Деятельность руководителя комсомольского органа в КФССР осуществлялась в постоянном и непосредственном личном взаимодействии Андропова с руководством ЦК ВЛКСМ: первым секретарем ЦК ВЛКСМ Н.А. Михайловым, секретарем ЦК по военной работе А.Н. Шелепиным, зав. спецотделом О.А. Сысоевой, зав. военным отделом Д.В. Постниковым. Они были главными адресатами секретных материалов, на которых остался автограф Андропова. В работе с документами был установлен режим строжайшей секретности. Только руководители ЦК ВЛКСМ, непосредственно занимавшиеся военной работой, имели доступ к информации о подпольной деятельности в Карелии в тылу противника. Ответственным сотрудникам аппарата ЦК ВЛКСМ без специального разрешения запрещалось ознакомление с документами спецотдела. Сотрудники самого спецотдела получали документы для работы в начале рабочего дня под роспись, в конце каждого дня сдавали их на хранение в несгораемом шкафу. Документы, подготовленные спецотделом для рассмотрения на заседаниях бюро и секретариата ЦК ВЛКСМ, не включались в протоколы заседаний этих органов (которые сами по себе имели секретный гриф). Фиксировались лишь названия и шифры документов (номер, дата) с указанием: «в папке о/р» – т. е. особых решений. В спецотделе было установлено круглосуточное дежурство сотрудников.
По сложившейся практике Ю.В. Андропов был обязан регулярно докладывать в ЦК Компартии республики о подпольной деятельности на оккупированной территории. Однако в Москву направлялась гораздо более обширная и конфиденциальная информация, для этого использовался специальный секретный шифр. С целью конспирации и предотвращения утечки оперативной информации о многих деталях работы на «невидимом фронте» не знали даже партийные руководители республики. Любая утечка информации могла обернуться ценой жизней многих подпольщиков. Однако зав. оргинструкторским отделом ЦК Компартии республики И.В. Власов, вопреки правилам конспирации и необходимости строжайшего соблюдения секретности информации о подпольной деятельности в оккупированных районах, настаивал на утверждении секретарей подпольных райкомов комсомола. На бюро ЦК КП(б) республики 16 апреля 1942 г. он сделал представление по утверждению секретарей подпольных РК комсомола: Лебедеву Н. – секретарем Петрозаводского подпольного горкома комсомола, Дудкову Д. – Заонежского райкома, Мелентьеву М. – Сегозерского райкома (НА РК. Ф. 2730. Оп. 1. Д. 12. Л. 25). В спецотделе ЦК ВЛКСМ, по условиям конспирации, подобная практика утверждений категорически запрещалась.
В процессе организации карельского комсомольского подполья Андропов выделил два этапа: 1) подготовительный период, 2) проведение активной подпольной работы. Переход ко второму этапу, по его расчетам, начался в августе 1942 г. В условиях подготовительного периода были добыты необходимые образцы документов финской оккупационной власти: паспорта, пропуска, продовольственные карточки. Эти документы размножались и использовались подпольщиками и партизанами в тылу противника. Была организована подпольная связь, явочные квартиры, подготовлена экипировка, вооружение. Кроме того, на случай возможного прорыва фронта и оккупации прифронтовых районов ЦК ЛКСМ подготовил резерв из 94 подпольных работников (в том числе 23 карела), были определены секретари подпольных РК в Лоухи, Кемь, Беломорск (РГАСПИ. Ф. М-1. Оп. 53. Д. 187. Л. 13–14, 23–24).
Занимаясь подбором подпольщиков, Ю.А. Андропов привлекал к работе людей, которым доверял. Кого-то предварительно брал на работу в аппарат ЦК комсомола, присматривался. К подпольной работе были привлечены сотрудники центрального комсомольского органа республики: Андрей Эртэ, Татьяна Щербакова, Александра Семенова, Нина Лебедева. По воспоминаниям бывшей подпольщицы Марии Бультяковой, ей предложили поработать в аппарате ЦК ЛКСМ инструктором по школам. В июле 1942 г. девушке исполнилось 17 лет. Однажды состоялся разговор с Андроповым – Марии было предложена подпольная работа секретарем Сегозерского райкома комсомола. Андропов предупредил: о состоявшемся разговоре никому ни слова. Он лично разработал легенду для Марии, вместе ее обсуждали: сельская девушка возвращается домой с оборонных работ, с рытья окопов. Отстала тайно и незаметно от группы, чтобы разыскать сестру, которая живет в Медвежьегорском районе. Андропов предупредил: руки девушки, возвращающейся с тяжелой физической работы, должны быть в мозолях – для этого надо рубить дрова, грести на веслах и т. п. Он поручил работникам ЦК поработать с финским языком (Мария в школе в Ругозере изучала финский язык). Проверял знание финского секретарь ЦК по пропаганде и агитации Петр Ихалайнен. Однако план неожиданно изменился – М. Бультякова отправилась в составе группы в Паданы Сегозерского района. Так пожелали партийные руководители, занимавшиеся подпольем (см.: Шлейкин, 2014: 79–80).