Большой проблемой мусульманской стороны была непоследовательность их идеологии. С одной стороны ее пропагандой применялись термины антифашизма и демократии, а с другой стороны в обществе рос шовинистический психоз и возрождались традиции исламского фундаментализма. Естественно, вышеупомянутый психоз, направленный властью СДА еще до начала войны против сербов – сторонников сербского националистического движения, оказался сильнее последнего. В самой войне под его влиянием менялось отношение ко всем сербам, так что даже «Алиин серб» генерал Йован Дивяк, лично командовавший нападениями «Патриотской лиги» на ЮНА и местных сербов, в конце концов был задвинут на вторые роли командованием. С началом же хорвато-мусульманской войны тяжело пришлось, особенно в армии, уже почти всем немусульманам, и вскоре в армии на высших должностях остались практически одни мусульмане. В конечном итоге, религия оказалась сильнее политических идеологий, тем более, что ислам имеет особенность «радикализироваться» в ходе войны, а в данном случае этот радикализм с самого начала войны был намеренно насаждаем в местном обществе экстремистским крылом в религиозно-политическом руководстве местных мусульман, прежде всего Алией Изетбеговичем, Хасаном Ченгичем, Омером Бехменом, пользовавшихся поддержкой определенных сил в исламском мире в том числе в религиозно-государственной верхушке Ирана. Нельзя с нынешним исламом уравнивать положение слабеющих христианских церквей, разделенных не только религиозными расколами, но и государственными интересами своих космополитических верхушек. Изначально ислам в большей мере пользуется военно-политическими средствами для достижения своих целей. В строительстве местных вооруженных мусульманских сил с самого начала большую роль играл исламский мир, в первую очередь Иран. Перед войной в 1991 году Иран посетил Алия Изетбегович, откуда режиму последнего с самого начала войны была оказана большая военная помощь не только вооружением, снаряжением и боеприпасами, но и определенным количеством личного состава, главным образом из корпуса Стражей Исламской Революции, бывшими не только советниками и инструкторами в некоторых частях, но и иногда принимавших прямое участие в боевых действиях. Нельзя, конечно, чрезмерно преувеличивать иранское влияние, но тем не менее, остается фактом, что и после войны в мусульманском военно-политическом верхе с американским влиянием могло сравниться только иранское. В этом не было ничего удивительного, ибо здесь действовало государство, имеющее изначальное преимущество над любым общественно-политическим движением, и то что определенное, пусть и небольшое число будущих бойцов мусульманских армий и полиции, прежде всего их специальных» сил, прошло обучение в Иране не могло не вызвать рост народных симпатий к последнему, и следовательно, к росту влияния идей, проводимых его государственной политикой, подкрепляемой финансово и дипломатически. В конечном итоге, помощь как в вооружении, так и в подготовке мусульманских вооруженных сил других исламских государств, даже казалось бы, прозападной Турции, не могла не повлиять на их дух, ибо уже сам факт того, что главная поддержка шла, все-таки, от исламских народов не могло не обеспечить рост силы ислама в войсках. Возможно это громко звучит, ибо на деле армия Боснии и Герцеговины следовала скорее турецкой модели, чем иранской, но уже то, что местные мусульмане еще недавно немногим отличавшиеся от сербов и хорватов, стали употреблять термины и методы «джихада», в сущности огромный шаг к исламскому государству.
Стоит задуматься над самим фактом того, что в конце XX века в Европе звучат угрозы джихадом. Этой же Европе Сефер Халилович,тогдашний командующий армией Боснии и Герцеговины (и бывший офицер ЮНА), в начале 1993 года открыто заявлял: «Если Европа не изменит отношения к нам, мы начнем организовывать террористические акции по всей территории и зажжется пламя войны во многих европейских городах». В середине этого же года Эюп Ганич, заместитель Изетбеговича, угрожал: «Если международное сообщество решило не интересоваться нашими проблемами, терроризм начнется во всей Европе». А в середине 1994 года Алия Изетбегович заявил: «Мусульманские государства и народы будут рассматривать неприятелем каждую страну на Западе, которая не станет справедливо относиться к боснийскому конфликту». Разумеется, все это были скорее демагогические угрозы, ибо Запад контролировал и само местное мусульманское государство, и любую помощь ему, либо через хорватскую сторону, либо авиацией НАТО, но подобные заявления говорят о внутреннем духовном состоянии мусульманского общества, прежде всего его вооруженных сил, как раз для которых и делались такие заявления. Понятно, что было тогда популярно в среде мусульманских бойцов, особенно ударных отрядов, которые пусть даже и немного знали об исламе.
По большому счету, вряд ли бедуины Мухаммеда были особо религиозно образованы, но они вполне удовлетворяли его требования о джихаде, тем более, что для того нужно прежде всего военное, а не религиозное образование. Религиозный фактор в вооруженных силах мусульманской власти Боснии и Герцеговины играл все же большую роль и с этим никак не может сравниться роль такого же фактора в хорватских и сербских войсках, следовавших в конечном итоге военным моделям атеизированных государств.
Этот фактор является ключевым отличием действий мусульманской стороны и не учитывать его нельзя. Но нельзя этот фактор и чересчур раздувать, подобно иным сербским и югославским журналистам, обрисовывающих ситуацию таким образом, словно в мусульманских войсках составляют абсолютное большинство не вчерашние сербские соседи и коллеги, а то и родственники и друзья, а почти одни моджахеддины, прибывшие со всего исламского мира.
Процесс исламизации армии, в особенности полиции Боснии и Герцеговины, шел с большим трудом при значительном противодействии многих политиков, но в первую очередь армейских высоких чинов.
Исламизация шла, главным образом, пропагандистским путем и сторонники радикального фундаментализма главные успехи постигал советами и проповедями. Немаловажное значение здесь имели небольшие карманные книжки с «исламскими» советами. Так, например, стараниями Организации исламских вакуфов помощи Боснии и Герцеговины, исламского рейфа за Боснию и Герцеговину и исламского гуманитарного общества Мерхамет в войска поступали на работы сирийского алима Ахмета Изудина Эль Беянуния. В книжечке, составленной из его советов, писалось: «кто не пошлет воина в бой – Аллах его проклянет. Военному командованию дается право решать нужно ли ради общего интереса освободить, поменять или ликвидировать пленного». (Однако, тут же пишется: «Не разрешается держать врага в плену, пока не завоюется победа на земле. Запрещено убивать женщин, детей и священников /но!/,лишь тех из них которые не участвуют о войне или же прямо или косвенно не помогают неприятелю»). Несколько отвлекаясь от темы следует просто констатировать факт, что этим бойцы мусульманских вооруженных сил освобождались от всяких моральных ограничений по отношению к противнику и к его гражданскому населению, и тем самым ожесточенность в войне разжигалась с большей силой, ибо ясно, что Женевские конвенции в борьбе с таким противником могут устраивать лишь тыловых политиков и штабных офицеров, тогда как на фронтах этой гражданской войны такими конвенциями мало кто интересовался.