Однако работа Беломорской спецшколы ЦК Компартии КФССР имела ограниченную направленность: она готовила кадры подпольщиков для организации в оккупированных районах пропагандистской и агитационной работы среди населения, а также агентурной разведки. Руководство спецшколы не придавало приоритетное значение военной подготовке (стрельба, подрывное дело, диверсионная деятельность и др.). Куратором школы являлся зав. оргинструкторским отделом ЦК Компартии республики И.В. Власов. Программа обучения утверждалась на бюро ЦК Компартии. В программе обучения, утвержденной на период с 10.12.1941 г. до 1.04.1942 г., изучению истории партии, основанной на Кратком курсе истории ВКП(б), отводилось 300 часов, занятия вели преподаватели из числа руководителей школы. Еще 100 часов занимало освоение общественных и гуманитарных предметов (общая история, экономика, право, политика, международное коммунистическое и рабочее движение), на русский и финский языки выделялось 14 часов. Однако количество занятий по военному делу оказалось несопоставимо минимальным. Для сравнения: стрелковая и тактическая подготовка укладывалась в 52 часа, на специальную тактику отводилось 69 часов, топография занимала в учебном плане 20 часов, военно-инженерное дело – 40 часов. Лыжная и строевая подготовка в программе вообще отсутствовали (НА РК. Ф. 2730. Оп. 1. Д. 12. Л. 3–4). В результате уровень подготовленности курсантов в области военного дела был явно недостаточным.
Помимо спецшколы ЦК КП(б) при штабе Карельского фронта, ЦК ЛКСМ республики занимался подбором кадров для специальной разведшколы НКВД – НКГБ КФССР, расположенной в поселке Шижня около Беломорска. Спецшкола входила в ведомство 4-го отдела НКВД, который считался самым секретным – он готовил разведчиков, диверсантов, радистов. Андропов принимал непосредственное участие в отборе и рекомендации кандидатов в школу разведчиков и диверсантов, в подготовке диверсионных групп. Группа Кириченко (4 человека) 26 августа 1941 г. десантирована в район села Большие Горы Олонецкого района, ее бойцы взорвали мост, повредили телефонную связь. 4 сентября 1941 г. в район Сямозеро была произведена заброска группы Хусконена (НА РК.Ф. 2730. Оп. 1. Д. 4. Л. 5).
Подготовка в разведшколе происходила по специальной программе, состоявшей из общевоинской (полевой устав, изучение различных видов оружия, подрывное дело, топография, курсы рукопашной борьбы и медицинской помощи), а также оперативно-тактической подготовки (курсанты учились читать карту и ходить по азимуту, овладевали навыками ведения разведки, основами партизанской тактики, знакомились с методами работы финляндской контрразведки). Парашютная подготовка (теория и прыжки) отрабатывались на полигоне около города Онега Архангельской области. Обучение радиоделу первоначально проходило на полугодовых курсах в Москве, но, начиная с декабря 1942 г., курсы радистов стали функционировать при 4-м отделе НКВД КФССР. В октябре 1941 г. подготовленные кадры диверсантов вошли в состав специального отряда НКВД, имевшего условный номер 45 и располагавшегося в поселке Шижня Беломорского района. Первые два года им командовал Изотов З.С., затем опытный чекист Райманников В.И. К концу 1941 г. в разведшколе прошли обучение 196 человек, из которых было сформировано 15 диверсионных групп. Кроме того, при районных отделениях НКВД было создано 58 групп общей численностью 399 человек (см.: Степаков, 2004: 98).
Методика подготовки разведгрупп имела практическую направленность: за месяц до выхода на задание отобранные в группу разведчики вывозились в изолированные учебные пункты (Сегежа, Руйга, Летний), где под руководством оперативных работников проходили совместную подготовку по планам, согласованным с НКВД. В ходе подготовки к рейду отрабатывалась легенда каждого разведчика, изучалась обстановка в предполагаемом районе действий (маршруты движения, схемы расположения домов, списки жителей, рекомендательные письма, пароли), проводились тренировочные походы и сеансы радиосвязи. В состав разведывательных и диверсионных групп включалось, как правило, 2–3 человека, иногда 5–7 человек. Лишь в очень редких случаях численность групп доходила до 15–20 человек. Разведчики, как правило, свободно владели финским или карельским языком и хорошо ориентировались в той местности, на которой им предстояло действовать.