Сформировал Помпей и огромный флот, состоявший из шестисот кораблей, набранных в Малой Азии, Греции, Сирии и Северной Африке, включая семьдесят кораблей, присланных Клеопатрой. Флотом Помпея командовал Марк Кальпурний Бибул, давний враг Цезаря и его товарищ по первому консульству.
У Помпея не было недостатка в провианте и фураже, да и в денежных средствах тоже. Он планировал разместить свою армию на зимних квартирах в Диррахии, иллирийском городе на восточном берегу Адриатики с тем, чтобы весной переправиться через море и высадиться в Италии.
У Цезаря была меньшая армия: одиннадцать легионов, тысяча конников и всего несколько кораблей. К тому же его солдаты были измотаны многочисленными сражениями и бесконечными переходами. Продовольствия было в обрез, а жалованье выплачивалось крайне нерегулярно. Наконец холодная осень в Италии после пребывания в Галлии и Испании вредно отозвалась на здоровье солдат. Победу в войне Цезарь связывал со своей высадкой в Греции и нанесением Помпею неожиданного удара, с тем, чтобы помешать тому высадиться с огромным войском в Италии. Но теперь он столкнулся с необходимостью зазимовать в Брундизии, вместе со своими утомленными, больными и голодными солдатами. За морем же люди Помпея грелись у костров и питались в достатке, пока их командир и его сторонники-оптиматы ждали весны, чтобы отплыть в Италию и уничтожить Цезаря.
Оказываясь в затруднительном положении, Цезарь часто предпринимал необычный, неожиданный шаг. Не изменил он себе и на этот раз. Зимой никто не отваживался выйти в бурное море, навигация в Адриатике открывалась только весной. Но Цезарь решил поступить по-своему: переправиться в Грецию в январе. Он был уверен, что Бибулу, командующему флотом Помпея, и в голову не придет, что противник отважится на переправу зимой, тем более что он знал: у Цезаря недостаточно кораблей.
Прибыв в Брундизий, Цезарь созвал на сходку солдат и сообщил, что принял решение немедленно переправиться в Грецию, а также потребовал от солдат оставить в Италии своих рабов и поклажу, чтобы корабли могли взять на борт побольше людей. Все солдаты единодушно вскричали, что его дело приказывать: все, что он ни прикажет, они исполнят неукоснительно. 4 января 48 года (приблизительно через год после того, как Цезарь перешел Рубикон) он с семью легионами вышел в море, оставив остальную часть войска в Брундизии дожидаться возвращения кораблей.
На следующий день Цезарь, благополучно избежав шторма на море, высадился на пустынном греческом берегу незаметно для неприятеля. Помпей в то время двигался к Диррахию, и Цезарю удалось захватить несколько деревень, находившихся к югу от этого города. Диррахий располагался у западной оконечности Эгнатиевой дороги, ведущей через Балканские горы к Эгинию. Когда Помпей узнал о высадке Цезаря и о его марше к Диррахию, он ускорил продвижение своего войска, опередил Цезаря и разбил лагерь на берегу реки Апс вблизи этого города. В «Гражданской войне» Цезарь пишет — это утверждение вызывает сомнения — о том, что когда солдаты Помпея узнали о приближении грозного неприятеля, в войске началась паника, которую остановил Лабиен, сумевший сплотить солдат и поднять их боевой дух.
Цезарь разбил свой лагерь на другом берегу Апса. Противники не спешили предпринимать активные действия. Помпей соблюдал осторожность, не принимая во внимание наставления оптиматов без промедления атаковать неприятеля, и предпочитал дожидаться оплошности Цезаря, а тот избегал сражения, дожидаясь оставшихся в Италии легионов, за которыми послал корабли в Брундизий. Однако Бибул, коривший себя за то, что просмотрел переправу Цезаря в Грецию, решил не повторять досадной ошибки и блокировал своим флотом подходы к лагерю неприятеля. Когда корабли с солдатами на борту вышли из Брундизия в море, они не смогли пробиться к лагерю Цезаря и повернули обратно, при этом один корабль был захвачен Бибулом, который распорядился его поджечь со всеми людьми на его борту. Вскоре Бибул, не жалевший себя и проводивший все время в море, простудился и умер.
Не дождавшись застрявшего в Италии войска, Цезарь в который раз попытался вступить в переговоры с Помпеем. Цезарь подготовил послание и направил с ним в неприятельский лагерь Луция Вибуллия Руфа. Тот состоял раньше главным механиком войска Помпея, но попал в плен под Корфинием, а после того как Цезарь отпустил его на свободу, опять попал к нему в плен, но только теперь в Испании. Руф пользовался у Помпея влиянием, поэтому выбор Цезаря и пал на него.