Однако мусульманский народ в этой войне имел ясные стратегические цели и методы их достижения, в отличие от сербов, рассчитывающих на ЮНА и Югославию. Мусульманская власть вела куда более последовательную и самостоятельную политику из окруженного Сараево, нежели сербское руководство из практически безопасной своей столицы Пале. Не случайно, что сербы не имели собственной единой военной структуры в Боснии и Герцеговине, и опирались на множество разрозненных отрядов, не всегда связанных общим военным руководством. Характерно и то, что СДС (сербская демократическая партия) не имела своего военного крыла и вынуждена была прибегать к помощи тех структур ЮНА и МВД, что оказались в сербских руках, но, естественно, не создавались для гражданской войны.
То же самое относилось и к другой сербской «воинствующей» партии СРС (сербская радикальная партия), имевшей по Боснии и Герцеговине лишь несколько десятков разрозненных групп по несколько десятков, в лучшем случае сотен, человек, соединенных между собой через политической руководство СРС в Белграде, и ее тамошний военный, штаб, не имевший однако собственных органов управления.
Сербы до весны 1992 года во всей Боснии и Герцеговине не были полностью связаны с югославскими государственными структурами, и когда им начали раздавать оружие, либо прямо через эти структуры, либо косвенно через СДС, то лишь тогда возникали их отряды, подчинявшиеся «чрезвычайным» региональным штабам сербской власти, опять-таки СДСа. В общем, местные сербы благодаря поддержке ЮНА и ДБ Сербии, большому преимуществу в технике и государственной поддержке, получили большой успех. Но сами по себе местные сербы к войне не были готовы, что говорят показательные случаи перепродажи полученного ими оружия. Лишь то, что югославская власть была за них, спасло многие их земли, а многие сербские добровольцы свои победы достигали либо в рядах ЮНА, либо с структурах МВД, в первую очередь в «красных беретах» ДБ Сербии.
Совершенно о иному обстояло дело у мусульман СДА, с самого своего возникновения (26 мая 1990 года) создавшей собственное военное крыло, когда в Югославии все еще было мирно. Предупреждения от югославской власти, от органов безопасности ЮНА и МВД, руководство СДА игнорировало. Так, к 1992 году она создала стотысячные вооруженные силы в Боснии и Герцеговине, звавшиеся «Патриотска лига». Руководил ее деятельностью политический штаб, созданный при главном руководстве СДА Боснии и Герцеговины,а при нем находился главный военный штаб, непосредственно командовавший операциями. Политическим штабом руководил вышеупомянутый Омер Бехмен, а так же Еюп Ганич, директор военного института UNIS из Сараево и выходец из Санжака. Еще один «санжакли» Сефер Халилович руководил военным штабом. Этим штабам подчинялись региональные (девять) и общинские (103) штабы, а в составе ПЛ возникло несколько видов боевых отрядов «зеленых беретов» (командир Эмир Швракич), добровольческие отряды «мухаджиров», ряд специальных интендантских и медицинских подразделений, а также силы специального назначения «Босна» (командир Керим Лунчаревич). В составе ПЛ были, конечно, и местные хорваты, и даже сербы, но в малом количестве, так как ПЛ была мусульманской организацией, да и присягу полагала «мусульманскому народу». Вооружалась ПЛ главным образом через Хорватию, пользуясь каналами СДА, и там проводилось обучение значительного количества бойцов ПЛ, как в составе хорватской полиции, так и в составе ЗНГ, то есть попросту обучение шло в ходе боевых действий с ЮНА и сербскими силами в Хорватии. Весь 1991 год шла организационная деятельность, а так же разведка сил будущих неприятелей – ЮНА и сербов.
Уже в начале 1992 года боевики ПЛ из села Доня Вуковия (община Калесия) напали на колонну ЮНА из шести грузовиков и захватили большое количество оружия и боеприпасов. Схожие нападения как и нападения на сербов стали обычной практикой еще до формального начала войны.
В югославской войне наиболее поразительной вещью была пассивная стратегия ЮНА в Боснии и Герцеговине, где она имела семь своих корпусов, четыре военных аэродрома (Бихач, Тузла, Мостар, Банья-Лука) и до 50% всего военного производства. Конечно, в первую очередь это заслуга политического руководства Югославии и главного командования ЮНА, раздававшего громкие заявления о «исключительно политическом решении конфликта», «трезвой и ответственном поведении», «о деликатной роли ЮНА», «о вредности непродуманных поступков, несущих пагубные последствия». И пока с высоких постов лился весь этот бюрократический маразм, Босния и Герцеговина погружались в еще больший хаос, нежели Хорватия 1990-91 годов. Практически до мая 1992 года, то есть до начала вывода ЮНА из Боснии и Герцеговины, правительство Югославии запрещало армии активные боевые действия больших масштабов против ПЛ, хотя последняя прямо нападала на ее казармы. Впрочем, и командование новосозданной в Боснии и Герцеговине и Хорватии Второй военной области, не особо настаивало на таких действиях. Ее командующий Милутин Куканяц и ее начальник штаба Добрашин Прашчевич, бывший уже на должности начальника штаба Пятой военной области в ходе боевых действий в Словении и Хорватии были склонны следованию столь пагубной политики. Следует заметить, что их поведение было типично в армиях подобного типа, когда главное – было обойти бюрократические «рифы», а глубинная суть, проводимой политики, не должна была интересовать «честных вояк». В то же время СДА было мало дело до этой чести, и поставленный лично Куканьцем на место портпарола Второй военной области полковник Вехбия Карич (мусульманин), действовал в интересах не своего командира, а вождей СДА, за что потом и получил высокий чин и должности в мусульманской армии Боснии и Герцеговины. ЮНА тогда представляла собой гиганта с большими мышцами, но малыми мозгами, и руководство СДА, боясь прямого конфликта с ней, умело лавировала, подписывая множество договоров о мире, но при этом не только не соблюдала их, но и приказывала силам ПЛ прямо их нарушать. На политическом верху Югославии блокировались всякие попытки введения военного положения, в том числе голосом представителя Боснии и Герцеговины Богича Богичевича (серба по национальности). Впрочем тогдашние руководства Сербии и Черногории и не пытались всерьез его вводить, и оказалось, что легче было танки вывести на улицы в Белграде в марте 1991 года (массовые антиправительственные демонстрации), нежели в Сараево в марте 1992 года, когда с СДА можно было покончить за несколько дней с минимальными жертвами. Алия Изетбегович к тому времени перестал особо лавировать, заявив 26 января 1992 года: «Жертвую мир ради суверенной Боснии и Герцеговины». Этот суверенитет, подготавливая Сараево для мусульман, был как символом сопротивления, так и настоящим центром их борьбы за «независимую» Боснию и Герцеговину. Мусульманский военно-политический верх совершенно правильно главное внимание уделил Сараево и в отличие от руководства Республики Сербской провозглашенной 7 апреля в Баня-Луке свою столицу оставил в столице всей Боснии и Герцеговины. Сербские же вожди переместили ее на два десятка километров дальше, перебравшись в небольшой поселок Пале, лишь формально входивший в Сараево. Силы ПЛ в Сараево достигали двух-трех десятков тысяч бойцов и уже тогда в их рядах встречались порою единоверцы из исламских стран – моджахеддины – как специально прибывшие, так и перешедшие в этот разряд из числа студентов. Впрочем, дело не в них, а в той сплоченности, которую неожиданно показали силы ПЛ, и тем самым, большинство мусульман в городе, недавно бывшем символом единства Югославии, в котором все национальные противоречия были, якобы, подавлены силой идеи единого югославского народа.