Особенно его возмутило то, что при попустительстве пангерана Виракрамы под боком у Бантама остается сильная европейская крепость (то, что голландцев в ней сменяли англичане, не имело принципиального значения). Ранамангала отстранил Виракраму от власти и с позором прогнал его в джунгли. Джакарта была аннексирована Бантамом [158, с. 223–224]. Затем он взялся за англичан. Договор о капитуляции недействителен, заявил регент, форт должен перейти в руки Бантама.
Обмен мнениями между недавними союзниками принял настолько острый характер, что они оказались на грани войны. Опасаясь нападения бантамской армии, Дэйл со своей эскадрой покинул Джакарту [107, с. 139].
Этот раздор в стане врага сильно ободрил командование голландской крепости. Когда Ранамангала потребовал сдачи крепости, обещая переправить гарнизон в Бантам, где он будет дожидаться возвращения Куна, ван Рай и Совет крепости попытались затянуть переговоры. На требование регента Бантама передать ему все пушки и половину денег и товаров (условие менее жесткое, чем в соглашении 1 февраля 1619 г.) голландцы ответили контрпредложением — они согласны были отдать только четверть товаров и денег и половину пушек, а для вывоза: остального имущества в безопасное место потребовали предоставить им несколько кораблей и гарантии, что англичане не нападут на них в пути [96, т. I, с. 149–151].
Проект договора был послан в Бантам на одобрение султану. Это дало голландцам еще три недели передышки, во время которой они продолжали усиливать укрепление форта. 24 февраля из Бантама прибыло известие, что султан согласен на голландские условия, но адмирал Дэйл, крейсировавший в бантамских водах, не хочет дать пропуска голландцам. Это позволило голландцам еще более затянуть переговоры. Бантамские войска вели себя пассивно и не пытались штурмовать крепость. Их огневая мощь значительно уступала огневой мощи английской эскадры. В начале марта командование крепости (которую оно окрестило «Форт Батавия») послало на Амбон яхту, чтобы сообщить Куну о решении «удерживать крепость, пока Бог позволит» [242, с. 135]. 9 апреля голландцы, воспользовавшись упадком дисциплины в стане врага, даже сделали вылазку и уничтожили батареи, поставленные в свое время англичанами и джакартцами против крепости [158, с. 224]. Между тем Кун в феврале 1619 г. прибыл на Амбон, главную базу голландской Ост-Индской компании в это время. Оттуда он разослал приказ во все районы Южных морей всем голландским судам идти на соединение к западной оконечности Мадуры. 17 мая 1619 г. в этой точке собралось 17 кораблей. С этим флотом Кун двинулся к Джакарте. По дороге 23 мая он второй раз разграбил и сжег Джапару в отместку за разгром матарамскими властями здешней голландской фактории в 1617 г. [209, с. 39]. 28 мая 1619 г. флот прибыл в Джакарту. Кун высадил на берег десант в 1200 солдат, которые 30 мая при поддержке судовой артиллерии и орудий форта атаковали противника. Бантамские и джакартские солдаты, несмотря на пятикратное превосходство в численности, были слишком плохо вооружены, чтобы долго сдерживать натиск голландских мушкетеров. Тем не менее бой на улицах Джакарты шел весь день. Только к вечеру на рыночной площади пали последние защитники города. Джакарта была сожжена, каменные стены и земляные укрепления разрушены. 31 мая Кун со своим войском выступил в периферийные районы Джакартского княжества. Здесь он взял штурмом два укрепления. Остальные населенные пункты были незащищенными деревнями и стали легкой добычей голландцев. Княжество Джакарта перестало существовать. Кун «по праву завоевателя» объявил голландскую Ост-Индскую компанию «Господином королевства Джакарта», которое, по его понятиям, доходило до южного берега Явы. На месте прежней столицы Кун начал возводить новый голландский город — Батавию, которая вплоть до 1945 г. оставалась центром голландских владений в Индонезии [132, с. 151; 263, с. 140].