В ту же ночь, когда Цезарь встретился с Клеопатрой, он попросил привести к нему ее брата, надеясь их примирить. Увидев рядом с Цезарем Клеопатру, Птолемей пришел в изумление. Он еще больше удивился, когда до него дошло, что Цезарь держит сторону Клеопатры. Птолемей пришел в бешенство, выбежал из дворца, на глазах у ранних прохожих сорвал с головы корону и разрыдался. Александрийцы знали, что Птолемей вздорный молодой человек и к тому же марионетка своих советников, но и они возмутились, узнав, что Птолемея унизил римский военачальник. У дворца собралась взбудораженная толпа, грозившая силой ворваться внутрь. Тогда Цезарь вышел к собравшимся и хладнокровно им объяснил, что он всего лишь пытается выполнить волю Птолемея XII Авлета — установить в Египте мир и спокойствие. Затем Цезарь собрал ассамблею, на которой призвал знатных александрийцев восстановить соправление Птолемея и Клеопатры. Чтобы подсластить пилюлю, Цезарь пообещал вернуть египтянам Кипр, завоеванный Катоном за несколько лет до этого.
В течение нескольких последующих дней Цезарь пытался восстановить в Александрии спокойствие и уладить конфликт между Птолемеем и Клеопатрой. Но когда он уже было подумал, что добился некоторого успеха, к Александрии подошло двадцатитысячное войско Ахиллы, а египетский флот грозил нападением на стоявшие в гавани римские корабли. Тогда Цезарь послал своих представителей, включая побочного сына Митридата VI, в Сирию и Малую Азию за так необходимым ему подкреплением. Затем Цезарь взял под стражу Птолемея XIII и приказал казнить Потина. Но положение Цезаря не улучшилось: Ахилла ввел свое войско в Александрию и занял весь город, за исключением тех кварталов, что находились в руках у Цезаря.
После того как Ахилла ввел свое войско в Александрию, Цезарь, располагая всего одним легионом и восемью сотнями конников, смог удержать только дворцовый комплекс, территорию, примыкавшую к этим постройкам с юга, а также часть гавани, где стоял его флот. Первый удар Ахиллы Цезарь отбил, но вскоре он понял, что ему придется вести войну, своим характером не похожую на все предыдущие, в которых ему довелось участвовать. И в самом деле, непохожая на другие, война стала реальностью. В городе просто не было места для обычного боевого построения легиона, да и от конницы особого толку не было. Римскому войску пришлось вести уличные бои, сражаясь за каждый дом и за каждую пядь земли.
Чтобы обезопасить занимаемый им «царский квартал», Цезарь распорядился возвести в нужных местах подвижные навесы и башни, обнести рвом всю его территорию и разрушить дома, прилегавшие к этому рву с вражеской стороны. По распоряжению Цезаря, римляне не штурмовали эти дома через хорошо охранявшиеся ворота, а пробивали стены домов тараном через пробоину в соседнем уже захваченном доме. Пробив стену дома, римляне устремлялись в пролом, уничтожали врагов и приступали к захвату и разрушению очередного строения тем же манером. К удовлетворению Цезаря, при этом не возникало пожара: дома в Александрии были сложены из огнеупорного кирпича и имели крышу из черепицы.
Ни один поступок Цезаря нисколько не устрашил александрийцев. Гонцы спешили во все города Египта, призывая восстать заодно против ненавистных римлян. Тысячи людей по всему городу собирали оружие и боеприпасы. Буквально за ночь по всей Александрии открылись десятки мастерских, где ковали копья, мечи и другое оружие. Богатые люди даже вооружали доверенных рабов и поручали последним нести дозор в стратегических точках города, а солдат, прежде стоявших на карауле, посылали на передовую. На улицах города появились баррикады высотой до сорока футов, а у низких домов александрийцы выстроили высокие башни, чтобы с них обстреливать римлян. Кроме того, они соорудили подвижные башни, которые можно было передвигать с помощью лошадей в нужное место. Таким образом, александрийцы не только защищали свои укрепления, но и нападали на неприятеля.