Клеопатра была образованной женщиной. Она первой из Птолемеев стала говорить по-египетски, изучив досконально этот язык. Говорят, она также владела эфиопским, еврейским и несколькими другими иностранными языками, тогда как цари, правившие до нее, не знали даже египетского. В начале своего правления Клеопатра даже принимала участие в обряде принесения в жертву богам священного быка и сопровождала к храму это животное, сидя в лодке (этот факт засвидетельствован иероглифической надписью на каменном монументе, ныне находящемся в Копенгагене). Такое почитание местных обычаев, должно быть, в глазах египтян выгодно отличало Клеопатру от других Птолемеев, относившихся к местным обрядам и ритуалам, в лучшем случае, с безразличием.
Но Клеопатра действовала и с оглядкой на Рим. Когда Бибул был наместником Сирии, то, готовясь напасть на Парфию, он послал двух своих сыновей в Египет за осевшими в этой стране легионерами Авла Габиния, чтобы включить их в свое войско. Однако бывшие солдаты Габиния не захотели оставить Египет, и сыновей Бибула убили. Тогда Клеопатра нашла этих убийц и выслала их Бибулу для наказания, что привело в негодование египтян, посчитавших, что она раболепствует перед Римом. Интриги советников Птолемея заставили Клеопатру оставить Александрию и собрать свою армию. Теперь Птолемей XIII стал управлять Египтом один, пользуясь советами Потина и Ахиллы.
Цезарь прибыл в Александрию в начале октября 48 года всего с одним легионом и восемью сотнями конников. Когда ему принесли голову Помпея, он в ужасе отшатнулся, а когда ему дали принадлежавшее полководцу кольцо с печаткой с изображением льва, держащего меч, Цезарь заплакал. Он не хотел смерти Помпея, собирался его простить и даже, если получится, возобновить триумвират, правда, предоставив ему в этом союзе второстепенную роль. Цезарь попросил, чтобы ему выдали тело Помпея для погребения, но оказалось, что тело это бросили в море на мелководье, после чего слуга Помпея Филипп извлек его из воды и сжег на погребальном костре, сложенном из обломков рыбачьей лодки. Голову Помпея передали его вдове, и она похоронила ее в Италии в Альбанском имении.
Египтяне сочли, что убийством Помпея они добьются расположения Цезаря, но Потин и Ахилла достигли обратного. Цезарь был весьма недоволен тем, что египетские правители украли у него победу над прославленным полководцем. Узнав о гибели своего противника, Цезарь мог бы вернуться в Рим, но он нуждался в деньгах, чтобы продолжить борьбу со сторонниками Помпея. Тогда Цезарь потребовал у Птолемея XIII обещанные Авлетом десять миллионов денариев (эквивалент годового жалованья пятидесяти тысяч солдат). Советник Птолемея Потин тайком возмутился, но дал Цезарю слово прислать деньги в Италию. Тогда Цезарь решил остаться в Александрии до получения денег, пояснив, что отплытию в Рим мешают неблагоприятные ветры. У Цезаря была и другая причина остаться на время в Александрии: противостояние между Птолемеем и Клеопатрой привело к нестабильности в государстве, и этим неустойчивым положением могли воспользоваться советники Птолемея, лелеявшие планы освободиться от вмешательства Рима в дела страны. Александрийцы гордились своей независимостью и видели в появлении Цезаря угрозу их суверенности. Как только Цезарь высадился со своим войском в Александрии, жители города выразили громогласный протест, увидев, что перед Цезарем несут фасции, символизирующее власть Рима. В последующие дни во время уличных столкновений несколько солдат Цезаря были убиты. Однако, вопреки недовольству александрийцев, Цезарь обосновался под защитой стен королевского дворца в ожидании обещанных денег — и чтобы принести мир в охваченный распрями Египет.
В отличие от Рима с его узкими улицами и кривыми проулками, в Александрии были проложены имеющие твердое покрытие прямые, пересекающиеся между собой улицы. Город простирался на несколько миль с севера на юг от побережья Средиземного моря до соленого Мареотийского озера. Пресная вода поступала в Александрию из Нила по проложенному каналу, превышавшему в длину двадцать миль. Рядом с гаванью располагался «царский квартал», в котором находились дворец Птолемея, гробница Александра Великого и Мусейон со знаменитой Александрийской библиотекой папирусных свитков, приобретавшей все литературные сочинения, которые только существовали. Мусейон являлся научным центром, в котором трудились ученые и писатели. Днем там читались лекции для студентов и любознательных посетителей, а по вечерам устраивались застолья, во время которых велись ученые разговоры.