В конце января 1852 года умерла жена Хомякова, урожденная Языкова, сестра поэта, с которым Гоголь был очень дружен. Гоголь всегда любил и высоко ценил ее, называя одною из достойнейших женщин. Ее почти скоропостижная смерть (она болела очень недолго) сильно потрясла его. К естественной горести об утрате близкого человека у него примешивался ужас перед открытой могилой. Его охватил тот мучительный «страх смерти», который он испытывал не раз и прежде. Он признался в нем своему духовнику, и тот старался успокоить его, но напрасно. На масленой Гоголь начал говеть и прекратил все свои литературные занятия; у знакомых он бывал и казался спокойным, только все замечали, что он очень похудел и побледнел. Все эти дни он не ел ничего, кроме просфоры, а в четверг – исповедовался у своего духовника в отдаленной части города и причастился. Перед принятием святых даров Гоголь молился, обливаясь слезами. Священник заметил, что он очень слаб, еле держится на ногах. Несмотря на то, он вечером опять приехал к нему и просил отслужить благодарственный молебен. Во все время говенья он проводил ночи без сна на молитве, и в ночь с пятницы на субботу ему вдруг послышались голоса, говорившие, что он скоро умрет. Он тотчас разбудил слугу и послал его за священником, чтобы пособороваться, но, когда священник пришел, он несколько успокоился и отложил совершения таинства до другого дня. Мысль о близкой смерти не оставляла его. Второй том «Мертвых душ», его заветное произведение, был уже готов к печати, и он хотел оставить его на память друзьям своим. Он позвал к себе графа А. П. Толстого, в доме которого жил, просил его взять рукопись к себе и после его смерти отвезти ее к одному духовному лицу, которое должно было решить, что из нее можно напечатать. Граф Толстой не согласился взять бумаги, чтобы не показать больному, что друзья считают положение его опасным. Ночью, оставшись один, Гоголь снова испытал те ощущения, которые описывал в своей «Переписке с друзьями». Душа его «замерла от ужаса при одном только представлении загробного величия и тех духовных высших творений Бога, перед которыми пыль все величие Его творений, здесь нами зримых и нас изумляющих; весь умирающий состав его застонал, почуяв исполинские возрастания и плоды, которых семена мы сеяли в жизни, не прозревая и не слыша, какие страшилища от них подымутся». Его произведение представилось ему, как представлялось часто и прежде, исполнением долга, возложенного на него Создателем; его охватил страх, что долг этот выполнен не так, как предначертал Творец, одаривший его талантом, что писанье его, вместо пользы, вместо приготовления людей к жизни вечной, окажет на них дурное, растлевающее влияние. Долго со слезами молился он; потом в три часа ночи разбудил слугу своего, велел ему открыть трубу в камине, отобрал из портфеля бумаги, связал их в трубку и положил в камин. Слуга бросился перед ним на колени и умолял его не жечь бумаги. Углы тетрадей обгорели, и огонь стал потухать. Гоголь велел развязать тесемку и сам ворочал бумаги, крестясь и молясь, пока они не превратились в пепел. Слуга плакал и говорил: «Что это вы сделали!»
«Тебе жаль меня?» – сказал Гоголь, обнял, поцеловал его и сам заплакал.
Он вернулся в спальню, лег на постель и продолжал горько плакать. Наутро, когда свет дня рассеял мрачные картины, рисовавшиеся воображению его ночью, ужасное аутодафе, которому он подверг свое лучшее, любимое создание, представилось ему в ином виде. Он с раскаяньем рассказывал о нем графу Толстому, считал, что оно было сделано под влиянием злого духа, и жалел, что граф не взял у него раньше рукописи.
С этого времени он впал в мрачное уныние, не пускал к себе друзей или, когда они приходили, просил их удалиться под предлогом, что хочет спать; он почти ничего не говорил, но часто писал дрожащею рукою тексты из Евангелия и краткие изречения религиозного содержания. От всякого лечения он упорно отказывался, уверяя, что никакие лекарства не помогут ему. Так прошла первая неделя поста. В понедельник на второй духовник предложил ему приобщиться и пособороваться. Он с радостью согласился на это, во время обряда молился со слезами, за Евангелием держал слабой рукой свечу. Во вторник ему стало как будто легче, но в среду у него сделался страшный припадок нервной горячки, и в четверг, 21 февраля, он скончался.
Весть о смерти Гоголя поразила всех его друзей, до последних дней не веривших его мрачным предчувствиям. Тело его как почетного члена московского университета было перенесено в университетскую церковь, где оставалось до похорон. На похоронах присутствовали: московский генерал-губернатор Закревский, попечитель московского учебного округа Назимов, профессора, студенты университета и масса публики. Профессора вынесли гроб из церкви, а студенты на руках несли его до самого Данилова монастыря, где он опущен в землю рядом с могилой поэта Языкова. На надгробном памятнике Гоголя вырезаны слова пророка Иеремии: «Горьким моим словом посмеюся».