Личные дела помешали и Щепкину, и К. Аксакову исполнить просьбу Гоголя и встретить его на дороге в Россию. Он приехал один сначала на короткое время в Петербург, затем в Москву, где старые знакомые встретили его с прежним радушием. С. Т. Аксаков нашел в нем большую перемену за последние полтора года. Он похудел, побледнел, тихая покорность воле Божией слышна была в каждом его слове. Его веселость и проказливость в значительной степени исчезли; в разговорах его прорывался порой прежний юмор, но смех окружающих как будто тяготил его и быстро заставлял переменять тон разговора.
Издание первого тома «Мертвых душ» доставило Гоголю немало волнений и внутренних страданий. Московский цензурный комитет не разрешил печатанья поэмы; его смущало само заглавие ее «Мертвые души», когда известно, что душа бессмертна. Гоголь отправился в петербургский цензурный комитет и долго не знал, какая судьба постигнет ее, будет она пропущена или нет. Ему пришлось по этому поводу обращаться с просительными письмами к разным влиятельным лицам: к Плетневу, Виельгорским, Уварову, кн. Дондукову-Корсакову, даже через Смирнову посылать прошение на высочайшее имя. Наконец в феврале он получил известие, что рукопись разрешена к печатанию. Новая беда! Несмотря на его письма и просьбы, рукопись не присылали в Москву, и никто не мог сообщить ему, где она находится. Зная, какое значение он придавал своему произведению, можно себе представить, как волновался Гоголь. Он беспрестанно наводил справки на почте, обращался с вопросами ко всем, кто мог указать ему, куда девалось его сокровище, считал его погибшим. Наконец в первых числах апреля 1842 года рукопись была получена. Петербургская цензура не нашла ничего подозрительного в том, что смутило московскую, только «Повесть о капитане Копейкине» оказалась сплошь зачеркнутой красными чернилами. Гоголь тотчас принялся переделывать ее и в то же время приступил к печатанью поэмы в количестве 2500 экземпляров.
Все эти тревоги и неприятности болезненно отзывались на здоровье Гоголя. Нервы его расшатались, холод русской зимы удручал его. «Голова моя, – писал он Плетневу, – страдает всячески: если в комнате холодно, мои мозговые нервы ноют и стынут, и вы не можете себе представить, какую муку чувствую я всякий раз, когда стараюсь в то время пересилить себя, взять власть над собою и заставить голову работать. Если же комната натоплена, тогда этот искусственный жар меня душит совершенно, малейшее напряжение производит в голове такое странное сгущение всего, как будто бы она хочет треснуть». В другом письме он так описывает свои болезненные припадки: «Болезнь моя выражается такими страшными припадками, каких никогда со мною еще не было, но страшнее всего мне показалось, когда я почувствовал то подступившее к сердцу волнение, которое всякий образ, пролетавший в мыслях, обращало в исполина, всякое незначительное приятное чувство превращало в такую страшную радость, какую не в силах вынести природа человека, и всякое сумрачное чувство претворяло в печаль тяжкую, мучительную печаль, и потом следовали обмороки, наконец, совершенно сомнамбулистическое состояние».
С. Т. Аксаков рассказывает, что при одном из таких обмороков Гоголю очень долго пришлось пролежать без всякой помощи, одному в своей комнате, в мезонине квартиры Погодина.
В письмах к знакомым Гоголь жаловался исключительно на физические страдания, но, кроме них, немало и нравственных неприятностей отравляли его жизнь в Москве. С Погодиным и в особенности с семьею Аксаковых его связывали личные отношения дружбы и благодарности, но он не мог всецело разделять их теоретических воззрений. Влияние петербургских литературных кругов, в которых он провел молодость, продолжавшиеся связи с Плетневым и Жуковским, наконец, долгая жизнь за границей – все мешало этому. Славянофилы считали его вполне своим, и он действительно сходился с ними во многом, но их исключительность была чужда ему. В то время как они считали Белинского злейшим врагом своим – и даже добродушный Сергей Тимофеевич Аксаков выходил из себя, говоря о нем, – Гоголь виделся с ним в одном знакомом доме и поручил ему доставку «Мертвых душ» в Петербург. Объяснить друзьям прямо и откровенно свое отношение к их партии, показать им, до каких пор он идет с ними, Гоголь не мог, как вследствие природной уклончивости своего характера, так и потому, что те философские теории, которыми они волновались, те выводы, которые они делали из этих теорий, далеко не ясно представлялись уму его, да он и не пытался разбираться в них. Мистическое настроение, охватившее его во время болезни в Риме, развивалось все сильнее и сильнее; мысль его устремлялась все к небу, к средствам достигнуть небесного блаженства, а земные споры о различных философских и общественных вопросах казались ему ничтожными, не стоящими большого внимания. Друзья не подозревали того процесса, который происходил в душе его, но часто замечали его скрытность, неискренность; это огорчало и возмущало их. Особенно обострились отношения Гоголя с Погодиным, в доме которого он жил.