Борьба Голландии и Испании за Молукки продолжалась еще много лет. Поскольку Совет семнадцати в Голландии считал первоочередной задачей захват Малакки или по крайней мере установление прочного контроля над Малаккским проливом, то значительная часть военно-морских сил голландской Ост-Индской компании была отвлечена на борьбу с португальцами. Только в мае 1608 г. голландцы на Молукках получили значительное подкрепление — эскадру Паулуса ван Кардена [113, с. 209; 115, с. 60]. Ван Карден начал с того, что атаковал испанскую крепость на острове Макиан. После короткого сопротивления испанцы сдались. Голландцам достались богатые трофеи: пушки, другое оружие, большое количество пряностей. Захваченная крепость была переименована в «Форт Маврикий». Голландцы приобрели, таким образом, новый опорный пункт на Молукках. Правитель Макиана вынужден был принести клятву верности Голландии и султану Тернате. Затем ван Карден хотел двинуться на Тидоре, но разразившийся шторм сильно потрепал его эскадру. После этого ван Карден поставил перед собой более скромную задачу. В августе 1608 г. он с одним судном прибыл на островок у побережья Хальмахеры, где захватил испанское земляное укрепление с гарнизоном в 10 человек. На обратном пути его атаковали две испанские галеры и принудили к сдаче. Ван Карден был посажен в крепость Гамламо, где провел два года, а его матросы стали гребцами на испанских галерах [158, с. 209; 242, с. 60–61].
Между тем в Голландии подходили к концу переговоры с Испанией о заключении перемирия. 9 апреля 1609 г. было подписано соглашение о перемирии между этими странами сроком на 12 лет. Испания признавала независимость Нидерландов и их право на свободную торговлю в Вест- и Ост-Индии всюду, кроме местностей, находящихся непосредственно под властью Испании и Португалии. Предвидя заключение перемирия, руководство голландской Ост-Индской компании спешило очистить от испано-португальцев ключевые точки Юго-Восточной Азии. Еще за год до перемирия в письме от 29 марта 1608 г., которое направил Совет семнадцати адмиралу Питеру Верхуффу, говорилось: «Острова, где растут гвоздика, мускатный орех и мускатный цвет, надо уговорами или силой присоединить к Компании до 1 сентября 1609 г. или раньше, а в каждой земле построить маленькие крепости с гарнизонами» [242, с. 67].
Прибыв 15 февраля 1609 г. в Бантам, Верхуфф часть своей эскадры направил для усиления голландских сил на Молукках, а сам во главе восьми кораблей отплыл на острова Банда, где сложилось угрожающее для голландской Ост-Индской компании положение. Жители Банда издавна специализировались почти исключительно на выращивании мускатного ореха и поэтому всецело зависели от импорта риса и тканей с Явы и из Макасара на Сулавеси. Суда местных купцов привозили на острова Банда продовольствие и одежду, меняли их на пряности и увозили эти пряности в один из северояванских портов или в Макасар, где их покупали индийские, китайские, португальские и английские купцы. Голландцы считали подобные торговые акции нарушением своей монополии на скупку пряностей. Поскольку сама голландская Компания не имела тогда ни желания, ни возможности регулярно завозить на Банда продовольствие и ткани, преследование местных мореходов у берегов Банда было в глазах банданцев верхом несправедливости. Из-за голландской блокады цены на товары первой необходимости на островах Банда подскочили в 4–5 раз, реальной стала угроза голода. Отношения между голландцами и жителями островов Банда стали крайне напряженными.
Недовольство банданцев умело использовали англичане. В феврале 1609 г. на острова Банда прибыло английское судно под командованием капитана Вильяма Килинга. Килинг послал своих агентов на острова Пуло Ай и Пуло Рун с богатыми подарками и письмами от английского короля Якова I. Предложив более высокие цены, он скупил весь урожай мускатного ореха па этих островах. Одновременно он добился от старейшин двух островов — Банда Найра и Лонтор — разрешения построить здесь английские фактории. Руководители голландских факторий, уже обосновавшихся на Банда Найре и Лонторе, были в ярости. В результате конкуренции цены на мускатный орех поднялись здесь на 30 % [242, с. 68; 263, с. 124].
