Сам по себе Цезарь не был достаточно влиятелен или богат, чтобы попасть в проскрипционные списки. Однако он был женат на Корнелии, дочери Цинны, и такая связь не могла пользоваться благосклонностью при новом режиме. Сулла приказал юноше развестись с женой. Он дал сходные приказы и другим людям и иногда подбирал для них другую пару, чаще всего из собственных родственниц. Самый известный случай произошел с Гнеем Помпеем, сыном Помпея Страбона и одним из самых одаренных военачальников Суллы, которому приказали развестись с женой и жениться на приемной дочери диктатора. Последняя уже была замужем и находилась на позднем сроке беременности, но это не помешало быстрому разводу и такому же поспешному браку с Помпеем. Нам известно по меньшей мере еще об одном человеке, отказавшемся от своей жены по наущению Суллы. Цезарь был единственным из тех, кто отказался и настаивал на своем отказе, несмотря на угрозы и лестные предложения, возможно, включавшие брачную связь с семьей диктатора. Принимая во внимание обстоятельства, он проявил замечательную смелость, особенно для человека, которого было легко устранить и известного своими связями с оппозицией. Неизвестно, почему Цезарь сделал это. Судя по всему, брак с Корнелией был счастливым, но им могло двигать внутреннее упрямство или гордыня.
Угрозы Суллы только усилились. В качестве наказания приданое Корнелии было конфисковано и передано в государственную казну. В какой-то момент пост фламина тоже был отнят у Цезаря. Это так или иначе могло произойти с учетом того, что его ходатаями в свое время были Марий и Цинна, но наши источники склонны связывать это с разногласиями из-за Корнелии. С другой стороны, какой-нибудь крючкотвор мог указать, что Цезарь формально с самого начала не годился для этого поста. Рим жил без Flamen Dialis c 87 г. до н. э., и никто особенно не беспокоился по этому поводу, так что этот пост фактически оставался вакантным до 12 г. до н. э. По-видимому, аристократы не испытывали энтузиазма по отношению к такой почетной, но чрезвычайно обременительной обязанности. По словам Плутарха, Цезарь также пытался выставить свою кандидатуру на выборы в неназванной жреческой коллегии, но столкнулся с тайным противодействием Суллы и потерпел неудачу. Это может быть искаженным вариантом истории о фламинате, хотя там жрецов назначали, а не выбирали, или же выдумкой, подчеркивающей стойкость юного Цезаря перед лицом всевластного диктатора [18]. Так или иначе, публичное противостояние с Суллой было очень опасным и вскоре привело к приказу о его аресте, что обычно было прелюдией к казни. Неясно, отдал ли Сулла такой приказ лично или это была инициатива одного из его подчиненных. В последнем случае диктатор все равно должен был узнать об этом и ничего не предпринял, чтобы остановить своих приспешников [19].
Цезарь бежал из Рима и нашел убежище на сабинской территории на северо-востоке. Войска диктатора были расквартированы по всей Италии, но вскоре он должен был отдать приказ о демобилизации и расселении примерно 120 000 ветеранов, что дает представление о численности сулланской армии. Цезарь не мог надеяться, что ему удастся исчезнуть и затеряться в одной из мелких общин. Ему приходилось практически каждую ночь избегать патрулей и опасаться предательства, так как за головы беженцев были назначены награды, а проскрипции еще продолжали действовать. Молодому аристократу, который в последние годы следовал жестко регламентированному распорядку римского жречества, теперь предстояло познать жизненные невзгоды. Он мог иметь с собой нескольких рабов, а может быть, даже друзей, но такой образ жизни разительно отличался от того, к которому он привык. В довершение ко всему он заболел малярией. Страдая от приступов, он двигался по ночам от одного укрытия к следующему, но был перехвачен и взят в плен группой солдат Суллы. Эти люди под командованием некоего Корнелия Фагита, который мог быть центурионом, прочесывали местность в поисках врагов диктатора и, согласно Светонию, охотились за ним в течение нескольких дней. Цезарь предложил им деньги и в конце концов выкупил свою свободу за 12 000 серебряных денариев, что составляло жалованье обычного солдата почти за 100 лет, хотя центурионы получали значительно больше [20].
В конце концов Цезарь был спасен своей матерью. Аврелия убедила весталок и некоторых своих родственников, в том числе своего двоюродного брата Гая Аврелия Котту и Манерка Эмилия Лепида, ходатайствовать перед диктатором о сохранении жизни сына. Котта и Лепид воевали на стороне Суллы во время гражданской войны, и каждый из них побеждал на консульских выборах в течение следующих нескольких лет. Ходатайство таких влиятельных людей в сочетании с тем, что фигура Цезаря не имела реального политического значения, позволило добиться желаемого. Цезарю не только сохранили жизнь, но и разрешили начать общественную карьеру. Это была значительная уступка, так как сыновьям и внукам попавших в проскрипционные списки запрещалось занимать любые государственные должности или становиться сенаторами. По преданию, когда Сулла наконец уступил, он воскликнул: «Ваша победа, получайте его! Но знайте, тот, о чьем спасении вы так стараетесь, когда-нибудь станет погибелью для дела оптиматов, которое мы с вами отстаивали. В одном Цезаре таится много Мариев!» Возможно, это всего лишь позднейшая выдумка, но нельзя исключать, что диктатор распознал огромное честолюбие и не меньший талант самоуверенного юнца, стоявшего перед ним [21].