В июне 1983 года Главная военная прокуратура возбудила уголовное дело, основываясь на материалах ревизии хозяйственного управления МВД. Следствие пришло к выводу, что начальник ХОЗУ генерал-майор Виктор Калинин организовал «преступную группу расхитителей социалистической собственности и путем злоупотребления своим служебным положением систематически похищал государственное имущество, обращая его в свою собственность и собственность других лиц».
По материалам этого дела собирались посадить и Николая Щелокова.
6 ноября 1984 года указом президиума Верховного Совета СССР он был лишен воинского звания «генерал армии».
12 ноября в квартире Щелокова был обыск. Изъяли сто двадцать четыре картины — Саврасов, Бенуа, Куинджи...
7 декабря персональное дело бывшего министра рассматривалось на заседании Комитета партийного контроля. Щелоков отрицал предъявленные ему обвинения. Но члены КПК проголосовали единогласно: «За грубое нарушение партийной и государственной дисциплины, принципов подбора, расстановки руководящих кадров, злоупотребление служебным положением в корыстных целях и бытность министром внутренних дел СССР члена КПСС Щелокова Николая Анисимовича из партии исключить».
Таков был порядок, унаследованный еще со сталинских времен: сначала отобрать партбилет, а потом сажать, чтобы за решеткой не оказался член партии... Председателю КПК Соломенцеву потом доложили, что Щелоков, выйдя из зала, зашел к нему в приемную, спросил у дежурного секретаря, вернется ли Михаил Сергеевич в свой кабинет после заседания. Видима, хотел поговорить. Но ждать не стал, ушел.
12 декабря указом президиума Верховного Совета Щелоков был лишен звания Героя Социалистического Труда и всех наград, кроме полученных на войне. Щелокову позвонили из наградного отдела президиума Верховного Совета СССР и предупредили, что надо сдать награды, которых его лишили. Таков порядок. Николай Анисимович сказал, чтобы приходили в три часа.
Он уже знал, что ордена не отдаст.
Он находился на даче в Серебряном Бору, В полдень 13 декабря 1984 года Щелоков надел парадный мундир с «Золотой Звездой» Героя Социалистического Труда. На мундире было одиннадцать советских орденов, десять медалей и шестнадцать иностранных наград. Он зарядил двуствольное охотничье ружье и выстрелил себе в голову. Ему было семьдесят четыре гада.
Он оставил записку, адресованную генеральному секретарю Черненко:
«Прошу Вас не допустить разгула обывательской клеветы обо мне. Этим невольно будут поносить авторитет руководителей всех рангов, это испытали все до прихода незабвенного Леонида Ильича. Спасибо за все добро и прошу меня извинить.
С уважением и любовью
И. Щелоков».
О самоубийстве бывшего министра немедленно уведомили Черненко.
Помощник генерального секретаря Виктор Прибытков вспоминает: «На Черненко это известие не произвело никакого впечатления. Похоже, он давно мысленно вычеркнул этого человека из списка реально живущих на земле. После всего, что он успел натворить, безудержно пользуясь властью, Щелоков для него был совершеннейшим нулем, пустым местом...»
Юрий Чурбанов пишет: «Я хорошо помню тот день, когда застрелился Щелоков... Удивился ли я такому финалу? Пожалуй, все-таки нет. Самоубийство для Щелокова было в известной степени выходом».
Сам Юрий Михайлович предпочел сесть на скамью подсудимых, был приговорен к длительному тюремному заключению и отбыл срок.
Следственное управление Главной военной прокуратуры подвело итог своей работы:
«Всего преступными действиями Щелокова государству причинен ущерб на сумму свыше 560 тысяч рублей. В возмещение ущерба им и членами его семьи возвращено, а также изъято органами следствия имущества на сумму 296 тысяч рублей, внесено наличными деньгами — 126 тысяч рублей. Щелоков Н.А. систематически из корыстных побуждений злоупотреблял своим ответственным служебным положением, причинив государству значительный вред.
13 декабря 1984 года Щелоков Н.А. покончил жизнь самоубийством, поэтому уголовное дело в отношении его возбуждено быть не может».
Николая Анисимовича Щелокова похоронили на Ваганьковском кладбище рядом с матерью и женой. На похороны мало кто решился прийти. Надзирателей из КГБ, которые отмечали всех, кто пришел, оказалось больше, чем пожелавших проводить бывшего министра в последний путь.
В конце жизни, наверное, самым ужасным было для него ощущение, что его все бросили и предали. Если бы Николай Анисимович Щелоков больше всего не боялся позора, он бы дожил до наших дней, работал бы консультантом в Министерстве внутренних дел, выступал на встречах с ветеранами и рассказывал, как его оклеветали. Но что бы он ни совершил в своей жизни, он за это жестоко расплатился. И что бы о нем ни говорили, своей смертью он опроверг многие обвинения.