8 апреля 1609 г. эскадра Верхуффа бросила якорь на рейде острова Банда Найра. Вместе с шестью голландскими судами, прибывшими сюда раньше, под командой адмирала теперь оказалось 14 кораблей — огромная военная сила для того времени. Верхуфф вызвал к себе старейшин Банда Найры и, объявив, что желает построить форт для защиты голландцев и их товаров, потребовал, чтобы они предоставили ему для этого участок земли, а также чтобы они не продавали пряностей англичанам. Старейшины попросили отсрочки, чтобы посоветоваться. Им, однако, с самого начала было ясно, что закрепление господства голландцев на островах сулит им голодную смерть. Поэтому они использовали отсрочку, чтобы тайно вооружиться и попытаться привести в порядок заброшенную португальскую крепость на острове Лонтор. Кроме того, они обратились за помощью к Килингу. Килинг продал им кое-какое оружие и посоветовал поставить свои острова под протекторат короля Англии. Активно же вмешиваться в конфликт, ввиду явного военного превосходства голландцев, он не стал [158, с. 211; 242, с. 69].
Когда срок предоставленной старейшинам отсрочки истек, они попросили новую отсрочку, но Верхуфф отказал. Строительство крепости на базе старого португальского форта началось. Голландцы установили там 36 пушек. Тогда жители Банда Найры пошли на крайние меры. 22 мая 1609 г. Верхуфф был приглашен в дом совета старейшин для переговоров. Там на него и его охрану внезапно напали. 34 голландца были убиты. Вся Банда Найра взялась за оружие. Но силы противников были слишком неравны. Сменивший Верхуффа вице-адмирал Симон Хун пустил в ход артиллерию. Прибрежные деревни острова были снесены с лица земли. Затем голландцы высадились на берег. Слабо вооруженное банданское ополчение не могло долго сопротивляться. Началось кровавое подавление восстания. Зверства голландцев на Банда Найре поразили даже привыкших ко многому современников. Хун завершил строительство крепости, которая получила название «Форт Нассау». Остров Банда Найра он объявил голландским владением по праву завоевания [242, с. 70–71].
Жители Лонтора не присоединились сразу к восстанию. 23 мая 1609 г. они поручили жившему на Лонторе голландцу Виллему ван ден Энде передать Хуну, что они не причастны к тому, что произошло на Банда Найре. Они не причинят голландцам в Лонторской фактории никакого зла при условии, что крепость на Банда Найре будет ликвидирована, а голландский флот уйдет. Вскоре ван ден Энде вернулся на Лонтор и сообщил старейшинам, что совет голландского флота согласился на их требования. Через несколько дней ван ден Энде снова прибыл в ставку Хуна в сопровождении нескольких старейшин (орангкайя) для дальнейших переговоров. Хун тут же арестовал старейшин, объявил их заложниками за двух оставшихся на Лонторе голландцев и послал на Лонтор ультиматум с требованием немедленной капитуляции. В ответ лонторцы убили двух упомянутых голландцев. Голландская эскадра двинулась к острову и расстреляла его главное селение Лонтор. Затем голландцы захватили и опустошили часть острова. Лонторцы отступили в селение Саламан на северном берегу Лонтора и начали там возводить крепость. Новый губернатор островов Банда — Якоб де Биттер направился туда с сильным отрядом, чтобы разрушить это укрепление. Однако лонторцы успешно отразили нападение. Де Биттер потерял 9 человек убитыми и 70 ранеными. Сам он вскоре умер от ран. Хун, подозревая, что капитан Килинг сообщает лонторцам о передвижениях голландских войск, потребовал, чтобы английское судно в пятидневный срок покинуло банданские воды. Килинг заявил протест, но вынужден был подчиниться. Позднее этот эпизод вызвал трения между английским и голландским правительствами в Европе [158, с. 211].