14 января 1950 года постановлением политбюро Г.Н. Куприянов был освобожден от должности первого секретаря и отозван в распоряжение ЦК ВКП(б).
Отстранение первого секретаря было лишь началом кампании чистки, которая началась в Петрозаводске. 16 января появилось разгромное постановление оргбюро о работе ПК КП(б) Карело-Финской ССР, в котором работа республиканского ЦК признавалась «неудовлетворительной». Характерно, что обвинения против Куприянова и республиканского ЦК приобретали все более серьезный характер. Нывшего первого секретаря пристегивали к «ленинградскому делу».
В постановлении оргбюро говорилось:
«Признать неправильным, что ЦК КП(б) и Совет министров Карело-Финской ССР без разрешения союзного правительства учредили представительства Совета министров, а также представительства некоторых республиканских министерств и ведомств в городе Ленинграде.
Обязать ЦК КП(б) и Совет министров Карело-Финской ССР немедля ликвидировать институт уполномоченных Совета министров, министерств и ведомств Карело-Финской ССР в городе Ленинграде».
Главные неприятности ждали Куприянова впереди.
В постановлении оргбюро говорилось, что «т. Куприянов не справился с руководством партийной организацией республики и допустил крупные ошибки в своей работе и поведении...
Признать неудовлетворительными объяснения, данные т. Куприяновым по вскрытым при проверке фактам его неправильного поведения. Поручить КПК при ЦК ВКП(б) рассмотреть имеющиеся в ЦК ВКП(б) материалы о неправильном поведении т. Куприянова, дополнительно заслушать его объяснения и о результатах доложить ЦК ВКП(б)».
24 января 1950 года в Петрозаводске собрали пленум ЦК КП(б) Карело-Финской ССР. Председательствовал второй секретарь ЦК Юрий Владимирович Андропов. Сделать доклад приехал из Москвы инспектор ЦК Кузнецов.
На пленуме исполнили волю политбюро — освободили от должности первого секретаря Геннадия Куприянова. Андропов, спасая себя, спешил отречься от своего недавнего руководителя. Он каялся в том, что вовремя не остановил бывшего первого секретаря и не доложил о его преступных ошибках в Москву. Сохранилась стенограмма выступления Андропова на пленуме:
— Я признаю, что не проявил бдительность, партийную принципиальность, не сигнализируя вовремя в вышестоящие инстанции о недопустимом, в ряде случаев, поведении товарища Куприянова... Куприянов единолично решат важные хозяйственные вопросы республики, ни с кем не советуясь и не считаясь ни с чьим мнением. Теперь я понимаю: вести борьбу с недостатками в нашей республике — это значит вести борьбу с Куприяновым...
15 марта 1950 года Куприянова арестовали и этапировали в Москву. Почти год продолжалось следствие, 17 января 1951 года Военная коллегия Верховного суда приговорила его к двадцати пяти годам исправительно-трудовых работ с конфискацией всего имущества.
Посадили практически всех руководителей республики, кроме Андропова. Принято считать, что его спас Куусинен.
По моим данным, из «ленинградского дела» его вытащил Куусинен, — считает Игорь Синицын, бывший помощник Андропова. — И он же подталкивал его наверх, потому что видел его перспективность и ценил отсутствие
у Юрия Владимировича этакого первичного хамства, характерного для многих тогдашних руководителей.
Если Куусинен и в самом деле проявил такое благородство, то, вероятно, впервые в жизни. Другие случаи, когда бы он за кого-то вступился, неизвестны.
Осужденных «ленинградцев» держали во Владимирской особой тюрьме. Геннадий Куприянов оставил тюремные дневники, читать которые страшно:
«Приводят в карцер. За что? Пел песни, не вышел на оправку по графику, оскорблял старшину, ночью читал книгу. Банда с криком и гиканьем содрала одежду. Оставили босиком и в нижнем белье. Связали, кляпом заткнули рот и били лежачего сапогами, потом, как барана связанного, лежа на полу, остригли, и когда стригли, то тот, который держал, стучал моей головой о пол и приговаривал:
— Видать птицу по полету. Ну, у нас не забалуешь». Куприянову не повезло дважды. Он вел себя в лагере
непокорно, и лагерное начальство сделало все, чтобы продержать его за решеткой как можно дольше.
В мае 1954 года Хрущев выступал в Ленинграде на областном активе и рассказывал о «ленинградском деле». Он среди прочего вспомнил, что, когда встал вопрос о реабилитации несправедливо осужденных по этому делу, вспомнили и Куприянова. Хрущев обратился к Генеральному прокурору СССР Роману Андреевичу Руденко: